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万見
- PDB-3iwc: T. maritima AdoMetDC complex with S-Adenosylmethionine methyl ester -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3iwc
タイトルT. maritima AdoMetDC complex with S-Adenosylmethionine methyl ester
要素(S-adenosylmethionine decarboxylase) x 2
キーワードLYASE / Autocatalytic cleavage / Decarboxylase / Polyamine biosynthesis / Pyruvate / S-adenosyl-L-methionine / Schiff base / Spermidine biosynthesis / Zymogen
機能・相同性
機能・相同性情報


adenosylmethionine decarboxylase / adenosylmethionine decarboxylase activity / spermidine biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Double Stranded RNA Binding Domain - #750 / S-adenosylmethionine decarboxylase domain / S-adenosylmethionine decarboxylase, N-terminal / S-adenosylmethionine decarboxylase, C-terminal / S-adenosylmethionine decarboxylase family, prokaryotic / S-adenosylmethionine decarboxylase proenzyme / S-adenosylmethionine decarboxylase / S-adenosylmethionine decarboxylase, core / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Double Stranded RNA Binding Domain ...Double Stranded RNA Binding Domain - #750 / S-adenosylmethionine decarboxylase domain / S-adenosylmethionine decarboxylase, N-terminal / S-adenosylmethionine decarboxylase, C-terminal / S-adenosylmethionine decarboxylase family, prokaryotic / S-adenosylmethionine decarboxylase proenzyme / S-adenosylmethionine decarboxylase / S-adenosylmethionine decarboxylase, core / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Double Stranded RNA Binding Domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYLMETHIONINE METHYL ESTER / S-adenosylmethionine decarboxylase proenzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Bale, S. / Kavita, B. / Ealick, S.E.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2010
タイトル: Complexes of Thermotoga maritimaS-adenosylmethionine decarboxylase provide insights into substrate specificity.
著者: Bale, S. / Baba, K. / McCloskey, D.E. / Pegg, A.E. / Ealick, S.E.
履歴
登録2009年9月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_validate_polymer_linkage / software
改定 1.32023年9月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_validate_polymer_linkage / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: S-adenosylmethionine decarboxylase
A: S-adenosylmethionine decarboxylase
D: S-adenosylmethionine decarboxylase
C: S-adenosylmethionine decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4446
ポリマ－29,6154
非ポリマー8292
水1,946108
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14010 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area9920 Å2
手法PISA
2
B: S-adenosylmethionine decarboxylase
A: S-adenosylmethionine decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2223
ポリマ－14,8082
非ポリマー4141
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4750 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area7250 Å2
手法PISA
3
D: S-adenosylmethionine decarboxylase
C: S-adenosylmethionine decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2223
ポリマ－14,8082
非ポリマー4141
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4720 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area7220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.204, 105.204, 70.062
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
詳細biological assembly is a dimer in the asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質 S-adenosylmethionine decarboxylase / AdoMetDC / SAMDC / S-adenosylmethionine decarboxylase beta chain / S-adenosylmethionine ...AdoMetDC / SAMDC / S-adenosylmethionine decarboxylase beta chain / S-adenosylmethionine decarboxylase alpha chain


分子量: 6999.928 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1-62 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: speH, TM_0655 / プラスミド: pTmSpeD.28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q9WZC3, adenosylmethionine decarboxylase
#2: タンパク質 S-adenosylmethionine decarboxylase / AdoMetDC / SAMDC / S-adenosylmethionine decarboxylase beta chain / S-adenosylmethionine ...AdoMetDC / SAMDC / S-adenosylmethionine decarboxylase beta chain / S-adenosylmethionine decarboxylase alpha chain


分子量: 7807.784 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 64-130 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: speH, TM_0655 / プラスミド: pTmSpeD.28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q9WZC3, adenosylmethionine decarboxylase
#3: 化合物 ChemComp-SMM / S-ADENOSYLMETHIONINE METHYL ESTER


分子量: 414.480 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H26N6O5S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.18 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 2.8 M ammonium formate, 100 mM HEPES, pH 8.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 22459 / Num. obs: 22259 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 19.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rsym value: 0.096 / Χ2: 1.317 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.216 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 2067 / Rsym value: 0.216 / Χ2: 0.544 / % possible all: 90.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS1.2精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1TLU

1tlu


解像度: 1.9→32.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Data cutoff high absF: 86489 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 2207 9.9 %RANDOM
Rwork0.212 ---
all0.212 22459 --
obs0.212 22259 97.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 60.519 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 80.4 Å2 / Biso mean: 32.829 Å2 / Biso min: 14.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.12 Å20 Å20 Å2
2---0.12 Å20 Å2
3---0.24 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.27 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.25 Å0.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→32.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1917 0 56 108 2081
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.031
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d27.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.81
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 331 9.8 %
Rwork0.25 3038 -
all-3369 -
obs-2067 88.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein_rep.top
X-RAY DIFFRACTION2&_1_PARAMETER_INFILE_2all.top
X-RAY DIFFRACTION3&_1_PARAMETER_INFILE_3&_1_TOPOLOGY_INFILE_3
X-RAY DIFFRACTION4water_rep.param&_1_TOPOLOGY_INFILE_4
X-RAY DIFFRACTION5all.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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