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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3iw3 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of hyperthermophilic nitrilase | ||||||
![]() | Nitrilase | ||||||
![]() | HYDROLASE / alpha-beta sandwich | ||||||
機能・相同性 | ![]() nitrilase / indole-3-acetonitrile nitrilase activity / N-carbamoylputrescine amidase activity / beta-alanine biosynthetic process via 3-ureidopropionate / putrescine biosynthetic process from arginine / beta-ureidopropionase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Raczynska, J. / Vorgias, C. / Antranikian, G. / Rypniewski, W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystallographic analysis of a thermoactive nitrilase. 著者: Raczynska, J.E. / Vorgias, C.E. / Antranikian, G. / Rypniewski, W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 122.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 94.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 448.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 452.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 23.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 33.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29791.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-MG / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | ACCORDING TO THE AUTHORS RESIDUE AT POSITION 238 IS MORE LIKELY A SER. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.06 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 35% PEG 550MME, 0.2M MgCl2 or Mg(CH3COOH)2 and 0.2M TrisHCl pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月20日 |
放射 | モノクロメーター: Single crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→20 Å / Num. all: 40685 / Num. obs: 40685 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 16 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.483 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Rsym value: 0.483 / % possible all: 92.2 |
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解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.5.0092 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3IVZ 解像度: 1.8→19.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 2.896 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.138 / ESU R Free: 0.13 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.849 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.49 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.799→1.846 Å / Total num. of bins used: 20
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