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万見
- PDB-3ivh: Design and Synthesis of Potent BACE-1 Inhibitors with Cellular Ac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ivh
タイトルDesign and Synthesis of Potent BACE-1 Inhibitors with Cellular Activity: Structure-Activity Relationship of P1 Substituents
要素Beta-secretase 1Β-セクレターゼ1
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / aspartyl protease (アスパラギン酸プロテアーゼ) / BACE-1 inhibitors / Alzheimer's disease (アルツハイマー病) / structure-based drug design (医薬品設計) / Disulfide bond (ジスルフィド) / Glycoprotein (糖タンパク質) / Membrane (生体膜) / Protease (プロテアーゼ) / Transmembrane (膜貫通型タンパク質) / Zymogen (酵素前駆体)
機能・相同性
機能・相同性情報


Β-セクレターゼ1 / Golgi-associated vesicle lumen / signaling receptor ligand precursor processing / beta-aspartyl-peptidase activity / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / cellular response to manganese ion / prepulse inhibition / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain ...Β-セクレターゼ1 / Golgi-associated vesicle lumen / signaling receptor ligand precursor processing / beta-aspartyl-peptidase activity / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / cellular response to manganese ion / prepulse inhibition / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / amyloid-beta metabolic process / cellular response to copper ion / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / エンドソーム / response to lead ion / ゴルジ体 / protein processing / recycling endosome / cellular response to amyloid-beta / positive regulation of neuron apoptotic process / シナプス小胞 / late endosome / amyloid-beta binding / peptidase activity / endopeptidase activity / amyloid fibril formation / リソソーム / aspartic-type endopeptidase activity / エンドソーム / endosome membrane / エンドソーム / 脂質ラフト / Amyloid fiber formation / 神経繊維 / 小胞体 / neuronal cell body / 樹状突起 / ゴルジ体 / enzyme binding / 細胞膜 / タンパク質分解 / 生体膜 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Beta-secretase BACE1 / Beta-secretase BACE / Memapsin-like / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site ...Beta-secretase BACE1 / Beta-secretase BACE / Memapsin-like / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1LI / Β-セクレターゼ1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Pan, H.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2009
タイトル: Design and synthesis of cell potent BACE-1 inhibitors: structure-activity relationship of P1' substituents.
著者: Sealy, J.M. / Truong, A.P. / Tso, L. / Probst, G.D. / Aquino, J. / Hom, R.K. / Jagodzinska, B.M. / Dressen, D. / Wone, D.W. / Brogley, L. / John, V. / Tung, J.S. / Pleiss, M.A. / Tucker, J.A. ...著者: Sealy, J.M. / Truong, A.P. / Tso, L. / Probst, G.D. / Aquino, J. / Hom, R.K. / Jagodzinska, B.M. / Dressen, D. / Wone, D.W. / Brogley, L. / John, V. / Tung, J.S. / Pleiss, M.A. / Tucker, J.A. / Konradi, A.W. / Dappen, M.S. / Toth, G. / Pan, H. / Ruslim, L. / Miller, J. / Bova, M.P. / Sinha, S. / Quinn, K.P. / Sauer, J.M.
履歴
登録2009年9月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-secretase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9182
ポリマ－45,4451
非ポリマー4731
水4,486249
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.924, 105.181, 51.029
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.250, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Beta-secretase 1 / Β-セクレターゼ1 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta-site APP cleaving enzyme 1 / Membrane- ...Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta-site APP cleaving enzyme 1 / Membrane-associated aspartic protease 2 / Memapsin-2 / Aspartyl protease 2 / Asp 2 / ASP2


分子量: 45445.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BACE1, BACE, KIAA1149 / プラスミド: pQE70 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56817, Β-セクレターゼ1
#2: 化合物 ChemComp-1LI / N-[(1S,2R)-3-{[1-(3-tert-butylphenyl)cyclohexyl]amino}-1-(3,5-difluorobenzyl)-2-hydroxypropyl]acetamide


分子量: 472.610 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H38F2N2O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.63 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.5, 20% PEG200 Compound was added to give a final molar access of compound:protein of 2.5:1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2004年9月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11587 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 1.8 Å / Num. all: 32729 / Num. obs: 30386
反射 シェル解像度: 1.8→1.847 Å

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
TNT精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
MOSFLMデータ削減
AMoRE位相決定
REFMAC5.1.25精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / 最高解像度: 1.8 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 4.419 / SU ML: 0.128 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.153 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 1596 5 %RANDOM
Rwork0.206 ---
obs0.208 30386 92.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 55.1 Å2 / Biso mean: 23.803 Å2 / Biso min: 10.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.95 Å20 Å2-0.54 Å2
2--0.61 Å20 Å2
3---1.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 1.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2980 0 34 249 3263
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.304 127
Rwork0.266 2323
all-2450
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 15.899 Å / Origin y: -0.196 Å / Origin z: 10.132 Å
111213212223313233
T0.0773 Å20.009 Å20.018 Å2-0.0775 Å20.0008 Å2--0.0042 Å2
L2.0064 °21.1264 °20.5428 °2-1.3624 °20.503 °2--0.2533 °2
S0.0894 Å °0.0401 Å °-0.0534 Å °0.1492 Å °-0.0437 Å °0.0165 Å °0.0244 Å °-0.0214 Å °-0.0458 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A59 - 219
2X-RAY DIFFRACTION1A224 - 372
3X-RAY DIFFRACTION1A379 - 447

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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