PDB-3iuk: Crystal structure of putative bacterial protein of unknown functi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3iuk

タイトル

Crystal structure of putative bacterial protein of unknown function (DUF885, PF05960.1, ) from Arthrobacter aurescens TC1, reveals fold similar to that of M32 carboxypeptidases

要素

uncharacterized protein

キーワード

structural genomics / unknown function / PF05960.1 / DUF885 / M32 carboxypeptidase-like fold / PSI / MCSG / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics

機能・相同性

Protein of unknown function DUF885 / Bacterial protein of unknown function (DUF885) / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Arthrobacter aurescens (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Nocek, B. / Chhor, G. / Cobb, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of putative bacterial protein of unknown function (DUF885, PF05960.1, ) from Arthrobacter aurescens TC1, reveals fold similar to that of M32 carboxypeptidases
著者: Nocek, B. / Chhor, G. / Cobb, G. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2009年8月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年10月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3iuk.cif.gz	258.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3iuk.ent.gz	217.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3iuk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/3iuk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/3iuk	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1k9x
類似構造データ	2gsw-d 3nky-d 4wd1-d 1wac-2 2jlf-2 1uvi-3 3gfs-1 1hi1-2 4k4u-1 1hi0-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: apc89533.1

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: uncharacterized protein

B: uncharacterized protein

ヘテロ分子

125 kDa, 2 ポリマー
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1

A: uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	59.614, 85.394, 115.489
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.78, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	uncharacterized protein 分子量: 62412.746 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arthrobacter aurescens (バクテリア) 株: TC1 / 遺伝子: AAur_1416 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: A1R4M8
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1525 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.76 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 MgCl, 25% Peg3350, 0.1 M Hepes , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794,0.9795

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月3日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9794	1
2	0.9795	1

反射

解像度: 1.85→40 Å / Num. all: 98900 / Num. obs: 98606 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 28.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 16

反射シェル

解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 4886 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		位相決定
SHELX		モデル構築
MLPHARE		位相決定
Coot		モデル構築
ARP/wARP		モデル構築
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
SHELX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.85→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 7.157 / SU ML: 0.096 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.137 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21994	4915	5 %	RANDOM
R_work	0.16347	-	-	-
all	0.168	98246	-	-
obs	0.16633	93331	99.26 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 9.062 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.69 Å²	0 Å²	0.12 Å²
2-	-	-1.06 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8548	0	9	1525	10082

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	8801
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	5949
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.623	1.952	11967
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.991	3	14421
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.476	5	1115
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.005	23.864	427
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.748	15	1414
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.101	15	72
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	1291
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	10023
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1825
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.902	1.5	5494
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.303	1.5	2247
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.509	2	8759
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.846	3	3307
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.272	4.5	3200
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.849→1.897 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.343	397	-
R_work	0.282	6714	-
obs	-	-	97.44 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8545	1.94	0.3828	4.0171	3.8506	6.3758	0.4024	-0.3324	-0.3353	0.3843	-0.3868	-0.2386	0.4254	-0.1403	-0.0157	0.2575	-0.0171	-0.0819	0.0588	0.0657	0.2398	16.4887	-5.7725	56.1463
2	20.5187	2.8592	-4.5774	-2.2628	-0.6754	-1.7629	-0.4333	0.7144	0.3678	-0.0079	0.407	-0.1433	0.2161	-0.3144	0.0263	0.4083	-0.1293	0.1423	0.2638	-0.0833	0.1963	7.4129	-0.453	64.7718
3	6.9514	0.2207	-4.2337	-0.6247	0.0772	2.8115	-0.1809	-0.054	-0.5272	0.0309	-0.1159	-0.0516	0.2041	-0.0187	0.2968	0.1443	0.0184	0.0425	0.0589	0.0303	0.2753	17.8824	7.4529	67.5413
4	2.7406	3.7927	2.4141	4.3451	4.4842	7.3228	-0.1884	0.1707	-0.6426	-0.1362	0.3962	-0.6789	0.266	0.9871	-0.2078	0.2128	0.128	0.0194	0.1559	-0.0428	0.4561	25.5287	-4.3435	48.6136
5	1.1751	1.7091	0.6023	2.7196	1.488	1.6595	0.0014	0.0328	-0.2665	-0.0084	0.1166	-0.4046	0.0836	0.1543	-0.118	0.0567	0.0286	0.0093	0.0423	0.0135	0.1772	21.5164	6.1035	48.3691
6	0.8957	0.6874	-0.8849	1.4896	-1.3459	1.2709	-0.0764	0.0681	-0.1215	-0.0624	0.012	-0.0793	0.0796	-0.0616	0.0644	0.1077	-0.0267	0.0135	0.0682	-0.0105	0.0899	6.3844	11.2589	70.4058
7	1.5074	-0.1448	-0.4615	1.8837	-0.491	0.9872	-0.0178	-0.0145	-0.0147	0.1371	-0.095	-0.1352	-0.0759	0.0809	0.1128	0.0779	-0.0206	-0.0068	0.0594	-0.0012	0.0735	16.9243	25.7388	64.6166
8	2.8936	2.4453	-1.3442	2.2252	-1.5227	1.2855	0.1523	-0.0535	0.1539	0.1961	-0.0206	0.1579	-0.1504	-0.0151	-0.1317	0.1354	-0.0078	0.041	0.0526	-0.0057	0.0585	2.4163	16.8478	79.0468
9	2.9786	0.4626	2.9417	3.4287	-2.5624	17.9104	-0.1101	-0.0471	0.0071	0.0338	-0.2589	-0.3604	-0.6403	0.2453	0.369	0.0475	-0.0293	0.0053	0.0402	-0.0069	0.1196	19.8233	33.0078	62.9792
10	1.2011	0.5889	-0.2962	1.6448	-0.0474	1.2334	-0.009	0.0094	-0.0994	-0.0392	0.0007	-0.2572	0.0701	0.1016	0.0083	0.0723	0.0256	0.0089	0.0643	0.0123	0.0891	18.288	20.0741	45.998
11	2.3973	0.172	0.0168	0.6821	-0.1104	0.3831	-0.0894	0.0782	0.1411	-0.122	0.0591	-0.0538	0.0362	-0.0042	0.0303	0.0924	0.0005	0.0085	0.0723	0.0268	0.051	6.6569	24.0531	32.826
12	1.9803	-0.1451	0.4585	2.4142	-1.3334	4.5486	0.0617	0.0375	0.1151	0.1486	0.1006	0.1563	-0.2111	-0.2241	-0.1623	0.0693	0.0434	-0.0259	0.0653	0.0499	0.1145	-17.6626	28.6308	34.9317
13	1.381	-0.6335	-0.3412	1.9825	0.2766	0.4791	0.0159	-0.0052	-0.0502	-0.0698	-0.0214	0.2147	-0.0511	-0.0356	0.0056	0.0927	-0.0252	-0.0072	0.0781	0.0037	0.0474	-15.3192	3.574	42.9828
14	2.6237	-1.0478	0.1811	1.2113	-1.2487	0.8842	-0.0973	-0.2542	0.2113	0.3958	0.0661	-0.1252	-0.3074	0.0101	0.0312	0.1921	-0.0179	0.0001	0.1078	-0.025	0.0538	-7.7444	5.0794	54.6047
15	5.6908	-5.8084	0.1383	8.5047	1.4359	0.8338	-0.2471	-0.2959	0.1172	0.5819	0.1808	0.1037	0.1354	-0.0654	0.0662	0.1635	-0.002	0.0585	0.1231	-0.0146	0.0561	-12.421	9.1593	54.5888
16	0.5277	0.2657	-0.2534	0.6933	-0.496	0.4019	-0.0263	0.0348	0.0145	-0.03	0.0442	0.0584	0.0112	-0.0442	-0.0178	0.0894	-0.0074	-0.013	0.0922	0.003	0.0549	-8.0526	7.6	45.0952
17	5.0586	2.5259	-0.0841	7.201	-0.3563	3.809	0.0538	-0.0956	-0.2928	0.5352	-0.0655	-0.18	0.0054	-0.2034	0.0118	0.0616	0.0086	0.0071	0.0647	0.0314	0.0629	10.0107	-3.2765	50.3358
18	0.8544	0.5642	0.0492	0.9772	-0.2035	0.451	0.0134	0.0598	0.1313	-0.1004	0.0045	0.0328	0.0143	-0.0384	-0.0179	0.0729	0.0025	-0.0008	0.0667	0.0134	0.0555	1.3541	22.5263	38.3709
19	1.9089	0.6868	0.1991	3.9118	-1.6986	9.0232	0.0415	-0.0512	0.1795	0.0651	-0.0577	0.3438	0.071	-0.4163	0.0163	0.0365	-0.0056	0.0237	0.0497	-0.0325	0.1056	-0.3695	30.782	48.9209
20	0.8242	0.6841	0.2161	2.1813	0.2268	0.2891	-0.0689	0.0983	-0.0631	-0.3675	0.036	-0.2187	0.0249	0.005	0.0329	0.1316	-0.0053	0.0547	0.0604	-0.0047	0.0396	7.3842	7.4411	35.838
21	4.0686	-0.7477	1.6708	0.417	-1.0813	2.7882	-0.0925	0.1179	0.1384	0.1168	-0.1786	-0.2256	-0.2777	0.2604	0.2711	0.1161	0.0024	-0.0477	0.1118	0.0415	0.1487	20.032	54.8422	12.491
22	3.3524	-0.3886	-0.9776	-0.1483	0.1211	0.8483	-0.0099	0.2247	0.2958	0.0224	0.0045	-0.0474	-0.0938	-0.1182	0.0054	0.1039	0.0193	-0.0006	0.0797	0.0129	0.1585	27.3447	44.6178	19.646
23	0.4897	-0.1201	0.2667	0.4051	-0.1907	0.3943	-0.0446	-0.0632	0.0338	0.0351	0.0015	-0.0182	-0.0925	-0.0792	0.043	0.0924	0.0322	-0.0087	0.092	-0.0104	0.0377	11.6023	44.5496	13.1297
24	3.358	2.0784	-0.9544	1.7231	-0.3135	0.6174	-0.0381	0.0601	0.093	-0.0307	0.0766	-0.0083	-0.0274	-0.0127	-0.0386	0.0503	0.0014	-0.0113	0.0609	0.0224	0.0862	35.4657	38.6792	16.7956
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38	4.1193	1.2703	0.8485	1.8238	0.0633	1.4539	0.0064	0.0584	-0.1576	-0.1214	-0.0442	-0.1895	0.2216	0.1753	0.0378	0.1062	0.02	0.0207	0.0511	0.0112	0.0655	20.1624	18.0746	-3.3681
39	0.5954	-0.5322	0.2301	1.6757	-0.6071	0.6705	-0.0098	0.0486	0.0154	-0.0386	-0.0208	0.0746	-0.0144	-0.0947	0.0306	0.0583	0.0065	-0.0198	0.0957	-0.0004	0.0518	8.5713	42.0883	-7.7439
40	1.9046	-3.9082	2.6855	10.6623	-2.8036	7.3301	-0.0537	-0.196	-0.0199	-0.0409	0.0986	0.2366	0.2027	-0.533	-0.0449	0.111	0.0157	-0.0272	0.1135	0.002	0.0767	3.7026	46.7106	-1.6311

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	8 - 31
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	32 - 40
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	41 - 57
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	58 - 75
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	76 - 99
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	100 - 143
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	144 - 174
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	175 - 223
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	224 - 233
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	234 - 251
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	252 - 273
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	274 - 299
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	300 - 339
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	340 - 358
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	359 - 370
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	371 - 402
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	403 - 414
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	415 - 482
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	483 - 502
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	503 - 559
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	8 - 36
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	37 - 57
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	58 - 112
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	113 - 155
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	156 - 186
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	187 - 222
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	223 - 238
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	239 - 263
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	264 - 277
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	278 - 299
31	X-RAY DIFFRACTION	31	B	300 - 339
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37	X-RAY DIFFRACTION	37	B	464 - 475
38	X-RAY DIFFRACTION	38	B	476 - 502
39	X-RAY DIFFRACTION	39	B	503 - 549
40	X-RAY DIFFRACTION	40	B	550 - 559

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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