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Yorodumi- PDB-3iuk: Crystal structure of putative bacterial protein of unknown functi... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3iuk | ||||||
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Title | Crystal structure of putative bacterial protein of unknown function (DUF885, PF05960.1, ) from Arthrobacter aurescens TC1, reveals fold similar to that of M32 carboxypeptidases | ||||||
Components | uncharacterized protein | ||||||
Keywords | structural genomics / unknown function / PF05960.1 / DUF885 / M32 carboxypeptidase-like fold / PSI / MCSG / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics | ||||||
Function / homology | Protein of unknown function DUF885 / Bacterial protein of unknown function (DUF885) / metal ion binding / DUF885 domain-containing protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Arthrobacter aurescens (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 1.85 Å | ||||||
Authors | Nocek, B. / Chhor, G. / Cobb, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal structure of putative bacterial protein of unknown function (DUF885, PF05960.1, ) from Arthrobacter aurescens TC1, reveals fold similar to that of M32 carboxypeptidases Authors: Nocek, B. / Chhor, G. / Cobb, G. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3iuk.cif.gz | 258.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3iuk.ent.gz | 217.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3iuk.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3iuk_validation.pdf.gz | 450.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3iuk_full_validation.pdf.gz | 457.7 KB | Display | |
Data in XML | 3iuk_validation.xml.gz | 54.3 KB | Display | |
Data in CIF | 3iuk_validation.cif.gz | 86.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/3iuk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/3iuk | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 62412.746 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Arthrobacter aurescens (bacteria) / Strain: TC1 / Gene: AAur_1416 / Plasmid: pMCSG19 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21DE3 / References: UniProt: A1R4M8 #2: Chemical | ChemComp-GOL / | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.35 Å3/Da / Density % sol: 47.76 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 0.2 MgCl, 25% Peg3350, 0.1 M Hepes , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9794,0.9795 | |||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jun 3, 2009 / Details: mirrors | |||||||||
Radiation | Monochromator: double crystal / Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 1.85→40 Å / Num. all: 98900 / Num. obs: 98606 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 28.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 16 | |||||||||
Reflection shell | Resolution: 1.85→1.88 Å / Redundancy: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 4886 / % possible all: 99.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 1.85→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 7.157 / SU ML: 0.096 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.137 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 9.062 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.85→40 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.849→1.897 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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