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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ito | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Pseudomonas stutzeri L-rhamnose isomerase mutant D327N in complex with D-psicose | ||||||
![]() | L-rhamnose isomerase | ||||||
![]() | ISOMERASE / METAL-BINDING PROTEIN / BETA/ALPHA BARREL / HOMO-TETRAMER / TIM barrel | ||||||
機能・相同性 | ![]() L-rhamnose isomerase activity / L-lyxose metabolic process / rhamnose catabolic process / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yoshida, H. / Yamaji, M. / Ishii, T. / Izumori, K. / Kamitori, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Catalytic reaction mechanism of Pseudomonas stutzeri l-rhamnose isomerase deduced from X-ray structures 著者: Yoshida, H. / Yamaji, M. / Ishii, T. / Izumori, K. / Kamitori, S. #1: ![]() タイトル: The structures of L-rhamnose isomerase from Pseudomonas stutzeri in complexes with L-rhamnose and D-allose provide insights into broad substrate specificity 著者: Yoshida, H. / Yamada, M. / Ohyama, Y. / Takada, G. / Izumori, K. / Kamitori, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 360.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 289.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 477.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 493.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 72.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 106.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48003.629 Da / 分子数: 4 / 変異: D150N, D327N / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: pQE60 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-MN / #3: 糖 | ChemComp-PSV / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.78 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3 詳細: 7-8% (W/V) polyethylene glycol 20000, 50mM MES, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月5日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.978 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 128987 / Num. obs: 128987 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 10.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 8.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.347 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 96.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2HCV 解像度: 1.9→42.15 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 28752.31 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 48.5804 Å2 / ksol: 0.379471 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→42.15 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: NONE | |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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