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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3itv | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Pseudomonas stutzeri L-rhamnose isomerase mutant S329K in complex with D-psicose | ||||||
要素 | L-rhamnose isomeraseL-ラムノースイソメラーゼ | ||||||
キーワード | ISOMERASE (異性化酵素) / METAL-BINDING PROTEIN / BETA/ALPHA BARREL / HOMO-TETRAMER / TIM barrel (TIMバレル) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pseudomonas stutzeri (シュードモナス・スタッツェリ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Yoshida, H. / Yamaji, M. / Ishii, T. / Izumori, K. / Kamitori, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Febs J. / 年: 2010 タイトル: Catalytic reaction mechanism of Pseudomonas stutzeri l-rhamnose isomerase deduced from X-ray structures 著者: Yoshida, H. / Yamaji, M. / Ishii, T. / Izumori, K. / Kamitori, S. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007 タイトル: The structures of L-rhamnose isomerase from Pseudomonas stutzeri in complexes with L-rhamnose and D-allose provide insights into broad substrate specificity 著者: Yoshida, H. / Yamada, M. / Ohyama, Y. / Takada, G. / Izumori, K. / Kamitori, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3itv.cif.gz | 377.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3itv.ent.gz | 301.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3itv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/it/3itv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/it/3itv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48046.715 Da / 分子数: 4 / 変異: D150N, S329K / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas stutzeri (シュードモナス・スタッツェリ) プラスミド: pQE60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 参照: UniProt: Q75WH8, L-ラムノースイソメラーゼ #2: 化合物 | ChemComp-MN / #3: 糖 | ChemComp-PSJ / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.5 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3 詳細: 7-8% (W/V) polyethylene glycol 20000, 50mM MES, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月14日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 208180 / Num. obs: 208180 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 13.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 19.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.124 / Mean I/σ(I) obs: 10.7 / % possible all: 99.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2HCV 解像度: 1.6→46.39 Å / Rfactor Rfree error: 0.001 / Data cutoff high absF: 119219.74 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 51.9613 Å2 / ksol: 0.375663 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 12.4 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→46.39 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: NONE | |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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