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万見
- PDB-3itf: Structural basis for the inhibitory function of the CPXP adaptor ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3itf
タイトルStructural basis for the inhibitory function of the CPXP adaptor protein
要素Periplasmic adaptor protein cpxP
キーワードSIGNALING PROTEIN / CPX / CPXP / CPXR / CPXA / CPXRAP / CPX-PATHWAY / ENVELOPE STRESS / SIGNAL TRANSDUCTION / ADAPTOR PROTEIN / TWO-COMPONENT SYSTEM INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of proteolysis / response to stress / unfolded protein binding / outer membrane-bounded periplasmic space / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / LTXXQ motif family protein / LTXXQ motif family protein / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1490 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Periplasmic protein CpxP
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli str. K-12 substr. (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Scheerer, P. / Zhou, X. / Krauss, N. / Hunke, S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structural Basis for Two-component System Inhibition and Pilus Sensing by the Auxiliary CpxP Protein.
著者: Zhou, X. / Keller, R. / Volkmer, R. / Krauss, N. / Scheerer, P. / Hunke, S.
履歴
登録2009年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.32022年12月21日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Periplasmic adaptor protein cpxP
B: Periplasmic adaptor protein cpxP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6262
ポリマ－34,6262
非ポリマー00
水6,269348
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2780 Å2
ΔGint-26.1 kcal/mol
Surface area14340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.463, 61.463, 130.082
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Periplasmic adaptor protein cpxP


分子量: 17312.920 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: CpxP without its signal sequence M1-H20 and C-terminal residues K151-Q166 but with an N-terminal His6-fusion from the pET15b vector
由来: (組換発現) Escherichia coli str. K-12 substr. (大腸菌)
株: MG1655 / 遺伝子: b4484, c4865, cpxP, JW5558, yiiO / プラスミド: pET15b' / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0AE85
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 348 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.87 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 18% PEG 3350, 0.1M Sodium chloride, 0.01M Tris-HCl, 5% Glycerol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184, 0.9798, 0.9799
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月29日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.91841
20.97981
30.97991
反射解像度: 1.45→53.22 Å / Num. obs: 49268 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 14.68 Å2 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル解像度: 1.45→1.5 Å / 冗長度: 5.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Rsym value: 0.567 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345CCDデータ収集
SHELXCD位相決定
SHELXEモデル構築
SHARP位相決定
ARP/wARP7.0.1モデル構築
REFMAC5.5.0072精密化
HKL-2000データ削減
XDSデータ削減
HKL-2000データスケーリング
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.45→53.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 2.197 / SU ML: 0.039 / Isotropic thermal model: Overall / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.059 / ESU R Free: 0.062 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER / 詳細: Program CNS 1.1 has also been used in refinement
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.189 2488 5.1 %RANDOM
Rwork0.168 ---
obs0.169 46652 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.05 Å2-0.03 Å20 Å2
2---0.05 Å20 Å2
3---0.08 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0 Å0 Å
Luzzati d res low-0 Å
Luzzati sigma a0 Å0 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→53.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1844 0 0 348 2192
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.416
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.49 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 196 -
Rwork0.243 3454 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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