[日本語] English
万見
- PDB-3itd: Crystal structure of an inactive 17beta-Hydroxysteroid dehydrogen... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3itd
タイトルCrystal structure of an inactive 17beta-Hydroxysteroid dehydrogenase (Y167F mutated form) from fungus Cochliobolus lunatus
要素17beta-Hydroxysteroid dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Hydroxysteroid dehydrogenase / Short Chain Dehydrogenase/reductase / SDR / steroid / Fungi / Cochliobolus lunatus
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on CH-OH group of donors / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
PKS_KR / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
17beta-hydroxysteroid dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Cochliobolus lunatus (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Cassetta, A. / Lamba, D. / Krastanova, I.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural studies on a fungal 17beta-Hydroxysteroid dehydrogenase
著者: Cassetta, A. / Lamba, D. / Krastanova, I. / Stojan, J. / Lanisnik Rizner, T. / Kristan, K.
履歴
登録2009年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 17beta-Hydroxysteroid dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0483
ポリマ－28,9211
非ポリマー1282
水3,495194
1
A: 17beta-Hydroxysteroid dehydrogenase
ヘテロ分子

A: 17beta-Hydroxysteroid dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,0966
ポリマ－57,8412
非ポリマー2554
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_555-x,-y,z1
Buried area4470 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area21050 Å2
手法PISA
2
A: 17beta-Hydroxysteroid dehydrogenase
ヘテロ分子

A: 17beta-Hydroxysteroid dehydrogenase
ヘテロ分子

A: 17beta-Hydroxysteroid dehydrogenase
ヘテロ分子

A: 17beta-Hydroxysteroid dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,19212
ポリマ－115,6824
非ポリマー5108
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
crystal symmetry operation10_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation15_555y,x,-z1
Buried area15180 Å2
ΔGint-128 kcal/mol
Surface area35850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.790, 67.790, 269.930
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

-
要素

#1: タンパク質 17beta-Hydroxysteroid dehydrogenase


分子量: 28920.545 Da / 分子数: 1 / 変異: Y167F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cochliobolus lunatus (菌類) / 株: m118 / 遺伝子: 17HSDcl / プラスミド: pGEX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM107 / 参照: UniProt: O93874, 17beta-estradiol 17-dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.12 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 20% (W/V) PEG 6000, 20% (V/V) Glycerol, 0.1 M Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月19日 / 詳細: Pt coated Si Mirror (KB geometry)
放射モノクロメーター: Si (111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→39.1 Å / Num. all: 25756 / Num. obs: 25756 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 19.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル解像度: 1.89→2 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.345 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Num. unique all: 3690 / Rsym value: 0.345 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0094精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3IS3

3is3


解像度: 1.89→33.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 5.26 / SU ML: 0.071 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.109 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18906 1308 5.1 %RANDOM
Rwork0.1675 ---
all0.1686 25722 --
obs0.1686 25722 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.192 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0.01 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.242 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.89→33.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1963 0 7 194 2164
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0212010
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2891.9342720
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1325260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.21823.67887
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.87415323
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.9641512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2306
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211525
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6911.51283
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.22822054
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0883727
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3494.5665
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.894→1.943 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234 99 -
Rwork0.214 1758 -
obs-1857 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5544-0.5838-0.02290.99660.06681.4191-0.0653-0.07790.1920.0971-0.0340.0062-0.2853-0.16560.09940.0980.0103-0.0150.0534-0.03560.0484-9.80612.7117.908
22.01591.05120.41022.8319-0.53122.5039-0.1059-0.07090.08630.0003-0.1358-0.4131-0.4740.1610.24170.128-0.0155-0.04660.02290.01360.1081-0.5318.4984.72
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A11 - 208
2X-RAY DIFFRACTION2A209 - 270

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る