PDB-3isu: Crystal structure of the RGC domain of IQGAP3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3isu

タイトル

Crystal structure of the RGC domain of IQGAP3

要素

Ras GTPase-activating-like protein IQGAP3

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium (SGC) / RGC domain / Calmodulin-binding / Phosphoprotein / Polymorphism

機能・相同性

機能・相同性情報

myosin VI light chain binding / mitotic actomyosin contractile ring assembly actin filament organization / positive regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / mammary gland epithelial cell proliferation / regulation of cell size / RHOB GTPase cycle / RHOC GTPase cycle / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.88 Å

データ登録者

Nedyalkova, L. / Tempel, W. / Tong, Y. / Crombet, L. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Park, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of the RGC domain of IQGAP3
著者: Nedyalkova, L. / Tempel, W. / Tong, Y. / Crombet, L. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Park, H.

履歴

登録	2009年8月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年9月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3isu.cif.gz	35.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3isu.ent.gz	22.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3isu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3isu_validation.pdf.gz	416.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3isu_full_validation.pdf.gz	417 KB	表示
XML形式データ	3isu_validation.xml.gz	6.6 KB	表示
CIF形式データ	3isu_validation.cif.gz	8.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/3isu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/3isu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3iezS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2l05-d 1yx7-d 1wxu-d 2fqm-3 3cgz-2 4dip-9 4dip-2 5hfd-d 4zy7-2 3upc-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (8) #18 - 2001年6月ミオシン (Myosin) 類似性 (3) #35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (7) #243 - 2020年3月電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels) 類似性 (2) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (2) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (8)
#18 - 2001年6月
ミオシン (Myosin)
類似性 (3)
#35 - 2002年11月
フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin)
類似性 (7)
#243 - 2020年3月
電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels)
類似性 (2)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (2)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (1)
#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Ras GTPase-activating-like protein IQGAP3

14.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.120, 58.120, 78.292
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-4- HOH

#1: タンパク質	Ras GTPase-activating-like protein IQGAP3 分子量: 14050.223 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1529-1631 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IQGAP3 / プラスミド: pET28-mhl / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: Q86VI3
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.717 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.73 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 25% PEG3350, 0.2M lithium sulfate, 0.1 Bis-Tris, pH 6.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97711 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月5日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97711 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.88→40 Å / Num. obs: 12943 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.5 % / R_merge(I) obs: 0.086 / Χ²: 1.745 / Net I/σ(I): 10.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.88-1.91	18.8	0.942	617	1.175	100
1.91-1.95	19.2	0.684	640	1.178	100
1.95-1.98	19.5	0.588	629	1.235	100
1.98-2.03	19.7	0.527	625	1.272	100
2.03-2.07	20.3	0.441	634	1.283	100
2.07-2.12	20.3	0.365	648	1.343	100
2.12-2.17	20.8	0.332	636	1.733	100
2.17-2.23	21.1	0.302	632	1.545	100
2.23-2.29	21.1	0.269	641	1.506	100
2.29-2.37	21.4	0.254	642	1.685	100
2.37-2.45	21.5	0.223	644	1.631	100
2.45-2.55	21.6	0.177	647	1.695	100
2.55-2.67	21.3	0.151	648	1.709	100
2.67-2.81	21.4	0.132	637	1.855	100
2.81-2.98	21.3	0.106	651	1.945	100
2.98-3.21	21	0.087	648	2.465	100
3.21-3.54	20.9	0.074	652	2.574	100
3.54-4.05	20.1	0.06	666	2.672	100
4.05-5.1	20.1	0.045	675	2.248	100
5.1-40	18.9	0.042	731	1.884	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
Coot		モデル構築
MolProbity		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 3IEZ

3iez

解像度: 1.88→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / WR_factor R_free: 0.239 / WR_factor R_work: 0.206 / SU B: 2.65 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.244	627	4.869 %	RANDOM
R_work	0.207	-	-	-
obs	0.209	12877	99.938 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.811 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.212 Å²	0.106 Å²	0 Å²
2-	-	0.212 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.318 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.88→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	821	0	0	53	874

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	839
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	557
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.612	1.966	1135
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.881	3	1361
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.932	5	102
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.25	24.634	41
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.62	15	143
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	32.852	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	129
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	926
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	177
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.181	1.5	509
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.307	1.5	206
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.239	2	814
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.343	3	330
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.593	4.5	320

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.88-1.929	0.272	41	0.237	881	922	100
1.929-1.982	0.278	49	0.221	867	916	100
1.982-2.039	0.297	45	0.226	814	860	99.884
2.039-2.101	0.216	45	0.215	831	877	99.886
2.101-2.17	0.255	44	0.203	795	842	99.644
2.17-2.246	0.254	37	0.191	771	808	100
2.246-2.331	0.206	39	0.192	756	795	100
2.331-2.425	0.247	36	0.203	711	747	100
2.425-2.533	0.181	31	0.216	687	720	99.722
2.533-2.656	0.305	31	0.22	675	706	100
2.656-2.799	0.219	32	0.242	623	656	99.848
2.799-2.968	0.358	33	0.226	604	637	100
2.968-3.171	0.199	35	0.222	557	592	100
3.171-3.424	0.227	27	0.226	539	566	100
3.424-3.748	0.243	21	0.214	495	516	100
3.748-4.186	0.322	18	0.172	443	461	100
4.186-4.824	0.219	18	0.16	407	425	100
4.824-5.887	0.238	14	0.204	350	364	100
5.887-8.237	0.247	21	0.243	273	294	100
8.237-40	0.192	10	0.199	171	181	100

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関連情報:EMDBヘッダ

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