PDB-3isr: The Crystal Structure of a Putative Cysteine Protease from Cytoph...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3isr

タイトル

The Crystal Structure of a Putative Cysteine Protease from Cytophaga hutchinsonii to 1.9A

要素

Transglutaminase-like enzymes, putative cysteine protease

キーワード

HYDROLASE / Transglutaminase / cysteine / protease / cytophaga / hutchinsonii / PSI / MCSG / Structural Genomics / Midwest Center for Structural Genomics / Protein Structure Initiative

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Cytophaga hutchinsonii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Stein, A.J. / Bigelow, L. / Trevino, D. / Buck, K. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The Crystal Structure of a Putative Cysteine Protease from Cytophaga hutchinsonii to 1.9A
著者: Stein, A.J. / Bigelow, L. / Trevino, D. / Buck, K. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2009年8月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年9月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3isr.cif.gz	249 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3isr.ent.gz	202.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3isr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/3isr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/3isr	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	4bub-d 2yw3-d 3vpd-1 4epl-2 6ii0-d 4hdh-d 4h5f-d 1nj2-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC62855

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#209 - 2017年5月組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Transglutaminase-like enzymes, putative cysteine protease

B: Transglutaminase-like enzymes, putative cysteine protease

C: Transglutaminase-like enzymes, putative cysteine protease

D: Transglutaminase-like enzymes, putative cysteine protease

133 kDa, 4 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Transglutaminase-like enzymes, putative cysteine protease

B: Transglutaminase-like enzymes, putative cysteine protease

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
66.3 kDa, 2 ポリマー
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3

C: Transglutaminase-like enzymes, putative cysteine protease

D: Transglutaminase-like enzymes, putative cysteine protease

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
66.3 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	90.716, 115.240, 131.262
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

authors state that biological unit is the same as asymmetric unit.

#1: タンパク質	Transglutaminase-like enzymes, putative cysteine protease 分子量: 33159.617 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: pMCSG19 由来: (組換発現) Cytophaga hutchinsonii (バクテリア) 株: ATCC 33406 / 遺伝子: CHU_2601, CHU_261 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q11RW0, UniProt: A0A6N4STR6*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 565 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.5 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.9 詳細: 20% PEG 3350, 0.2M Sodium thiocyanate, pH 6.9, vapor diffusion, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月7日

放射

モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9794 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 108506 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.073 / Χ²: 1.54 / Net I/σ(I): 8.7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.9-1.97	4.9	0.689	10752	0.873	1	100
1.97-2.05	5	0.445	10786	0.863	1	100
2.05-2.14	5	0.294	10783	0.875	1	100
2.14-2.25	5	0.209	10795	0.918	1	100
2.25-2.39	5	0.154	10829	0.963	1	99.9
2.39-2.58	5	0.114	10840	1.04	1	99.9
2.58-2.84	5	0.087	10845	1.291	1	99.7
2.84-3.25	4.9	0.073	10866	2.08	1	99.6
3.25-4.09	4.8	0.056	10945	2.891	1	99.3
4.09-50	4.8	0.049	11065	3.675	1	97.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	refmac_5.5.0102	精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
SHELX		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		位相決定
ARP/wARP		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

解像度: 1.9→48.28 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / WR_factor R_free: 0.22 / WR_factor R_work: 0.187 / SU B: 6.816 / SU ML: 0.09 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.139 / ESU R Free: 0.129 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22	5394	5 %	RANDOM
R_work	0.187	-	-	-
obs	0.189	108299	99.26 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.899 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→48.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8923	0	0	565	9488

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	9177
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.207	1.935	12526
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.905	5	1157
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.168	23.661	407
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.823	15	1379
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.169	15	43
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	1439
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	7033
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.562	1.5	5751
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.033	2	9299
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.808	3	3426
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.74	4.5	3221

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.898-1.947	0.295	401	0.267	7310	7951	96.982
1.947-2	0.254	406	0.239	7321	7761	99.562
2-2.058	0.27	352	0.209	7222	7601	99.645
2.058-2.122	0.244	333	0.196	6990	7329	99.918
2.122-2.191	0.234	352	0.189	6803	7164	99.874
2.191-2.268	0.237	331	0.183	6556	6896	99.869
2.268-2.353	0.215	349	0.186	6290	6648	99.865
2.353-2.449	0.225	328	0.184	6109	6445	99.876
2.449-2.558	0.234	304	0.189	5835	6152	99.789
2.558-2.682	0.262	321	0.192	5571	5906	99.763
2.682-2.827	0.239	271	0.197	5352	5633	99.822
2.827-2.997	0.241	258	0.191	5061	5338	99.644
2.997-3.204	0.209	256	0.191	4757	5036	99.543
3.204-3.459	0.217	217	0.178	4455	4699	99.425
3.459-3.787	0.204	193	0.178	4097	4332	99.03
3.787-4.231	0.208	207	0.165	3688	3927	99.185
4.231-4.879	0.169	174	0.152	3281	3520	98.153
4.879-5.961	0.189	158	0.183	2784	2987	98.493
5.961-8.366	0.21	102	0.216	2203	2363	97.545
8.366-48.282	0.247	81	0.214	1220	1419	91.684

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.7658	-0.9747	-7.0757	0.1261	0.8551	6.7572	0.3545	-0.0182	0.5137	-0.0131	0.0438	-0.0611	-0.6152	-0.2725	-0.3983	0.5387	0.0536	-0.0218	0.4883	-0.0498	0.5041	-16.6892	-7.0525	19.7812
2	11.7896	-8.9132	-1.9856	8.4655	1.3392	2.7399	0.2341	0.645	0.2288	-0.2516	-0.3645	-0.3584	0.0069	0.3036	0.1305	0.226	-0.0303	0.0085	0.2155	0.0388	0.1033	3.7866	-18.9145	10.4681
3	7.052	-3.4713	0.064	4.717	0.4401	3.2088	0.0764	0.181	-0.1103	-0.1397	-0.1041	0.055	0.1895	0.0497	0.0277	0.18	-0.0502	-0.0176	0.1117	0.0029	0.0417	-0.0529	-22.5246	20.1337
4	4.2614	-1.4335	-1.1298	1.4824	0.613	2.5467	0.1205	0.3942	-0.1901	-0.2174	-0.1672	0.1327	0.294	0.051	0.0467	0.2615	-0.0291	-0.0354	0.212	-0.0403	0.1709	-2.612	-27.4691	12.0223
5	2.7233	-0.7175	-0.3983	3.0737	0.8031	2.9216	-0.017	0.1158	-0.19	-0.0869	0.0123	-0.0999	0.349	0.2954	0.0047	0.1843	0	-0.0297	0.1747	-0.0013	0.1277	3.9366	-27.4542	20.0812
6	1.8494	-1.7395	-1.8117	4.1025	3.7748	5.1273	-0.0724	0.1445	-0.0483	-0.0941	-0.1786	0.4026	0.0828	-0.2541	0.2511	0.1206	-0.0207	-0.014	0.1858	0.0251	0.1475	-11.807	-10.9043	21.5136
7	1.5058	-1.8897	0.9358	6.2695	-2.6877	1.2065	-0.1765	-0.2417	0.084	0.5151	0.2694	0.3755	-0.2138	-0.2351	-0.093	0.2558	0.0328	0.0424	0.365	-0.029	0.2507	-10.5883	-5.8646	46.0596
8	1.9888	-0.2714	-0.9767	2.1083	-0.1131	1.2817	-0.0162	-0.1642	0.0456	0.1578	-0.0365	-0.157	0.0514	0.013	0.0527	0.092	-0.009	-0.0204	0.1047	0.02	0.0338	6.4258	-10.2634	41.1733
9	15.8149	-4.6321	4.6085	4.8801	0.2265	2.054	-0.5312	-0.8542	0.6459	-0.0081	0.2018	0.0346	-0.2799	-0.2873	0.3294	0.4214	0.0155	-0.0413	0.192	-0.074	0.2019	3.9437	5.6541	44.4475
10	4.1783	-0.4274	-1.3852	1.8334	-0.1537	2.9547	0.0175	0.0778	0.406	-0.0296	-0.0057	-0.114	-0.252	0.0156	-0.0119	0.1119	-0.0206	-0.0489	0.0633	0.0213	0.1101	4.0263	2.8115	30.8901
11	2.2621	2.8061	2.2818	5.4773	0.4036	5.2738	0.02	0.1147	-0.1451	-0.0575	0.0941	-0.2535	0.1435	0.1639	-0.114	0.0671	-0.009	-0.0204	0.1267	0.0408	0.1567	15.0361	-5.3458	32.6977
12	2.3751	0.9671	-0.0736	2.7036	0.128	2.215	-0.0596	0.0394	0.1194	0.0168	0.0081	-0.1121	-0.0074	0.0383	0.0514	0.0438	0.0065	-0.0279	0.039	0.019	0.0521	5.2523	-4.917	33.629
13	1.4233	-0.5254	0.3441	2.5363	0.8914	2.41	-0.0555	0.1412	0.1152	-0.2236	0.0187	0.0168	-0.0612	-0.0487	0.0368	0.0581	-0.0095	-0.0177	0.0983	0.0126	0.0614	-3.6536	-6.4178	25.632
14	1.4827	-0.6073	1.1557	3.5837	0.0283	2.0302	-0.0117	0.0043	0.2664	-0.1455	-0.0555	0.2119	-0.0769	-0.0006	0.0672	0.0956	0.0051	-0.0019	0.1148	-0.0002	0.113	-4.5777	-4.8327	22.1987
15	9.2651	-0.1982	2.2514	4.6199	0.357	6.1521	0.0501	-0.3448	-0.2207	0.1089	-0.0237	-0.0794	0.379	0.1434	-0.0264	0.1002	-0.0072	0.0042	0.0668	0.0243	0.0289	3.3894	-15.4709	32.6153
16	3.6752	-3.2035	-0.8083	7.1068	1.994	4.2668	0.0164	0.1355	0.366	-0.0776	0.0142	-0.5732	-0.001	0.3168	-0.0307	0.1507	-0.0219	0.0044	0.2012	0.0192	0.1064	10.4621	-22.2063	22.5754
17	28.5147	-19.8451	10.9338	13.8889	-7.448	4.5892	0.184	0.3381	1.2276	-0.1668	-0.2619	-1.0334	-0.0931	0.2471	0.0779	0.4162	-0.1092	0.0778	0.4398	0.0226	0.4671	10.7231	-16.8552	10.4341
18	0.2418	-0.0388	-0.8571	1.8811	1.9107	4.7584	-0.0189	0.1008	0.0687	-0.3963	-0.1146	0.3281	-0.3952	-0.4284	0.1335	0.2868	0.0259	-0.088	0.2835	0.0137	0.3183	-10.8411	-2.1595	16.2405
19	0.0031	0.0009	0.0008	0.0006	-0.0005	0.0017	-0.0052	-0.0112	0.0445	0.011	-0.0086	0.0123	-0.0286	0.0148	0.0138	0.7549	-0.0463	-0.006	0.4817	-0.0505	0.6912	-10.1654	9.2487	32.6922
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66	4.6376	-4.6571	-3.0268	18.3452	2.9298	2.9779	-0.0219	-0.2971	-0.4535	0.5863	-0.0425	0.3799	-0.0281	0.3411	0.0643	0.4922	-0.0037	-0.1711	0.6414	0.1011	0.2853	44.3433	-6.2768	66.7148
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73	12.5682	-2.0693	-0.0252	9.4646	0.666	3.7129	-0.0316	-1.4199	-0.2654	0.6123	0.2661	0.8206	0.1542	-0.2995	-0.2344	0.3571	-0.0666	0.0456	0.5472	-0.0183	0.1296	29.5875	14.0297	61.6124
74	1.4585	-0.178	-0.4188	2.8741	-0.3108	2.7397	0.1034	-0.3012	0.3415	0.1331	-0.0734	0.1279	-0.0498	0.1064	-0.03	0.1191	-0.0285	-0.0081	0.1361	-0.0581	0.1339	28.9477	18.9747	45.7689
75	5.7358	-3.1047	-1.0872	5.2005	1.3496	2.4239	-0.0083	-0.3478	0.3255	0.2813	0.0384	0.0909	-0.0464	0.2515	-0.0301	0.1774	-0.0654	-0.0118	0.2458	-0.0863	0.0677	32.5819	19.5641	54.9573
76	7.3279	2.3271	0.5185	9.3333	0.6535	5.0027	-0.0294	-0.1037	-0.3281	-0.3576	0.1101	-0.4702	0.3048	0.2557	-0.0807	0.1365	0.0123	-0.0185	0.2001	-0.016	0.0849	36.6217	7.8328	43.8538
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79	3.8793	-3.4709	-0.5081	6.2996	4.5665	5.4028	-0.3267	-0.3099	0.1801	0.1966	0.1035	0.1222	-0.1162	0.0076	0.2232	0.5023	-0.1168	0.0241	0.6775	-0.2517	0.3587	32.6236	25.0646	64.939
80	3.3503	0.4346	-0.9635	2.2206	-0.3698	3.8965	-0.0831	-0.2494	0.5162	0.1637	0.1023	0.1958	-0.3426	-0.173	-0.0193	0.211	-0.0293	0.034	0.1529	-0.0864	0.2671	25.3004	27.5749	49.2712

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-3 - 3
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	4 - 13
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	14 - 32
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	33 - 47
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	48 - 70
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	71 - 86
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	87 - 101
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	102 - 119
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	120 - 128
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	129 - 154
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	155 - 164
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	165 - 190
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	191 - 220
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	221 - 233
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	234 - 239
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	240 - 249
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	250 - 256
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	257 - 271
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	272 - 276
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	277 - 282
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	-6 - 1
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	2 - 13
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	14 - 32
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	33 - 47
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	48 - 64
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	65 - 71
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	72 - 83
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	84 - 95
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	96 - 115
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	116 - 124
31	X-RAY DIFFRACTION	31	B	125 - 131
32	X-RAY DIFFRACTION	32	B	132 - 153
33	X-RAY DIFFRACTION	33	B	154 - 189
34	X-RAY DIFFRACTION	34	B	190 - 203
35	X-RAY DIFFRACTION	35	B	204 - 224
36	X-RAY DIFFRACTION	36	B	225 - 235
37	X-RAY DIFFRACTION	37	B	236 - 249
38	X-RAY DIFFRACTION	38	B	250 - 255
39	X-RAY DIFFRACTION	39	B	256 - 269
40	X-RAY DIFFRACTION	40	B	270 - 282
41	X-RAY DIFFRACTION	41	C	-2 - 3
42	X-RAY DIFFRACTION	42	C	4 - 13
43	X-RAY DIFFRACTION	43	C	14 - 32
44	X-RAY DIFFRACTION	44	C	33 - 46
45	X-RAY DIFFRACTION	45	C	47 - 64
46	X-RAY DIFFRACTION	46	C	65 - 72
47	X-RAY DIFFRACTION	47	C	73 - 86
48	X-RAY DIFFRACTION	48	C	87 - 101
49	X-RAY DIFFRACTION	49	C	102 - 117
50	X-RAY DIFFRACTION	50	C	118 - 135
51	X-RAY DIFFRACTION	51	C	136 - 145
52	X-RAY DIFFRACTION	52	C	146 - 157
53	X-RAY DIFFRACTION	53	C	158 - 190
54	X-RAY DIFFRACTION	54	C	191 - 203
55	X-RAY DIFFRACTION	55	C	204 - 230
56	X-RAY DIFFRACTION	56	C	231 - 239
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79	X-RAY DIFFRACTION	79	D	257 - 266
80	X-RAY DIFFRACTION	80	D	267 - 282

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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