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- PDB-3is8: Structure of mineralized Bfrb soaked with FeSO4 from Pseudomonas ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3is8
タイトルStructure of mineralized Bfrb soaked with FeSO4 from Pseudomonas aeruginosa to 2.25A Resolution
要素Bacterioferritin
キーワードELECTRON TRANSPORT / iron storage / Heme / Iron / Metal-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / ferric iron binding / iron ion transport / iron ion binding / heme binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bacterioferritin signature. / Bacterioferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily ...Bacterioferritin signature. / Bacterioferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / : / Bacterioferritin
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Lovell, S. / Weeratunga, S.K. / Battaile, K.P. / Rivera, M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Structural Studies of Bacterioferritin B from Pseudomonas aeruginosa Suggest a Gating Mechanism for Iron Uptake via the Ferroxidase Center
著者: Weeratunga, S.K. / Lovell, S. / Yao, H. / Battaile, K.P. / Fischer, C.J. / Gee, C.E. / Rivera, M.
履歴
登録2009年8月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacterioferritin
B: Bacterioferritin
C: Bacterioferritin
D: Bacterioferritin
E: Bacterioferritin
F: Bacterioferritin
G: Bacterioferritin
H: Bacterioferritin
I: Bacterioferritin
J: Bacterioferritin
K: Bacterioferritin
L: Bacterioferritin
M: Bacterioferritin
N: Bacterioferritin
O: Bacterioferritin
P: Bacterioferritin
Q: Bacterioferritin
R: Bacterioferritin
S: Bacterioferritin
T: Bacterioferritin
U: Bacterioferritin
V: Bacterioferritin
W: Bacterioferritin
X: Bacterioferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)459,686146
ポリマ－445,92424
非ポリマー13,762122
水27,0231500
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)125.723, 203.278, 207.724
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 24分子 ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWX

#1: タンパク質 ...
Bacterioferritin


分子量: 18580.168 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: bfrB, PA3531 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Arctic express RIL / 参照: UniProt: Q9HY79

-
非ポリマー , 5種, 1622分子

#2: 化合物...
ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1500 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.67 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6
詳細: 35% MPD, 100mM MES, 200mM Li2SO4, pH 6.0, vapor diffusion, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月13日
回折測定詳細: 0.50 degrees, 9.0 sec, detector distance 200.00 mm
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
ReflectionAv R equivalents: 0.135 / 数: 1858510
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 251658 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 28.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Rsym value: 0.135 / Net I/σ(I): 13.118
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.692 / Mean I/σ(I) obs: 1.853 / Num. unique all: 24621 / Rsym value: 0.692 / % possible all: 98.5
Cell measurementReflection used: 1858510

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.36 Å49.36 Å
Translation2.36 Å49.36 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMACrefmac_5.5.0066精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
d*TREKデータスケーリング
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3IS7

3is7


解像度: 2.25→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / WRfactor Rfree: 0.197 / WRfactor Rwork: 0.156 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 5.196 / SU ML: 0.129 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.225 / ESU R Free: 0.193 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.226 12585 5 %RANDOM
Rwork0.177 ---
obs0.179 250556 99.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 59.48 Å2 / Biso mean: 24.991 Å2 / Biso min: 4.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.5 Å20 Å20 Å2
2---0.57 Å20 Å2
3---1.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数30805 0 658 1500 32963
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.02132037
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.0228614
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6832.00843421
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.16366847
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.04353788
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.55925.6941728
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.963156105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg27.90815120
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.24676
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0235252
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.025732
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8151.518508
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2171.57720
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.626229723
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.838313529
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.6734.513650
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.25-2.3080.39270.235171531840898.218
2.308-2.3710.2728950.21169031790199.425
2.371-2.440.2668800.2165051743999.69
2.44-2.5150.2548220.19161161698599.723
2.515-2.5970.2397840.181156411644299.897
2.597-2.6880.2488330.18150611590999.906
2.688-2.7890.2397850.182145931538699.948
2.789-2.9030.2377460.175140351478299.993
2.903-3.0310.2477380.1841349114229100
3.031-3.1790.2216710.1731293213603100
3.179-3.350.2176820.1751227712959100
3.35-3.5520.2095900.1641170912299100
3.552-3.7960.2125690.1581099911568100
3.796-4.0980.1865160.1451025610772100
4.098-4.4860.1625010.12794699970100
4.486-5.0110.1964320.15186319063100
5.011-5.7760.2364220.276038025100
5.776-7.0510.2783470.23365006847100
7.051-9.8740.2052740.16551315405100
9.874-500.2361710.2492966321197.695

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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