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- PDB-3irw: Structure of a c-di-GMP riboswitch from V. cholerae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3irw
タイトルStructure of a c-di-GMP riboswitch from V. cholerae
要素
  • U1 small nuclear ribonucleoprotein A
  • c-di-GMP Riboswitch
キーワードRNA binding protein/RNA / riboswitch / c-di-GMP / RNA / RNA binding protein-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


U1 snRNP binding / U1 snRNP / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm ...U1 snRNP binding / U1 snRNP / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 2 / U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 1 / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits ...U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 2 / U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 1 / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-C2E / IRIDIUM HEXAMMINE ION / RNA / RNA (> 10) / U1 small nuclear ribonucleoprotein A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Smith, K.D.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structural basis of ligand binding by a c-di-GMP riboswitch.
著者: Smith, K.D. / Lipchock, S.V. / Ames, T.D. / Wang, J. / Breaker, R.R. / Strobel, S.A.
履歴
登録2009年8月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
P: U1 small nuclear ribonucleoprotein A
R: c-di-GMP Riboswitch
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,67214
ポリマ－41,2832
非ポリマー3,38912
水1,65792
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6430 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area18100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.461, 45.123, 76.573
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.79, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 2分子 PR

#1: タンパク質 U1 small nuclear ribonucleoprotein A / U1 snRNP protein A / U1A protein / U1-A


分子量: 11340.315 Da / 分子数: 1 / 断片: RNA Binding Domain / 変異: Y31H, Q36R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNRPA / プラスミド: pET11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 / 参照: UniProt: P09012
#2: RNA鎖 c-di-GMP Riboswitch


分子量: 29942.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: In vitro synthesis from a plasmid dna template of natural sequence from vibrio cholerae
由来: (合成) Vibrio cholerae (コレラ菌)

-
非ポリマー , 4種, 104分子

#3: 化合物 ChemComp-C2E / 9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one) / c-di-GMP / Cyclic diguanosine monophosphate / c-di-GMP


分子量: 690.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O14P2
#4: 化合物
ChemComp-IRI / IRIDIUM HEXAMMINE ION


分子量: 294.400 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: H18IrN6
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.15 %
結晶化温度: 298 K / pH: 6
詳細: 22% PEG550mme, 50 mM MES, pH 6.0, 5 mM MgSO4, 300 mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.1050, 1.1054, 1.0762
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月26日
詳細: CRYOGENICALLY COOLED DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMETER WITH HORIZONTAL FOCUSING SAGITTAL BEND SECOND MONO CRYSTAL WITH 4:1 MAGNIFICATION RATIO AND VERTICALLY FOCUSING MIRROR.
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMETER WITH HORIZONTAL FOCUSING SAGITTAL BEND SECOND MONO CRYSTAL WITH 4:1 MAGNIFICATION RATIO AND VERTICALLY FOCUSING MIRROR.
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.1051
21.10541
31.07621
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 8935 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(I): 1.9 / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.382 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 82.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
SOLVE位相決定
REFMAC5.4.0077精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.7→43.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU ML: 0.32 / TLS residual ADP flag: UNVERIFIED / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.411
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 439 4.9 %RANDOM
Rwork0.196 ---
obs0.199 8497 94.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.651 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.83 Å20 Å21.44 Å2
2---4.89 Å20 Å2
3---4.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→43.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数734 1961 111 92 2898
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0213045
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9532.7764631
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.686589
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.39223.23534
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.32715150
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.926156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021519
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.125449
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.84810727
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.90152596
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.102103904
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.413 19 -
Rwork0.311 477 -
obs--72.51 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.2098-0.4908-0.80683.56361.64020.79180.0919-0.7027-0.1654-0.01150.0286-0.11360.3680.297-0.12050.25630.14550.11240.35140.03790.053218.422-30.654-11.934
21.1305-0.9168-0.94292.05940.02341.98430.28260.02110.0458-0.2669-0.2328-0.09990.06560.152-0.04980.20470.0236-0.01940.1259-0.00470.07094.529-25.86-6.55
30.183-0.3101-0.2750.69660.8511.27970.0584-0.01680.1455-0.0360.0024-0.10030.00430.0515-0.06070.2272-0.07770.01680.2474-0.00870.188210.587-22.0712.318
40000000000000000.1906000.190600.19065.204-4.45937.533
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1R8 - 14
2X-RAY DIFFRACTION1R92 - 97
3X-RAY DIFFRACTION2R15 - 47
4X-RAY DIFFRACTION3R48 - 91
5X-RAY DIFFRACTION3R660 - 669
6X-RAY DIFFRACTION4P7 - 96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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