PDB-3irh: Structure of an Enterococcus Faecalis HD-domain protein complexed...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3irh

タイトル

Structure of an Enterococcus Faecalis HD-domain protein complexed with dGTP and dATP

要素

HD domain protein

キーワード

HYDROLASE / HD Domain / Phosphohydrolase / dNTPase / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / unknown function

機能・相同性

機能・相同性情報

dGTPase activity / dGTP catabolic process / regulation of innate immune response / defense response to virus / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterococcus faecalis (乳酸球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Vorontsov, I.I. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Brunzelle, J.S. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Characterization of the deoxynucleotide triphosphate triphosphohydrolase (dNTPase) activity of the EF1143 protein from Enterococcus faecalis and crystal structure of the activator-substrate complex.
著者: Vorontsov, I.I. / Minasov, G. / Kiryukhina, O. / Brunzelle, J.S. / Shuvalova, L. / Anderson, W.F.

履歴

登録	2009年8月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年9月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2011年11月23日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.4	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3irh.cif.gz	382.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3irh.ent.gz	311.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3irh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3irh_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3irh_full_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示
XML形式データ	3irh_validation.xml.gz	67.8 KB	表示
CIF形式データ	3irh_validation.cif.gz	92.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ir/3irh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ir/3irh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2o6iSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4lrl-d 6vx7-d 6l2t-d 2akh-d 6n23-d 9321 21433 0180 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC28984

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (1) #177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: HD domain protein

B: HD domain protein

C: HD domain protein

D: HD domain protein

ヘテロ分子

227 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: HD domain protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: HD domain protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

C: HD domain protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

D: HD domain protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	149.253, 188.660, 67.822
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

詳細

authors state that chains A, B, C and D form a tetramer

#1: タンパク質	HD domain protein 分子量: 55886.008 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 株: V583 / 遺伝子: EF-1143, EF_1143 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 / 参照: UniProt: Q836G9
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-DGT / 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / dGTP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃
#4: 化合物	ChemComp-DTP / 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / dATP 分子量: 491.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₂P₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 409 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.41 %
結晶化	温度: 295 K / pH: 7.5 詳細: 0.2 M Sodium bromide, 0.1 M Bis-tris propane pH 7.5, 20 % w/v Polyethylene glycol 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月18日 / 詳細: BERYLLIUM LENSES/DIAMOND LAUE MONO
放射	モノクロメーター: DIAMOND [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 75951 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 21
反射シェル	解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 95.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ID 2O6I

2o6i

解像度: 2.4→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / SU B: 17.65 / SU ML: 0.206 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.567 / ESU R Free: 0.278 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.244	3783	5 %	RANDOM
R_work	0.185	-	-	-
obs	0.188	71324	99.2 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.67 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.12 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.09 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14635	0	188	409	15232

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	15352
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.21	1.967	20854
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.493	5	1804
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.703	23.468	793
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.873	15	2602
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.627	15	116
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	2238
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	11802
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	7067
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.304	0.2	10578
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.154	0.2	741
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.245	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.197	0.2	86
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.201	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.693	1.5	9189
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.211	2	14606
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.907	3	6952
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.06	4.5	6247
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.299	256	-
R_work	0.233	4979	-
obs	-	-	95.32 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0343	-0.048	0.1003	1.2389	0.002	1.2939	-0.0612	0.0393	0.0494	-0.0607	-0.016	0.1793	0.0429	-0.1853	0.0772	0.0238	-0.0315	-0.0188	-0.0523	-0.0285	-0.236	-73.239	31.003	-17.498
2	2.0473	-0.4394	0.1079	1.6001	0.0169	0.5989	-0.0336	0.2937	-0.3469	-0.2708	0.0393	-0.1517	0.1804	0.0675	-0.0057	0.123	-0.0274	0.0283	-0.0265	-0.0984	-0.1752	-52.518	19.461	-26.821
3	6.2489	-1.676	1.5685	5.3857	-2.3891	1.7234	-0.0387	0.7717	0.0214	-0.8374	0.1359	0.3222	0.2599	-0.1286	-0.0972	0.2481	-0.0671	-0.0626	0.2107	-0.0071	-0.1686	-68.171	41.654	-37.483
4	7.9271	-4.1889	-0.9891	12.9191	-1.7467	7.3992	-0.0379	-0.1847	-0.0043	-0.4255	0.335	-1.2642	-0.0952	0.5027	-0.2971	0.2233	-0.0686	0.1787	0.0652	-0.1906	0.0034	-33.214	23.332	-35.264
5	1.2625	0.1029	0.0384	1.402	-0.1075	0.9487	-0.0172	-0.0651	-0.0476	0.1032	-0.0294	-0.1553	0.0726	0.0071	0.0465	-0.0076	0.0292	-0.0171	-0.1247	0.0326	-0.2313	-39.272	34.32	-0.688
6	4.0305	-0.3614	-1.8176	1.5183	0.3394	1.8524	-0.1189	-0.479	-0.4941	0.091	-0.0554	-0.1128	0.1857	0.0615	0.1744	0.0715	-0.0078	0.0107	-0.0315	0.0992	-0.1112	-61.716	12.924	7.353
7	15.5806	2.9739	-1.3047	3.3759	-0.0655	7.0782	0.167	-0.8783	-1.5202	0.5561	-0.2629	-0.4266	0.8582	-0.0644	0.0959	0.2774	0.0237	-0.0762	0.0359	0.0258	-0.0636	-42.925	46.236	17.582
8	11.5111	-0.6869	-0.0236	3.9588	1.1682	6.7617	0.4393	-0.1099	0.0095	-0.0219	-0.4967	0.5879	-0.5852	-0.6079	0.0574	0.1376	0.0424	0.0154	0.0957	-0.0783	-0.1408	-79.753	21.871	15.545
9	2.6766	-0.2777	-0.2383	2.0729	-0.1326	1.1699	0.0473	0.0245	-0.1596	-0.0572	-0.0755	0.4387	-0.0484	-0.0889	0.0282	-0.0273	0.0229	-0.0138	-0.1293	-0.0322	-0.1609	-72.176	66.949	-4.606
10	1.934	0.1569	0.2292	1.303	0.2642	0.5481	-0.048	-0.1847	0.2215	0.1552	0.0441	-0.0175	-0.1434	0.0969	0.0039	0.0402	0.013	0.0117	-0.0805	-0.0361	-0.1916	-50.086	78.795	4.74
11	7.5593	2.6541	-2.1028	7.7786	-3.2724	2.1318	0.1355	-0.4455	-0.0683	1.1667	0.0684	0.5172	-0.317	-0.1187	-0.2039	0.2807	0.0359	0.0701	0.2312	0.0513	-0.0531	-66.161	56.891	15.182
12	10.6384	0.2827	1.7629	8.5506	-3.352	6.4236	0.1106	0.1746	0.0982	-0.0536	-0.1893	-1.073	0.3742	0.7573	0.0787	0.0671	0.0716	-0.059	0.0306	-0.1186	-0.0894	-29.595	73.995	13.726
13	1.2441	-0.3224	-0.2492	1.2821	0.274	1.2151	0.0157	0.1106	-0.0262	-0.146	-0.0349	-0.0695	-0.0668	0.0644	0.0191	0.0062	-0.0117	-0.0003	-0.1059	0.0184	-0.2632	-36.911	63.573	-20.226
14	1.719	-0.8543	-0.1132	1.752	0.648	0.7448	0.1239	0.3574	0.3604	-0.4361	-0.2898	-0.0087	-0.298	-0.1999	0.1659	0.2226	0.06	-0.0373	0.0549	0.1073	-0.1691	-58.153	79.411	-29.514
15	19.7005	-4.5717	3.852	5.4606	0.6136	6.9082	0.2478	0.7794	1.5177	-0.4278	-0.3624	-0.5748	-0.676	0.3258	0.1146	0.2238	-0.0209	0.1018	0.0469	0.0717	-0.1671	-41.9	50.72	-40.098
16	4.9998	-4.0638	0.675	13.6986	-0.5362	9.8352	0.2339	-0.0464	-0.4512	-0.2204	-0.4044	1.2735	0.0919	-1.2813	0.1706	0.3054	0.0718	-0.186	0.34	-0.1437	0.0309	-76.549	76.016	-36.983

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 209
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	210 - 366
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	367 - 410
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	411 - 456
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	1 - 244
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	245 - 371
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	383 - 411
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	412 - 456
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	1 - 213
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	214 - 366
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	367 - 415
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	416 - 456
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	1 - 218
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	219 - 369
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	384 - 410
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	411 - 456

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)