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- PDB-3ir8: Red fluorescent protein mKeima at pH 7.0 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ir8
タイトルRed fluorescent protein mKeima at pH 7.0
要素Large stokes shift fluorescent protein
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / beta barrel
機能・相同性Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / Beta Barrel / Mainly Beta / Large stokes shift fluorescent protein
機能・相同性情報
生物種Montipora sp. 20 (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.63 Å
データ登録者Henderson, J.N. / Osborn, M.F. / Koon, N. / Gepshtein, R. / Huppert, D. / Remington, S.J.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2009
タイトル: Excited state proton transfer in the red fluorescent protein mKeima.
著者: Henderson, J.N. / Osborn, M.F. / Koon, N. / Gepshtein, R. / Huppert, D. / Remington, S.J.
履歴
登録2009年8月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Large stokes shift fluorescent protein
B: Large stokes shift fluorescent protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,2072
ポリマ－50,2072
非ポリマー00
水5,513306
1
A: Large stokes shift fluorescent protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1031
ポリマ－25,1031
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Large stokes shift fluorescent protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1031
ポリマ－25,1031
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.959, 75.686, 85.674
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Large stokes shift fluorescent protein


分子量: 25103.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Montipora sp. 20 (無脊椎動物) / 遺伝子: m-keima / プラスミド: pBAD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Top 10 / 参照: UniProt: Q1JV70
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 306 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.11 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 26% PEG 3350, 0.2 M NaCl, 0.1 M Tris pH 7.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月15日
放射モノクロメーター: double-crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.63→50 Å / Num. all: 54971 / Num. obs: 53662 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Χ2: 0.94 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 1.63→1.67 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.505 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 3397 / Χ2: 0.743 / % possible all: 95.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 0.562 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.304
最高解像度最低解像度
Translation4 Å15 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR2.5位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry 1MOV

1mov


解像度: 1.63→31.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / WRfactor Rfree: 0.234 / WRfactor Rwork: 0.191 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.849 / SU B: 1.95 / SU ML: 0.067 / SU R Cruickshank DPI: 0.104 / SU Rfree: 0.106 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 2718 5.1 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.195 53575 97.49 %-
all-54971 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 46.49 Å2 / Biso mean: 16.353 Å2 / Biso min: 6.36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.63→31.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3408 0 0 306 3714
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.0223512
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4141.9674775
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.3615441
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.95624.194155
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.42215556
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5091515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1770.2487
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0212747
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3241.52145
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1323481
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2731367
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8484.51288
LS精密化 シェル解像度: 1.63→1.673 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 185 -
Rwork0.277 3577 -
all-3762 -
obs--93.86 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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