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- PDB-3iqz: Structure of F420 dependent methylene-tetrahydromethanopterin deh... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3iqz
タイトルStructure of F420 dependent methylene-tetrahydromethanopterin dehydrogenase in complex with methylene-tetrahydromethanopterin
要素F420-dependent methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / binary complex of protein and substrate / Methanogenesis / One-carbon metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase / methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase activity / methanogenesis, from carbon dioxide / ferredoxin hydrogenase activity / one-carbon metabolic process
類似検索 - 分子機能
F420-dependent methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase (MTD) / Helix Hairpins - #120 / F420-dependent methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase / F420-dependent methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase superfamily / methylene-5,6,7,8-tetrahydromethanopterin dehydrogenase / Helix Hairpins / Helix non-globular / Special / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5,10-DIMETHYLENE TETRAHYDROMETHANOPTERIN / F420-dependent methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanopyrus kandleri (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Ceh, K.E. / Demmer, U. / Warkentin, E. / Moll, J. / Thauer, R.K. / Shima, S. / Ermler, U.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Structural basis of the hydride transfer mechanism in F(420)-dependent methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase
著者: Ceh, K. / Demmer, U. / Warkentin, E. / Moll, J. / Thauer, R.K. / Shima, S. / Ermler, U.
履歴
登録2009年8月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: F420-dependent methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase
B: F420-dependent methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase
C: F420-dependent methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase
D: F420-dependent methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase
E: F420-dependent methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase
F: F420-dependent methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,42917
ポリマ－188,4956
非ポリマー4,93311
水4,900272
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area36420 Å2
ΔGint-223 kcal/mol
Surface area49520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.810, 167.700, 95.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.25, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A
31C
41D
51F
13D
23A
33C
43E
53F
12B
22E

NCSドメイン領域:

Refine code: 1

Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111THRTHRARGARGBB2 - 842 - 84
211THRTHRARGARGAA2 - 842 - 84
311THRTHRARGARGCC2 - 842 - 84
411THRTHRARGARGDD2 - 842 - 84
511THRTHRARGARGFF2 - 842 - 84
121SERSERGLUGLUBB90 - 28390 - 283
221SERSERGLUGLUAA90 - 28390 - 283
321SERSERGLUGLUCC90 - 28390 - 283
421SERSERGLUGLUDD90 - 28390 - 283
521SERSERGLUGLUFF90 - 28390 - 283
112THRTHRPROPROBB2 - 462 - 46
212THRTHRPROPROEE2 - 462 - 46
122ALAALAARGARGBB51 - 8451 - 84
222ALAALAARGARGEE51 - 8451 - 84
132SERSERGLUGLUBB90 - 28390 - 283
232SERSERGLUGLUEE90 - 28390 - 283
113GLUGLUASPASPDD85 - 8985 - 89
213GLUGLUASPASPAA85 - 8985 - 89
313GLUGLUASPASPCC85 - 8985 - 89
413GLUGLUASPASPEE85 - 8985 - 89
513GLUGLUASPASPFF85 - 8985 - 89

NCSアンサンブル:
ID
1
3
2

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要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
F420-dependent methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase / MTD / Coenzyme F420-dependent N5 / N10- methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase


分子量: 31415.885 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Methanopyrus kandleri (古細菌) / 遺伝子: mtd / プラスミド: pET17b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P94951, EC: 1.5.99.9

-
非ポリマー , 5種, 283分子

#2: 化合物
ChemComp-H4M / 5,10-DIMETHYLENE TETRAHYDROMETHANOPTERIN


分子量: 788.693 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H45N6O16P
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 272 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.18 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 30% PEG400, 0.1M MES, 0.1M sodium acetate, pH6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.008 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月27日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.008 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→94 Å / Num. all: 113106 / Num. obs: 109528 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 7651 / Rsym value: 0.53 / % possible all: 96.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.5.0066精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1QV9

1qv9


解像度: 2.1→94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 14.659 / SU ML: 0.172 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): -3 / ESU R: 0.226 / ESU R Free: 0.177 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22647 5502 5 %RANDOM
Rwork0.19841 ---
all0.19981 103990 --
obs0.19981 103990 96.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.288 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.37 Å20 Å22.2 Å2
2---1.78 Å20 Å2
3---1.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13092 0 280 272 13644
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.02213628
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.572.02218454
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.46451697
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.15625.598627
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.134152447
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.1181584
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.22075
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02110228
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6571.58495
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.202213666
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.27835133
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7944.54784
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11B2117tight positional0.060.05
12A2117tight positional0.050.05
13C2117tight positional0.060.05
14D2117tight positional0.050.05
15F2117tight positional0.060.05
31D38tight positional0.020.05
32A38tight positional0.030.05
33C38tight positional0.040.05
34E38tight positional0.050.05
35F38tight positional0.050.05
11B2117tight thermal0.270.5
12A2117tight thermal0.180.5
13C2117tight thermal0.230.5
14D2117tight thermal0.170.5
15F2117tight thermal0.230.5
31D38tight thermal0.080.5
32A38tight thermal0.090.5
33C38tight thermal0.140.5
34E38tight thermal0.120.5
35F38tight thermal0.10.5
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.327 411 -
Rwork0.297 7651 -
obs--96.29 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.14640.00161.03880.8238-0.19232.75520.55540.2928-0.4969-0.1640.00470.00961.61370.4323-0.56011.22880.2607-0.49340.5071-0.07070.4359-4.825-27.71924.89
20.96050.11270.4740.7286-0.14182.2543-0.03980.09390.21010.1692-0.0122-0.0677-0.22780.4770.05210.2647-0.0437-0.23050.56330.0630.27166.58914.07442.636
30.90070.03330.67470.8498-0.0682.4983-0.07440.46830.1325-0.23880.05240.0743-0.01880.40180.02190.2971-0.0549-0.24020.75980.17840.2431-12.13911.055-0.361
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 283
2X-RAY DIFFRACTION1D2 - 283
3X-RAY DIFFRACTION2B2 - 283
4X-RAY DIFFRACTION2F2 - 283
5X-RAY DIFFRACTION3C2 - 283
6X-RAY DIFFRACTION3E2 - 283

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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