PDB-3iqe: Structure of F420 dependent methylene-tetrahydromethanopterin deh...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3iqe

タイトル

Structure of F420 dependent methylene-tetrahydromethanopterin dehydrogenase in complex with methylene-tetrahydromethanopterin and coenzyme F420

要素

F420-dependent methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / ternary complex of protein / substrate and co-substrate / Methanogenesis / One-carbon metabolism

機能・相同性

機能・相同性情報

methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase / methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase activity / methanogenesis, from carbon dioxide / ferredoxin hydrogenase activity / one-carbon metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanopyrus kandleri (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Ceh, K.E. / Demmer, U. / Warkentin, E. / Moll, J. / Thauer, R.K. / Shima, S. / Ermler, U.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Structural basis of the hydride transfer mechanism in F(420)-dependent methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase
著者: Ceh, K. / Demmer, U. / Warkentin, E. / Moll, J. / Thauer, R.K. / Shima, S. / Ermler, U.

履歴

登録	2009年8月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年10月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3iqe.cif.gz	353.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3iqe.ent.gz	286.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3iqe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3iqe_validation.pdf.gz	3.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3iqe_full_validation.pdf.gz	3.3 MB	表示
XML形式データ	3iqe_validation.xml.gz	76.6 KB	表示
CIF形式データ	3iqe_validation.cif.gz	102.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iq/3iqe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iq/3iqe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3iqfC 3iqzC 1qv9S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3iqz-d 3iqf-2 1u6k-1 1u6i-2 3iqf-1 1u6j-1 1qv9-1 1u6i-1 1u6j-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: F420-dependent methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase

B: F420-dependent methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase

C: F420-dependent methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase

D: F420-dependent methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase

E: F420-dependent methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase

F: F420-dependent methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase

ヘテロ分子

198 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.148, 165.539, 93.552
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.14, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
1	2	F
2	2	A
3	2	B
4	2	D
5	2	E
6	2	C

NCSドメイン領域:

Refine code: 3

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ALA	ALA	LYS	LYS	A	A	4 - 169	4 - 169
2	1	1	ALA	ALA	LYS	LYS	B	B	4 - 169	4 - 169
3	1	1	ALA	ALA	LYS	LYS	C	C	4 - 169	4 - 169
4	1	1	ALA	ALA	LYS	LYS	D	D	4 - 169	4 - 169
5	1	1	ALA	ALA	LYS	LYS	E	E	4 - 169	4 - 169
6	1	1	ALA	ALA	LYS	LYS	F	F	4 - 169	4 - 169
1	2	1	SER	SER	GLU	GLU	A	A	174 - 283	174 - 283
2	2	1	SER	SER	GLU	GLU	B	B	174 - 283	174 - 283
3	2	1	SER	SER	GLU	GLU	C	C	174 - 283	174 - 283
4	2	1	SER	SER	GLU	GLU	D	D	174 - 283	174 - 283
5	2	1	SER	SER	GLU	GLU	E	E	174 - 283	174 - 283
6	2	1	SER	SER	GLU	GLU	F	F	174 - 283	174 - 283
1	1	2	GLU	GLU	ILE	ILE	F	F	170 - 173	170 - 173
2	1	2	GLU	GLU	ILE	ILE	A	A	170 - 173	170 - 173
3	1	2	GLU	GLU	ILE	ILE	B	B	170 - 173	170 - 173
4	1	2	GLU	GLU	ILE	ILE	D	D	170 - 173	170 - 173
5	1	2	GLU	GLU	ILE	ILE	E	E	170 - 173	170 - 173
6	1	2	GLU	GLU	ILE	ILE	C	C	170 - 173	170 - 173

NCSアンサンブル:

ID
1
2

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質	F420-dependent methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase / MTD / Coenzyme F420-dependent N5 / N10-methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase 分子量: 31415.885 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Methanopyrus kandleri (古細菌) / 遺伝子: mtd / プラスミド: pET17b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P94951, EC: 1.5.99.9

#1: タンパク質

F420-dependent methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase / MTD / Coenzyme F420-dependent N5 / N10-methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase

分子量: 31415.885 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Methanopyrus kandleri (古細菌) / 遺伝子: mtd / プラスミド: pET17b / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P94951, EC: 1.5.99.9

-
非ポリマー , 5種, 653分子

#2: 化合物	ChemComp-H4M / 5,10-DIMETHYLENE TETRAHYDROMETHANOPTERIN 分子量: 788.693 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₁H₄₅N₆O₁₆P
#3: 化合物	ChemComp-F42 / COENZYME F420 / 補酵素F420 分子量: 773.593 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₉H₃₆N₅O₁₈P
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 634 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.4 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 30% PEG400, 0.1M MES, 0.1M sodium acetate, pH6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9918 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月5日
放射	モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→92.5 Å / Num. obs: 169214 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / R_sym value: 0.074 / Net I/σ(I): 15.6
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 2.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 11198 / R_sym value: 0.411 / % possible all: 94.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
AMoRE		位相決定
REFMAC	5.5.0066	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QV9

1qv9

解像度: 1.8→92.45 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 6.858 / SU ML: 0.098 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): -0.3 / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.129 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22771	8157	5 %	RANDOM
R_work	0.18974	-	-	-
obs	0.19162	153747	95.68 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.67 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.83 Å²	0 Å²	-1 Å²
2-	-	0.78 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→92.45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13092	0	457	634	14183

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	13805
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	12605
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.627	2.037	18722
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.342	3	29483
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.75	5	1694
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.789	25.591	626
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.185	15	2444
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.78	15	84
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	2091
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	15080
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0	0.02	2448
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.82	1.5	8490
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.243	1.5	3390
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.384	2	13658
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.407	3	5315
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.854	4.5	5062

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1612	tight positional	0.16	0.05
1	2	B	1612	tight positional	0.13	0.05
1	3	C	1612	tight positional	0.12	0.05
1	4	D	1612	tight positional	0.14	0.05
1	5	E	1612	tight positional	0.13	0.05
1	6	F	1612	tight positional	0.13	0.05
2	1	F	24	tight positional	0.03	0.05
2	2	A	24	tight positional	0.02	0.05
2	3	B	24	tight positional	0.03	0.05
2	4	D	24	tight positional	0.02	0.05
2	5	E	24	tight positional	0.03	0.05
2	6	C	24	tight positional	0.05	0.05
1	1	A	2496	loose positional	0.47	5
1	2	B	2496	loose positional	0.43	5
1	3	C	2496	loose positional	0.47	5
1	4	D	2496	loose positional	0.42	5
1	5	E	2496	loose positional	0.46	5
1	6	F	2496	loose positional	0.43	5
2	1	F	37	loose positional	0.02	5
2	2	A	37	loose positional	0.01	5
2	3	B	37	loose positional	0.02	5
2	4	D	37	loose positional	0.01	5
2	5	E	37	loose positional	0.01	5
2	6	C	37	loose positional	0.02	5
1	1	A	1612	tight thermal	1.55	0.5
1	2	B	1612	tight thermal	1.23	0.5
1	3	C	1612	tight thermal	1.37	0.5
1	4	D	1612	tight thermal	1.27	0.5
1	5	E	1612	tight thermal	1.77	0.5
1	6	F	1612	tight thermal	1.46	0.5
2	1	F	24	tight thermal	0.14	0.5
2	2	A	24	tight thermal	0.08	0.5
2	3	B	24	tight thermal	0.05	0.5
2	4	D	24	tight thermal	0.09	0.5
2	5	E	24	tight thermal	0.09	0.5
2	6	C	24	tight thermal	0.06	0.5
1	1	A	2496	loose thermal	1.61	10
1	2	B	2496	loose thermal	1.59	10
1	3	C	2496	loose thermal	1.77	10
1	4	D	2496	loose thermal	1.65	10
1	5	E	2496	loose thermal	1.9	10
1	6	F	2496	loose thermal	1.67	10
2	1	F	37	loose thermal	0.03	10
2	2	A	37	loose thermal	0.03	10
2	3	B	37	loose thermal	0.05	10
2	4	D	37	loose thermal	0.02	10
2	5	E	37	loose thermal	0.04	10
2	6	F	37	loose thermal	0.04	10

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.339	617	-
R_work	0.327	11198	-
obs	-	-	94.6 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4027	0.0343	0.0639	0.5829	-0.1402	0.498	0.027	0.0106	-0.1674	-0.0646	0.0549	0.0226	0.1697	-0.0228	-0.0819	0.1585	-0.0073	0.0012	0.0062	0.0009	0.0868	-4.68	-26.433	25.311
2	0.4248	-0.0087	0.0825	0.3745	-0.0293	0.4421	-0.0303	-0.0127	0.0334	0.0767	0.0286	-0.0315	-0.0573	0.0368	0.0016	0.0919	0.011	0.0094	0.0232	-0.0066	0.0111	9.972	14.704	41.205
3	0.4065	0.0218	0.1065	0.3582	-0.1177	0.507	-0.0291	0.0828	0.0191	-0.0909	0.052	0.0232	-0.0243	-0.0166	-0.0229	0.0999	-0.0217	0.0159	0.0843	0.0252	0.0155	-9.535	11.809	-0.919

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 283
2	X-RAY DIFFRACTION	1	D	2 - 283
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 283
4	X-RAY DIFFRACTION	2	F	2 - 283
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 283
6	X-RAY DIFFRACTION	3	E	2 - 283

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)