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万見
- PDB-3ipy: X-Ray structure of Human Deoxycytidine Kinase in complex with an ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ipy
タイトルX-Ray structure of Human Deoxycytidine Kinase in complex with an inhibitor
要素Deoxycytidine kinase
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Human Deoxycytidine Kinase / ATP-binding / Kinase / Nucleotide-binding / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxycytidine kinase / 2'-deoxyadenosine kinase / deoxyguanosine kinase / dAMP salvage / deoxycytidine kinase activity / nucleoside phosphate biosynthetic process / deoxyguanosine kinase activity / deoxyadenosine kinase activity / Pyrimidine salvage / cytidine kinase activity ...deoxycytidine kinase / 2'-deoxyadenosine kinase / deoxyguanosine kinase / dAMP salvage / deoxycytidine kinase activity / nucleoside phosphate biosynthetic process / deoxyguanosine kinase activity / deoxyadenosine kinase activity / Pyrimidine salvage / cytidine kinase activity / pyrimidine nucleotide metabolic process / Purine salvage / protein homodimerization activity / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Deoxynucleoside kinase / : / Deoxynucleoside kinase domain / Deoxynucleoside kinase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-B87 / D-MALATE / Deoxycytidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.54 Å
データ登録者Tari, L.W. / Swanson, R.V. / Hunter, M. / Hoffman, I. / Stouch, T.R. / Carson, K.G.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2009
タイトル: Lead optimization and structure-based design of potent and bioavailable deoxycytidine kinase inhibitors.
著者: Jessop, T.C. / Tarver, J.E. / Carlsen, M. / Xu, A. / Healy, J.P. / Heim-Riether, A. / Fu, Q. / Taylor, J.A. / Augeri, D.J. / Shen, M. / Stouch, T.R. / Swanson, R.V. / Tari, L.W. / Hunter, M. ...著者: Jessop, T.C. / Tarver, J.E. / Carlsen, M. / Xu, A. / Healy, J.P. / Heim-Riether, A. / Fu, Q. / Taylor, J.A. / Augeri, D.J. / Shen, M. / Stouch, T.R. / Swanson, R.V. / Tari, L.W. / Hunter, M. / Hoffman, I. / Keyes, P.E. / Yu, X.C. / Miranda, M. / Liu, Q. / Swaffield, J.C. / David Kimball, S. / Nouraldeen, A. / Wilson, A.G. / Foushee, A.M. / Jhaver, K. / Finch, R. / Anderson, S. / Oravecz, T. / Carson, K.G.
履歴
登録2009年8月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Deoxycytidine kinase
B: Deoxycytidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,1538
ポリマ－57,2552
非ポリマー1,8986
水1,982110
1
B: Deoxycytidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5774
ポリマ－28,6271
非ポリマー9493
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Deoxycytidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5774
ポリマ－28,6271
非ポリマー9493
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2180 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area21030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.556, 74.428, 239.097
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121

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要素

#1: タンパク質 Deoxycytidine kinase / dCK


分子量: 28627.363 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P27707, deoxycytidine kinase
#2: 化合物 ChemComp-MLT / D-MALATE / (2R)-2-HYDROXYBUTANEDIOIC ACID / 2-HYDROXY-SUCCINIC ACID / D-りんご酸


分子量: 134.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O5
#3: 化合物
ChemComp-B87 / 4-(1-benzothiophen-2-yl)-6-[4-(2-oxo-2-pyrrolidin-1-ylethyl)piperazin-1-yl]pyrimidine


分子量: 407.532 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H25N5OS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.66 %
結晶化詳細: 0.1 M sodium acetate, 25% PEG 4000, 8% isopropanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2004年5月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.54→119.52 Å / Num. all: 20090 / Num. obs: 20090

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0005 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1P60

1p60


解像度: 2.54→119.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / SU B: 10.258 / SU ML: 0.223 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.543 / ESU R Free: 0.32 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27313 1071 5.1 %RANDOM
Rwork0.21386 ---
obs0.2168 20090 94.46 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.486 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.5 Å20 Å20 Å2
2--1.22 Å20 Å2
3----2.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.54→119.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3743 0 134 110 3987
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0223949
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4041.9895339
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8135446
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.03824.444198
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.23315665
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4361522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2535
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.023069
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.21831
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3110.22673
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1530.2220
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2840.266
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.220.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6751.52286
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.17523603
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.22231947
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9774.51736
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.54→2.609 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.378 66 -
Rwork0.264 1441 -
obs--91.39 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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