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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ipw | ||||||
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タイトル | Crystal structure of hydrolase TatD family protein from Entamoeba histolytica | ||||||
要素 | Hydrolase TatD family protein | ||||||
キーワード | HYDROLASE / NIAID / SSGCID / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / dysentery / liver abcess | ||||||
機能・相同性 | 3'-5' ssDNA/RNA exonuclease TatD-like / TatD related DNase / 3'-5'-DNA exonuclease activity / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta / Hydrolase TatD family protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of hydrolase TatD family protein from Entamoeba histolytica 著者: Edwards, T.E. / Statnekov, J.B. / Staker, B.L. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3ipw.cif.gz | 78.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3ipw.ent.gz | 56.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3ipw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3ipw_validation.pdf.gz | 437.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3ipw_full_validation.pdf.gz | 439 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3ipw_validation.xml.gz | 14.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3ipw_validation.cif.gz | 20 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ip/3ipw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ip/3ipw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3e2vS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | Monomer |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37512.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ) 遺伝子: EHI_119490 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C4M7X7 |
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#2: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.29 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: JCSG+ condition D1, 24% PEG 1500, 20% glycerol, 44.6 mg/mL protein, crystal tracking ID 202317d1, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 23615 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Χ2: 1.034 / Net I/σ(I): 21.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 2.45 / Num. unique all: 2166 / Χ2: 0.971 / % possible all: 93.2 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 57.35 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3e2v clipped to contain only homologous sections 解像度: 1.95→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / WRfactor Rfree: 0.22 / WRfactor Rwork: 0.173 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.83 / SU B: 3.68 / SU ML: 0.107 / SU R Cruickshank DPI: 0.176 / SU Rfree: 0.163 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.176 / ESU R Free: 0.163 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 56.28 Å2 / Biso mean: 25.689 Å2 / Biso min: 10.4 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.951→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
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