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万見
- PDB-3ipm: Crystal Structure of Archaeal 20S Proteasome in Complex with the ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ipm
タイトルCrystal Structure of Archaeal 20S Proteasome in Complex with the C-terminus of PAN
要素
  • Proteasome activator PA26, Proteasome-activating nucleotidase fusion protein
  • Proteasome subunit alpha
  • Proteasome subunit beta
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE ACTIVATOR / Proteasome / proteasomal ATPase / protein degradation / AAA ATPase / electron cryomicroscopy / Hydrolase / Protease / Threonine protease / HYDROLASE-HYDROLASE ACTIVATOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


proteasome-activating nucleotidase complex / CTPase activity / proteasome activator complex / proteasome-activating activity / proteasome regulatory particle, base subcomplex / protein unfolding / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome core complex, alpha-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity ...proteasome-activating nucleotidase complex / CTPase activity / proteasome activator complex / proteasome-activating activity / proteasome regulatory particle, base subcomplex / protein unfolding / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome core complex, alpha-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / proteasomal protein catabolic process / regulation of proteasomal protein catabolic process / endopeptidase activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / GTPase activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / ATP binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Proteasome activator pa28, C-terminal domain / Proteasome-activating nucleotidase PAN / Proteasome activator PA28, C-terminal domain / Proteasome activator superfamily / Proteasome activator PA28, C-terminal domain superfamily / Proteasome activator PA28, C-terminal / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit, archaeal / Proteasome alpha subunit, archaeal / : / Proteasomal ATPase OB C-terminal domain ...Proteasome activator pa28, C-terminal domain / Proteasome-activating nucleotidase PAN / Proteasome activator PA28, C-terminal domain / Proteasome activator superfamily / Proteasome activator PA28, C-terminal domain superfamily / Proteasome activator PA28, C-terminal / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit, archaeal / Proteasome alpha subunit, archaeal / : / Proteasomal ATPase OB C-terminal domain / Proteasomal ATPase OB C-terminal domain / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / Proteasome beta-type subunits signature. / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit / Proteasome beta-type subunit, conserved site / Proteasome subunit A N-terminal signature / Proteasome alpha-type subunits signature. / Proteasome alpha-subunit, N-terminal domain / Proteasome subunit A N-terminal signature Add an annotation / : / Proteasome alpha-type subunit / Proteasome alpha-type subunit profile. / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / Proteasome subunit / Proteasome, subunit alpha/beta / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / 4-Layer Sandwich / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Nucleic acid-binding, OB-fold / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Proteasome subunit alpha / Proteasome subunit beta / Proteasome activator protein PA26 / Proteasome-activating nucleotidase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoplasma acidophilum (好酸性)
Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4 Å
データ登録者Yu, Y. / Cheng, Y.
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2010
タイトル: Interactions of PAN's C-termini with archaeal 20S proteasome and implications for the eukaryotic proteasome-ATPase interactions.
著者: Yadong Yu / David M Smith / Ho Min Kim / Victor Rodriguez / Alfred L Goldberg / Yifan Cheng /
要旨: Protein degradation in the 20S proteasome is regulated in eukaryotes by the 19S ATPase complex and in archaea by the homologous PAN ATPase ring complex. Subunits of these hexameric ATPases contain on ...Protein degradation in the 20S proteasome is regulated in eukaryotes by the 19S ATPase complex and in archaea by the homologous PAN ATPase ring complex. Subunits of these hexameric ATPases contain on their C-termini a conserved hydrophobic-tyrosine-X (HbYX) motif that docks into pockets in the 20S to stimulate the opening of a gated substrate entry channel. Here, we report the crystal structure of the archaeal 20S proteasome in complex with the C-terminus of the archaeal proteasome regulatory ATPase, PAN. This structure defines the detailed interactions between the critical C-terminal HbYX motif and the 20S alpha-subunits and indicates that the intersubunit pocket in the 20S undergoes an induced-fit conformational change on binding of the HbYX motif. This structure together with related mutagenesis data suggest how in eukaryotes certain proteasomal ATPases bind to specific pockets in an asymmetrical manner to regulate gate opening.
履歴
登録2009年8月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年8月2日Group: Data collection / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: diffrn_detector / entity_src_gen / software / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.32021年10月13日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: database_2 / entity_name_com ...database_2 / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_database_related / struct_ref / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_name_com.name / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_database_related.content_type / _struct_ref.db_code / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Proteasome subunit alpha
B: Proteasome subunit alpha
C: Proteasome subunit alpha
D: Proteasome subunit alpha
E: Proteasome subunit alpha
F: Proteasome subunit alpha
G: Proteasome subunit alpha
H: Proteasome subunit beta
I: Proteasome subunit beta
J: Proteasome subunit beta
K: Proteasome subunit beta
L: Proteasome subunit beta
M: Proteasome subunit beta
N: Proteasome subunit beta
O: Proteasome activator PA26, Proteasome-activating nucleotidase fusion protein
P: Proteasome activator PA26, Proteasome-activating nucleotidase fusion protein
Q: Proteasome activator PA26, Proteasome-activating nucleotidase fusion protein
R: Proteasome activator PA26, Proteasome-activating nucleotidase fusion protein
S: Proteasome activator PA26, Proteasome-activating nucleotidase fusion protein
T: Proteasome activator PA26, Proteasome-activating nucleotidase fusion protein
U: Proteasome activator PA26, Proteasome-activating nucleotidase fusion protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)533,09321
ポリマ－533,09321
非ポリマー00
水00
1
A: Proteasome subunit alpha
B: Proteasome subunit alpha
C: Proteasome subunit alpha
D: Proteasome subunit alpha
E: Proteasome subunit alpha
F: Proteasome subunit alpha
G: Proteasome subunit alpha
H: Proteasome subunit beta
I: Proteasome subunit beta
J: Proteasome subunit beta
K: Proteasome subunit beta
L: Proteasome subunit beta
M: Proteasome subunit beta
N: Proteasome subunit beta
O: Proteasome activator PA26, Proteasome-activating nucleotidase fusion protein
P: Proteasome activator PA26, Proteasome-activating nucleotidase fusion protein
Q: Proteasome activator PA26, Proteasome-activating nucleotidase fusion protein
R: Proteasome activator PA26, Proteasome-activating nucleotidase fusion protein
S: Proteasome activator PA26, Proteasome-activating nucleotidase fusion protein
T: Proteasome activator PA26, Proteasome-activating nucleotidase fusion protein
U: Proteasome activator PA26, Proteasome-activating nucleotidase fusion protein

A: Proteasome subunit alpha
B: Proteasome subunit alpha
C: Proteasome subunit alpha
D: Proteasome subunit alpha
E: Proteasome subunit alpha
F: Proteasome subunit alpha
G: Proteasome subunit alpha
H: Proteasome subunit beta
I: Proteasome subunit beta
J: Proteasome subunit beta
K: Proteasome subunit beta
L: Proteasome subunit beta
M: Proteasome subunit beta
N: Proteasome subunit beta
O: Proteasome activator PA26, Proteasome-activating nucleotidase fusion protein
P: Proteasome activator PA26, Proteasome-activating nucleotidase fusion protein
Q: Proteasome activator PA26, Proteasome-activating nucleotidase fusion protein
R: Proteasome activator PA26, Proteasome-activating nucleotidase fusion protein
S: Proteasome activator PA26, Proteasome-activating nucleotidase fusion protein
T: Proteasome activator PA26, Proteasome-activating nucleotidase fusion protein
U: Proteasome activator PA26, Proteasome-activating nucleotidase fusion protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,066,18642
ポリマ－1,066,18642
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
Buried area182430 Å2
ΔGint-667 kcal/mol
Surface area315100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)166.890, 166.890, 412.080
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number93
Space group name H-MP4222

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要素

#1: タンパク質
Proteasome subunit alpha / 20S proteasome alpha subunit / Proteasome core protein PsmA


分子量: 25829.447 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoplasma acidophilum (好酸性) / 遺伝子: psmA, Ta1288 / プラスミド: pRSET-A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P25156, proteasome endopeptidase complex
#2: タンパク質
Proteasome subunit beta / 20S proteasome beta subunit / Proteasome core protein PsmB


分子量: 23998.691 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoplasma acidophilum (好酸性) / 遺伝子: psmB, Ta0612 / プラスミド: pRSET-A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P28061, proteasome endopeptidase complex
#3: タンパク質
Proteasome activator PA26, Proteasome-activating nucleotidase fusion protein


分子量: 26327.992 Da / 分子数: 7 / Fragment: PA26 residues 2-223, PAN residues 424-430 / Mutation: E102A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ), (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
遺伝子: Tb10.70.3660 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q38BM8, UniProt: Q58576

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.33 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 0.1 M MES pH6.8, 20% PEG 1500, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1159 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月6日
放射モノクロメーター: Double flat crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4→89.5 Å / Num. all: 50164 / Num. obs: 48850 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 53.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.226 / Net I/σ(I): 2.9
反射 シェル解像度: 4→4.22 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.449 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 7045 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
AMoRE位相決定
CNS精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1YA7

1ya7


解像度: 4→89.51 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.284 2435 -random
Rwork0.249 ---
all0.25 50164 --
obs0.25 48849 98.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 92.7 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.63 Å0.56 Å
Luzzati d res low-8 Å
Luzzati sigma a0.82 Å0.66 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4→89.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数35133 0 0 0 35133
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
LS精密化 シェル解像度: 4→4.14 Å / Rfactor Rfree error: 0.022
Rfactor反射数%反射
Rfree0.351 252 -
Rwork0.326 --
obs-4779 98.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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