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- PDB-3ipf: Crystal structure of the Q251Q8_DESHY protein from Desulfitobacte... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ipf
タイトルCrystal structure of the Q251Q8_DESHY protein from Desulfitobacterium hafniense. Northeast Structural Genomics Consortium Target DhR8c.
要素uncharacterized protein
キーワードstructural genomics / unknown function / Q251Q8_DESHY / NESG / DhR8c / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


sporulation resulting in formation of a cellular spore
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #2000 / Spore protein YabP / Spore protein YabP/YqfC / YabP superfamily / YabP family / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sporulation protein YabP
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfitobacterium hafniense (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.988 Å
データ登録者Vorobiev, S.M. / Chen, Y. / Seetharaman, J. / Janjua, H. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Wang, H. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. ...Vorobiev, S.M. / Chen, Y. / Seetharaman, J. / Janjua, H. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Wang, H. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Andre, I. / Rossi, P. / Kennedy, M. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the Q251Q8_DESHY protein from Desulfitobacterium hafniense.
著者: Vorobiev, S.M. / Chen, Y. / Seetharaman, J. / Janjua, H. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Wang, H. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Andre, I. / Rossi, P. / Kennedy, M. / ...著者: Vorobiev, S.M. / Chen, Y. / Seetharaman, J. / Janjua, H. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Wang, H. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Andre, I. / Rossi, P. / Kennedy, M. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L.
履歴
登録2009年8月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: uncharacterized protein
B: uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0042
ポリマ－16,0042
非ポリマー00
水1,02757
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, assay for oligomerization
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0021
ポリマ－8,0021
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0021
ポリマ－8,0021
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.796, 69.796, 132.161
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
詳細biological unit is dimer according to gel-filtration and aggregation screening

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要素

#1: タンパク質 uncharacterized protein


分子量: 8002.207 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 20-82 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Desulfitobacterium hafniense (バクテリア)
株: Y51 / 遺伝子: DSY0195 / プラスミド: pET 21-23c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) +magic / 参照: UniProt: Q251Q8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: microbatch under paraffin oil
詳細: 20% PEG 3350, 0.2M tri-lithium citrate, microbatch under paraffin oil, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.97839 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97839 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.988→50 Å / Num. all: 24725 / Num. obs: 24675 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.7 % / Rmerge(I) obs: 0.128 / Net I/σ(I): 26.3
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 13.3 % / Rmerge(I) obs: 0.837 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
BALBES位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: calculated CS Rosetta structure

解像度: 1.988→33.741 Å / SU ML: 0.13 / σ(F): 1.89 / 位相誤差: 21.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2327 1217 4.95 %
Rwork0.1967 --
obs0.1984 24574 99.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 67.465 Å2 / ksol: 0.397 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.988→33.741 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1046 0 0 57 1103
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081065
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5651437
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.146393
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.109170
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006182
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9885-2.06810.33161270.25762506X-RAY DIFFRACTION96
2.0681-2.16220.23291460.22452592X-RAY DIFFRACTION99
2.1622-2.27620.2941500.20282581X-RAY DIFFRACTION100
2.2762-2.41880.26811450.20772627X-RAY DIFFRACTION100
2.4188-2.60540.23151480.20952594X-RAY DIFFRACTION100
2.6054-2.86750.23681460.2132598X-RAY DIFFRACTION100
2.8675-3.28220.251460.20172602X-RAY DIFFRACTION100
3.2822-4.1340.17781110.16752649X-RAY DIFFRACTION100
4.134-33.74630.2141980.18142608X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID手法L11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1refined1.7564-0.68530.50723.2557-0.43992.39870.03960.008-0.05380.1269-0.0187-0.05850.04-0.1536-0.00740.1705-0.0111-0.01630.17620.05360.161510.262456.144945.1119
21.3115-0.11120.50862.3886-1.55030.85420.0556-0.0065-0.0023-0.01110.0637-0.0230.0147-0.1187-0.12770.2033-0.0145-0.01830.20960.05770.195
精密化 TLSグループSelection details: chain B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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