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- PDB-3ip8: Crystal structure of arylmalonate decarboxylase (AMDase) from Bor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ip8
タイトルCrystal structure of arylmalonate decarboxylase (AMDase) from Bordatella bronchiseptic in complex with benzylphosphonate
要素Arylmalonate decarboxylase
キーワードLYASE / arylmalonate decarboxylase benzylphosphonate complex / Decarboxylase
機能・相同性
機能・相同性情報


arylmalonate decarboxylase / arylmalonate decarboxylase activity
類似検索 - 分子機能
Maleate isomerase/Arylmalonate decarboxylase / Arylmalonate decarboxylase / Rossmann fold - #12500 / : / Ribulose-phosphate binding barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
benzylphosphonic acid / Arylmalonate decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Bordetella bronchiseptica (気管支敗血症菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.498 Å
データ登録者Okrasa, K. / Levy, C. / Leys, D. / Micklefield, J.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2009
タイトル: Structure-Guided Directed Evolution of Alkenyl and Arylmalonate Decarboxylases.
著者: Okrasa, K. / Levy, C. / Wilding, M. / Goodall, M. / Baudendistel, N. / Hauer, B. / Leys, D. / Micklefield, J.
履歴
登録2009年8月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Arylmalonate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9992
ポリマ－25,8271
非ポリマー1721
水5,278293
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.640, 65.600, 41.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.42, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Arylmalonate decarboxylase / AMDase


分子量: 25826.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bordetella bronchiseptica (気管支敗血症菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q05115, arylmalonate decarboxylase
#2: 化合物 ChemComp-B85 / benzylphosphonic acid


分子量: 172.118 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H9O3P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 293 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.14 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: well solution 0.1M Tris pH 8.0 and 30% Peg 10K, Protein 10-15mg/ml in Tris pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9756 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月13日 / 詳細: Monochromator
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9756 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.498→50 Å / Num. all: 63157 / Num. obs: 29865 / Observed criterion σ(F): 1 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 12.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.498→32.955 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1806 1511 5.06 %
Rwork0.1582 --
obs0.1594 29863 94.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 72.626 Å2 / ksol: 0.394 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 44.54 Å2 / Biso mean: 16.151 Å2 / Biso min: 7.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.991 Å2-0 Å2-1.61 Å2
2---4.294 Å2-0 Å2
3---2.556 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.498→32.955 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1671 0 11 293 1975
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091710
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3512330
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.551607
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.085279
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007303
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.498-1.54650.25521300.20342494X-RAY DIFFRACTION92
1.5465-1.60170.23231340.18182581X-RAY DIFFRACTION96
1.6017-1.66590.19611400.17512586X-RAY DIFFRACTION96
1.6659-1.74170.21671440.16042605X-RAY DIFFRACTION96
1.7417-1.83350.19451420.15662580X-RAY DIFFRACTION95
1.8335-1.94840.2121290.15722620X-RAY DIFFRACTION96
1.9484-2.09880.18731320.15672643X-RAY DIFFRACTION97
2.0988-2.30990.17921450.15322599X-RAY DIFFRACTION96
2.3099-2.6440.19391230.16032597X-RAY DIFFRACTION95
2.644-3.33070.16741430.1582550X-RAY DIFFRACTION93
3.3307-32.96290.14231490.14132497X-RAY DIFFRACTION90

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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