[日本語] English
万見
- PDB-3ip2: Crystal structure of red fluorescent protein Neptune at pH 7.0 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ip2
タイトルCrystal structure of red fluorescent protein Neptune at pH 7.0
要素Neptune red fluorescent protein
キーワードFLUORESCENT PROTEIN
機能・相同性Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / Beta Barrel / Mainly Beta / Red fluorescent protein eqFP611
機能・相同性情報
生物種Entacmaea quadricolor (イソギンチャク)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Lin, M.Z. / McKeown, M.R. / Ng, H.L. / Aguilera, T.A. / Shaner, N.C. / Ma, W. / Adams, S.R. / Campbell, R.E. / Alber, T. / Tsien, R.Y.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2009
タイトル: Autofluorescent proteins with excitation in the optical window for intravital imaging in mammals.
著者: Lin, M.Z. / McKeown, M.R. / Ng, H.L. / Aguilera, T.A. / Shaner, N.C. / Campbell, R.E. / Adams, S.R. / Gross, L.A. / Ma, W. / Alber, T. / Tsien, R.Y.
履歴
登録2009年8月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Neptune red fluorescent protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3691
ポリマ－27,3691
非ポリマー00
水3,819212
1
A: Neptune red fluorescent protein

A: Neptune red fluorescent protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,7382
ポリマ－54,7382
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_556-y,-x,-z+11
Buried area4410 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area18690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.144, 92.144, 53.216
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-420-

HOH

詳細authors state that this is a WEAK DIMER (DISSOCIATION CONSTANT 500 NANOMOLAR).

-
要素

#1: タンパク質 Neptune red fluorescent protein


分子量: 27369.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Entacmaea quadricolor (イソギンチャク)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8ISF8*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細RESIDUES MET 63, TYR 64 AND GLY 65 AUTOCATALYTICALLY FORM THE CHROMOPHORE NRQ LABELLED AS RESIDUE ...RESIDUES MET 63, TYR 64 AND GLY 65 AUTOCATALYTICALLY FORM THE CHROMOPHORE NRQ LABELLED AS RESIDUE 63 IN THE COORDINATES.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.39 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1 uL of protein at 10 mg/mL was mixed with 1 uL of 0.1 M HEPES, 0.2 M CaCl2, 20% PEG 6000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11586 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月1日
放射モノクロメーター: KHOZU Double flat crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11586 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→92.1 Å / Num. all: 30810 / Num. obs: 30755 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.5 % / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 23.8
反射 シェル解像度: 1.6→1.68 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 4369 / Rsym value: 0.778 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 2009_02_15_2320_3)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3BXA

3bxa


解像度: 1.6→65.2 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): -3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: TLS refinement
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2019 1547 5.03 %random 5%
Rwork0.1713 ---
obs0.1728 30735 99.84 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.022 Å2 / ksol: 0.42 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→65.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1821 0 0 212 2033
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.65170.28251420.26142577X-RAY DIFFRACTION100
1.6517-1.71070.28341440.22982582X-RAY DIFFRACTION100
1.7107-1.77920.20971220.19912644X-RAY DIFFRACTION100
1.7792-1.86020.24781450.17342582X-RAY DIFFRACTION100
1.8602-1.95820.21121290.16612648X-RAY DIFFRACTION100
1.9582-2.08090.19011300.15152641X-RAY DIFFRACTION100
2.0809-2.24160.19481430.15122661X-RAY DIFFRACTION100
2.2416-2.46720.19991540.15422649X-RAY DIFFRACTION100
2.4672-2.82420.19371610.15682641X-RAY DIFFRACTION100
2.8242-3.55820.18341430.15042717X-RAY DIFFRACTION100
3.5582-65.20980.18071340.16672866X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -0.8391 Å / Origin y: 21.7715 Å / Origin z: 25.2752 Å
111213212223313233
T0.1193 Å2-0.0047 Å20.0788 Å2-0.0729 Å2-0.0156 Å2--0.1944 Å2
L2.3581 °2-0.3917 °2-0.2164 °2-1.6124 °2-0.193 °2--0.4955 °2
S0.1052 Å °0.013 Å °0.5749 Å °-0.0876 Å °0.0287 Å °-0.1846 Å °-0.0872 Å °-0.0176 Å °-0.1362 Å °
精密化 TLSグループSelection details: chain A

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る