PDB-3iou: Huntingtin amino-terminal region with 17 Gln residues - crystal C94

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3iou

タイトル

Huntingtin amino-terminal region with 17 Gln residues - crystal C94

要素

Maltose-binding periplasmic protein,Huntingtin

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Huntingtin / Htt-Ex1 / HD / Sugar transport / Transport / Apoptosis / Disease mutation / Nucleus / Phosphoprotein

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of cAMP-dependent protein kinase activity / regulation of phosphoprotein phosphatase activity / positive regulation of inositol 1,4,5-trisphosphate-sensitive calcium-release channel activity / microtubule-based transport / vocal learning / regulation of CAMKK-AMPK signaling cascade / positive regulation of mitophagy / profilin binding / vesicle transport along microtubule / positive regulation of cilium assembly ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.7 Å

データ登録者

Kim, M.W.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2009
タイトル: Secondary structure of Huntingtin amino-terminal region.
著者: Kim, M.W. / Chelliah, Y. / Kim, S.W. / Otwinowski, Z. / Bezprozvanny, I.

履歴

登録	2009年8月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年9月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2015年6月24日	Group: Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
改定 1.3	2017年6月28日	Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: database_PDB_caveat / entity ...database_PDB_caveat / entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_entry_details / software / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif Item: _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_fragment ..._entity.pdbx_description / _entity.pdbx_fragment / _entity_name_com.name / _pdbx_entry_details.sequence_details / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_end
改定 1.4	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3iou.cif.gz	346.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3iou.ent.gz	267.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3iou.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3iou_validation.pdf.gz	461.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3iou_full_validation.pdf.gz	515 KB	表示
XML形式データ	3iou_validation.xml.gz	43.9 KB	表示
CIF形式データ	3iou_validation.cif.gz	60.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/io/3iou ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/io/3iou	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3io4C 3io6C 3iorSC 3iotC 3iovC 3iowC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3ior-d 3io6-d 3io4-d 3iov-d 4fec-d 4fe8-d 3iow-d 3iot-d 4fed-d 4feb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (6) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (6) #243 - 2020年3月電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels) 類似性 (6) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1) #98 - 2008年2月低分子干渉RNA (Small Interfering RNA) 類似性 (1)

PDBのページ

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wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#205 - 2017年1月
核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (6)
#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (6)
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電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels)
類似性 (6)
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カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (1)
#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (1)
#98 - 2008年2月
低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Maltose-binding periplasmic protein,Huntingtin

B: Maltose-binding periplasmic protein,Huntingtin

C: Maltose-binding periplasmic protein,Huntingtin

ヘテロ分子

149 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	160.791, 99.788, 140.504
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.24, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

詳細

AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS POLYPEPTIDE IS UNKNOWN.

#1: タンパク質	Maltose-binding periplasmic protein,Huntingtin / MBP / MMBP / Maltodextrin-binding protein / Huntington disease protein / HD protein 分子量: 49316.715 Da / 分子数: 3 断片: Fusion protein, see remark 999,Fusion protein, see remark 999 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Huntingtin-Ex1 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌), (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 株: K12 / 遺伝子: malE, b4034, JW3994, HTT, HD, IT15 / プラスミド: pMAL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P0AEX9, UniProt: P42858
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
配列の詳細	ENTITY 1 IS A FUSION PROTEIN OF E.COLI MALTOSE BINDING PROTEIN (UNIPROT P0AEX9 (MALE_ECOLI) ...ENTITY 1 IS A FUSION PROTEIN OF E.COLI MALTOSE BINDING PROTEIN (UNIPROT P0AEX9 (MALE_ECOLI) RESIDUES 27-384) TO N-TERMINAL RESIDUES 1-64 OF HUMAN HUNTINGTIN (UNIPROT P42858 (HD_HUMAN)) VIA LINKER AALAAAQTNAAA.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.78 %
結晶化	温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 12% PEG 4000, 200 mM Zn acetate, 200 mM Sodium acetate, 100 mM Sodium Cacodylate pH 6.5-7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K PH範囲: 6.5-7.4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD 詳細: LN2 cooled first crystal, sagitally focusing 2nd crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror, beam defining slits
放射	モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution Si(111) double-crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→40 Å / Num. obs: 19565 / 冗長度: 2.2 % / R_sym value: 0.14

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3IOR

3ior

解像度: 3.7→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.889 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.865 / SU B: 111.435 / SU ML: 0.712 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.805 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: RESIDUAL ONLY. AUTHORS USED NCS RESTRAINTS IN REFINEMENT.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29857	1045	5.1 %	RANDOM
R_work	0.27201	-	-	-
obs	0.27332	19565	86.31 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 70.581 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-10.81 Å²	0 Å²	0.54 Å²
2-	-	-10.26 Å²	0 Å²
3-	-	-	21.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.7→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9067	0	13	0	9080

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	9295
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.172	1.967	12642
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.272	5	1188
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.977	25.99	384
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.624	15	1504
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.76	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.137	0.2	1386
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	7085
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.544	1.5	5941
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.888	2	9472
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.085	3	3354
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.124	4.5	3169
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	0.45	3	9295
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3.7→3.795 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.373	53	-
R_work	0.35	1019	-
obs	-	-	60.63 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.4291	0.7092	1.4122	4.8145	-1.466	3.0076	-0.0841	0.0802	-0.1689	-0.3665	-0.0402	-0.3123	0.3412	-0.0899	0.1243	0.2642	0.0522	0.0526	0.3232	-0.0894	0.2874	-65.7196	34.4032	16.108
2	2.6776	0.7568	-0.4835	1.3167	-0.1524	2.1385	0.1078	-0.2898	-0.3903	0.0561	-0.11	-0.0386	-0.0706	0.0833	0.0021	0.3791	0.0113	0.0035	0.3237	0.0431	0.2145	-71.0403	62.704	28.7353
3	5.795	-2.976	-0.6068	5.6719	3.3019	4.7844	0.1492	0.4839	-0.1245	-0.7269	-0.4108	0.2782	0.1805	-0.3876	0.2617	0.4057	-0.0408	-0.0193	0.382	-0.0101	0.0183	-73.6379	38.1835	11.6293
4	14.2142	-8.8537	-5.502	7.9478	5.0956	3.2772	-0.1873	-0.0695	-1.6096	-0.8818	0.0273	0.2854	-0.6278	-0.005	0.16	0.5237	-0.0338	0.213	0.358	0.0355	0.5029	-68.774	53.942	18.0784
5	5.8743	-10.711	-13.1197	20.0179	21.9778	39.5518	0.344	-0.2536	0.9632	-0.6618	0.8404	-2.0369	0.9184	-0.3009	-1.1843	0.48	-0.004	-0.004	0.4554	-0.1367	0.4283	-56.4881	56.8576	34.0329
6	0.1415	-1.2566	-1.3714	12.7526	14.0875	15.5849	-0.1661	-0.1901	0.0792	1.3035	0.6893	-0.5443	1.4184	0.6723	-0.5232	0.5663	0.0756	-0.0361	1.0036	-0.0764	0.6396	-50.9762	63.7996	34.0667
7	3.1121	-0.6423	0.8932	3.6176	1.0885	4.395	-0.2031	-0.0197	0.2738	0.0589	-0.0657	0.0022	0.0401	0.1554	0.2688	0.3134	-0.0058	0.0645	0.2145	0.0383	0.1836	-7.6404	37.5226	17.8145
8	2.9047	-0.8555	-0.2606	1.2683	0.9408	1.8587	0.0696	0.0656	-0.5236	-0.0892	-0.1124	0.2971	0.1264	-0.1795	0.0427	0.3554	0.0812	-0.0384	0.4797	-0.0391	0.4197	-31.5449	18.6239	10.5905
9	4.7506	-0.182	-0.3226	3.7631	1.8669	5.7494	-0.0205	0.9405	0.4151	-0.7894	0.0142	0.0336	-0.1499	0.1463	0.0062	0.3966	0.0511	0.0219	0.3969	0.0602	0.0475	-4.8421	32.3595	9.5458
10	7.5015	0.505	-0.2306	13.4828	8.2295	5.0774	-0.6774	1.7872	-0.1938	0.8775	-0.5324	1.7738	0.5633	-0.4561	1.2098	0.382	-0.0228	0.0462	0.7227	-0.012	0.6248	-21.9848	28.2163	7.7479
11	29.7019	25.369	5.2473	22.3159	2.6711	6.1012	0.6205	-1.5215	0.9095	0.5224	-1.267	0.5999	0.0187	-0.0796	0.6465	0.3737	0.0629	0.1412	0.4681	-0.0473	0.4066	-36.0658	29.2425	22.862
12	15.2556	0.1888	-2.2608	32.2336	1.9099	0.453	0.3515	-0.8345	0.5449	0.6035	-0.2255	-0.2445	-0.033	0.0988	-0.126	0.37	-0.1236	-0.1044	0.6952	-0.1302	0.2818	-44.6287	31.7594	21.046
13	2.4003	1.1752	-1.3501	6.3188	0.9565	3.9414	-0.0755	-0.2852	0.3266	0.2628	-0.0142	0.2978	-0.2188	-0.2096	0.0897	0.3172	0.0321	-0.0259	0.5189	-0.0707	0.1719	-39.2878	82.7297	36.0176
14	4.2688	1.2484	1.0338	4.5717	1.8482	2.7086	-0.0287	-0.0764	-0.1255	0.1132	0.0066	0.2336	-0.0368	-0.014	0.022	0.3855	-0.0167	0.0634	0.3181	0.0597	0.1167	-10.2547	72.4443	32.8034
15	2.9399	1.4662	-1.2043	4.411	-0.7191	0.6929	-0.0721	0.5739	0.599	-0.0953	0.1913	0.3183	-0.2524	-0.2582	-0.1191	0.6819	0.0245	-0.0366	0.5094	-0.0722	0.368	-34.2414	90.766	33.3393
16	15.9936	2.6831	5.4569	4.7906	4.9991	5.7262	0.5758	-0.4382	-0.5749	-0.3334	-0.2946	-0.3623	-0.2077	-0.3833	-0.2812	0.3468	-0.1385	0.082	0.1798	0.0914	0.6798	-21.7613	78.9211	28.5673
17	14.2122	2.7826	2.6028	1.9302	-0.0107	6.4931	0.4284	-2.3156	-1.1808	0.1263	-0.0363	1.0205	0.5498	-0.2116	-0.3921	0.3319	-0.0419	0.061	0.5433	0.4968	1.2603	-20.6002	59.7407	35.4121
18	5.3817	-0.9191	-6.9596	5.9181	7.6498	16.2495	0.5475	0.6725	-0.5986	0.9955	-0.0404	-0.9183	0.3669	-0.6611	-0.5072	0.6321	0.0961	-0.0069	0.5159	0.0944	0.6134	-17.7524	52.7731	30.6277

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 111
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	112 - 259
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	260 - 314
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	315 - 334
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	335 - 352
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	353 - 370
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	2 - 111
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	112 - 259
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	260 - 314
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	315 - 334
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	335 - 352
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	353 - 370
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	1 - 111
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	112 - 259
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	260 - 314
16	X-RAY DIFFRACTION	16	C	315 - 334
17	X-RAY DIFFRACTION	17	C	335 - 352
18	X-RAY DIFFRACTION	18	C	353 - 370

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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