PDB-3io6: Huntingtin amino-terminal region with 17 Gln residues - crystal C92-a

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3io6

タイトル

Huntingtin amino-terminal region with 17 Gln residues - crystal C92-a

要素

Maltose-binding periplasmic protein, HUNTINGTIN FUSION PROTEIN

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Huntingtin / Htt-EX1 / HD / Sugar transport / Transport / Apoptosis / Disease mutation / Nucleus / Phosphoprotein

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of inositol 1,4,5-trisphosphate-sensitive calcium-release channel activity / positive regulation of CAMKK-AMPK signaling cascade / microtubule-based transport / vocal learning / positive regulation of mitophagy / regulation of CAMKK-AMPK signaling cascade / profilin binding / positive regulation of cilium assembly / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / vesicle transport along microtubule ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3.7 Å

データ登録者

Kim, M.W. / Chelliah, Y. / Kim, S.W. / Otwinowski, Z. / Bezprozvanny, I.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2009
タイトル: Secondary structure of Huntingtin amino-terminal region.
著者: Kim, M.W. / Chelliah, Y. / Kim, S.W. / Otwinowski, Z. / Bezprozvanny, I.

履歴

登録	2009年8月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年10月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年6月21日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / struct_ref ...pdbx_entry_details / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif Item: _pdbx_entry_details.sequence_details / _struct_ref.db_code ..._pdbx_entry_details.sequence_details / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb3io6.ent.gz	167.3 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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文書・詳細版	3io6_full_validation.pdf.gz	480.3 KB	表示
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CIF形式データ	3io6_validation.cif.gz	53.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/io/3io6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/io/3io6	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3io4C 3iorC 3iotC 3iouC 3iovC 3iowC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3io4-d 3iou-d 3iot-d 3iov-d 3ior-d 4fed-d 3iow-d 4fec-d 4fe8-d 4feb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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#205 - 2017年1月
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鉛の毒 (Lead Poisoning)
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炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (1)
#98 - 2008年2月
低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Maltose-binding periplasmic protein, HUNTINGTIN FUSION PROTEIN

C: Maltose-binding periplasmic protein, HUNTINGTIN FUSION PROTEIN

B: Maltose-binding periplasmic protein, HUNTINGTIN FUSION PROTEIN

ヘテロ分子

149 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	163.401, 101.242, 138.190
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.00, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C

#1: タンパク質	Maltose-binding periplasmic protein, HUNTINGTIN FUSION PROTEIN / MMBP / Maltodextrin-binding protein / Huntington disease protein / HD protein 分子量: 49316.715 Da / 分子数: 3 / 断片: FUSION PROTEIN, SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12, Homo sapiens / 株: K12 / 遺伝子: malE, b4034, JW3994, HTT, HD, IT15 / プラスミド: pMAL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: P0AEY0, UniProt: P42858, UniProt: P0AEX9*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
配列の詳細	ENTITY 1 IS A FUSION PROTEIN OF E.COLI MALTOSE BINDING PROTEIN (UNIPROT P0AEX9 (MALE_ECOLI) ...ENTITY 1 IS A FUSION PROTEIN OF E.COLI MALTOSE BINDING PROTEIN (UNIPROT P0AEX9 (MALE_ECOLI) RESIDUES 27-384) TO N-TERMINAL RESIDUES 1-64 OF HUMAN HUNTINGTIN (UNIPROT P42858 (HD_HUMAN)) VIA LINKER AALAAAQTNAAA.

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.14 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 / 詳細: pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.7→40 Å / Num. obs: 24500 / 冗長度: 1.8 % / R_sym value: 0.02 / Net I/σ(I): 7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASES		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 3.7→38.67 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.907 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.88 / SU B: 92.043 / SU ML: 0.643 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.747 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29262	1200	5.4 %	RANDOM
R_work	0.24491	-	-	-
obs	0.24754	21188	92.39 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 81.635 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-7.92 Å²	0 Å²	1.18 Å²
2-	-	-7.92 Å²	0 Å²
3-	-	-	15.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.7→38.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9251	0	14	0	9265

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	9430
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.938	1.958	12799
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.376	5	1193
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.432	26.15	413
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.58	15	1569
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.186	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.064	0.2	1396
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.021	7186
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 2438 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: medium positional / Weight position: 0.5

Auth asym-ID	Rms dev position (Å)
A	0.37
B	0.35
C	0.36

LS精密化シェル

解像度: 3.7→3.795 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.398	42	-
R_work	0.403	1095	-
obs	-	-	65.23 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.0234	0.2818	1.37	5.1309	-0.4818	3.5611	-0.1393	0.0791	-0.2807	-0.1435	0.0075	-0.3433	0.1401	-0.0703	0.1318	0.0614	0.0399	0.0179	0.0688	-0.0499	0.1111	-69.8922	-66.0458	14.5165
2	4.1876	-0.3758	0.0362	2.1416	0.2668	1.698	0.052	-0.0561	-0.1508	0.131	0.0139	0.0061	0.0087	-0.0626	-0.0659	0.1566	0.0293	0.0014	0.1386	-0.0048	0.2133	-75.2708	-37.6334	27.0349
3	3.0732	-3.6928	0.8775	6.8334	1.9286	4.4333	0.5284	-0.2217	-0.0986	-0.9513	-0.2706	-0.1115	-0.3912	-0.4845	-0.2578	0.193	-0.0552	-0.0177	0.2509	0.067	0.2531	-77.9766	-62.6589	10.1945
4	26.876	-4.0422	0.7081	6.4316	0.8103	0.1702	-0.661	0.0802	1.8714	0.0753	0.5436	-0.3909	0.0037	0.0509	0.1173	0.3106	-0.0327	0.0466	0.208	-0.1299	0.2482	-73.1529	-46.6832	16.5748
5	18.0807	-8.5728	-2.8615	9.9938	8.9552	10.2258	-0.1255	0.3205	-0.7727	-0.0683	-0.408	0.7967	-0.1464	-0.2245	0.5335	0.3957	-0.0574	-0.0158	0.1191	-0.0818	0.2517	-60.6471	-43.0219	31.93
6	16.9167	-8.0828	-7.9932	28.4501	8.0523	4.5672	-0.0989	-1.8265	0.4352	-1.3607	0.7144	-0.8018	-0.2677	0.985	-0.6155	0.2825	0.0203	0.0026	0.5149	-0.2482	0.4004	-54.8017	-36.3265	32.5958
7	6.1499	-1.4058	0.4236	3.8374	1.0931	5.3382	-0.1791	-0.0185	0.0682	0.0093	0.1621	-0.0034	-0.1184	-0.0076	0.017	0.113	0.0037	0.0389	0.0088	0.0113	0.1316	-11.0525	-63.5077	15.7485
8	3.2695	-0.1098	0.1477	2.4982	0.5363	1.8134	-0.1142	-0.0571	-0.2473	-0.1433	0.1221	0.1194	0.1623	0.088	-0.0078	0.2801	0.0596	0.0023	0.1831	-0.0393	0.2466	-35.4144	-82.2144	8.9477
9	6.0546	1.8406	1.2798	2.0069	2.4941	4.7023	-0.0543	0.7218	0.1537	-0.7168	0.2326	-0.1491	-0.3709	0.4274	-0.1783	0.6504	0.1244	0.1153	0.2004	0.0647	0.1458	-8.3387	-68.8788	7.7852
10	5.7907	0.8436	-3.045	25.1613	12.315	8.1118	-0.3263	0.1947	-0.0683	-0.5825	0.0147	0.6029	-0.1034	-0.0273	0.3116	0.0637	0.1043	-0.0485	0.463	0.0096	0.2226	-25.4427	-72.845	6.0662
11	11.7058	12.9134	1.9442	17.7759	2.4515	6.2237	0.6894	0.6077	-0.0108	1.3164	0.4896	-0.0111	0.1781	1.1272	-1.179	0.1278	0.0275	0.0139	0.3199	-0.0931	0.3673	-39.9622	-71.2046	20.1479
12	20.3623	28.17	-1.2788	52.3786	5.0796	3.7181	0.661	-0.2956	-0.0339	0.159	-0.5233	-0.2019	-0.6387	-0.1918	-0.1376	0.2827	0.2171	-0.0231	0.2509	-0.0692	0.4914	-48.2399	-68.8231	19.4731
13	5.4358	0.8927	-2.1998	5.5525	0.0453	1.6757	-0.1295	-0.3078	0.1639	0.2608	-0.076	0.0526	-0.2409	-0.1786	0.2055	0.1869	0.0879	-0.0907	0.2481	-0.0661	0.2198	-42.94	-17.4685	33.9763
14	4.6128	0.7705	-0.2025	3.309	1.4511	2.2618	-0.031	0.0624	0.0377	0.0865	0.0177	0.068	0.0243	0.1549	0.0133	0.2272	-0.0399	-0.0081	0.1726	-0.0071	0.1157	-13.3779	-28.111	30.624
15	3.5959	1.1404	-2.7847	1.8162	-1.7447	3.5073	0.0676	0.5302	0.6324	0.0902	0.1681	0.1294	-0.6212	-0.0886	-0.2356	0.4897	-0.1036	-0.0632	0.4104	-0.0807	0.7053	-37.408	-9.6695	30.9311
16	29.6961	17.5786	4.0513	11.2893	4.0699	3.8124	-1.0433	0.3963	-0.4261	-1.0736	0.2482	0.0752	-0.8865	-0.0687	0.795	0.31	0.0469	-0.0027	0.1223	-0.0253	0.4668	-24.9818	-21.6463	26.4392
17	55.3383	-7.4276	5.3138	6.8324	-0.5485	3.5669	1.3701	-1.9495	0.3712	-0.4284	-0.6921	0.3326	1.1233	-0.6612	-0.6781	0.4599	-0.1481	-0.1055	0.2861	0.0411	0.3908	-23.6762	-40.7757	32.9969
18	28.1705	-3.3451	-3.2589	1.766	0.8281	0.5265	0.0285	0.6858	-0.7968	0.0716	-0.1748	0.3858	0.0559	-0.1254	0.1463	0.3811	0.0455	-0.0225	0.3698	-0.0735	0.4212	-28.4048	-47.0631	30.5733

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 111
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	112 - 259
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	260 - 314
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	315 - 334
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	335 - 352
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	353 - 370
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	2 - 111
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	112 - 259
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	260 - 314
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	315 - 334
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	335 - 352
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	353 - 370
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	1 - 111
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	112 - 259
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	260 - 314
16	X-RAY DIFFRACTION	16	C	315 - 334
17	X-RAY DIFFRACTION	17	C	335 - 352
18	X-RAY DIFFRACTION	18	C	353 - 380

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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