PDB-3inp: 2.05 Angstrom Resolution Crystal Structure of D-ribulose-phosphat...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3inp

タイトル

2.05 Angstrom Resolution Crystal Structure of D-ribulose-phosphate 3-epimerase from Francisella tularensis.

要素

D-ribulose-phosphate 3-epimerase

キーワード

ISOMERASE / D-ribulose-phosphate 3-epimerase / idp02542 / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

ribulose-phosphate 3-epimerase / D-ribulose-phosphate 3-epimerase activity / pentose catabolic process / pentose-phosphate shunt / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Francisella tularensis subsp. tularensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Scott, P. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: 2.05 Angstrom Resolution Crystal Structure of D-ribulose-phosphate 3-epimerase from Francisella tularensis.
著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Scott, P. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2009年8月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年8月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3inp.cif.gz	63.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3inp.ent.gz	47.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3inp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3inp_validation.pdf.gz	437.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3inp_full_validation.pdf.gz	438 KB	表示
XML形式データ	3inp_validation.xml.gz	12 KB	表示
CIF形式データ	3inp_validation.cif.gz	17.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/in/3inp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/in/3inp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1tqjS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	8119 1gld-1 10479 4o0m-1 1gla-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: idp02542

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: D-ribulose-phosphate 3-epimerase

ヘテロ分子

27.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: D-ribulose-phosphate 3-epimerase

ヘテロ分子

x 12

ソフトウェアが定義した集合体
325 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	5_555	z,x,y	1
crystal symmetry operation	9_555	y,z,x	1
crystal symmetry operation	26_665	-x+1,-y+1,z	1
crystal symmetry operation	31_665	-z+1,-x+1,y	1
crystal symmetry operation	36_665	-y+1,-z+1,x	1
crystal symmetry operation	52_566	x,-y+1,-z+1	1
crystal symmetry operation	54_566	z,-x+1,-y+1	1
crystal symmetry operation	59_566	y,-z+1,-x+1	1
crystal symmetry operation	75_656	-x+1,y,-z+1	1
crystal symmetry operation	80_656	-z+1,x,-y+1	1
crystal symmetry operation	82_656	-y+1,z,-x+1	1

2

A: D-ribulose-phosphate 3-epimerase

ヘテロ分子

x 6

ソフトウェアが定義した集合体
162 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	13_455	y-1/4,x+1/4,-z+3/4	1
crystal symmetry operation	36_665	-y+1,-z+1,x	1
crystal symmetry operation	42_554	-x+3/4,z+1/4,y-1/4	1
crystal symmetry operation	54_566	z,-x+1,-y+1	1
crystal symmetry operation	72_565	-z+3/4,-y+5/4,-x+3/4	1

3

A: D-ribulose-phosphate 3-epimerase

ヘテロ分子

A: D-ribulose-phosphate 3-epimerase

ヘテロ分子

A: D-ribulose-phosphate 3-epimerase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
81.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

A: D-ribulose-phosphate 3-epimerase

ヘテロ分子

A: D-ribulose-phosphate 3-epimerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	224.080, 224.080, 224.080
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	210
Space group name H-M	F4₁32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-225- SO4
2	1	A-259- HOH
3	1	A-368- HOH
4	1	A-391- HOH

#1: タンパク質	D-ribulose-phosphate 3-epimerase 分子量: 26813.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Francisella tularensis subsp. tularensis (バクテリア) 株: SCHU S4 / 遺伝子: FTT0789, FTT_0789, rpe / プラスミド: pMSCG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 / 参照: UniProt: Q5NGP6, ribulose-phosphate 3-epimerase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.86 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 詳細: protein solution: 7.5 mg/mL, 0.5M Sodium chloride, TRIS-HCl pH 8.3; Screen solution: JCSG+, condition B1, 0.8M Ammonium sulfate, 0.1M Citric acid pH 4.0; Cryo solution: 1.8M Ammonium sulfate, ...詳細: protein solution: 7.5 mg/mL, 0.5M Sodium chloride, TRIS-HCl pH 8.3; Screen solution: JCSG+, condition B1, 0.8M Ammonium sulfate, 0.1M Citric acid pH 4.0; Cryo solution: 1.8M Ammonium sulfate, 25% (w/v) Sucrose., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

結晶

マシュー密度: 4.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.86 %

結晶化

温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: protein solution: 7.5 mg/mL, 0.5M Sodium chloride, TRIS-HCl pH 8.3; Screen solution: JCSG+, condition B1, 0.8M Ammonium sulfate, 0.1M Citric acid pH 4.0; Cryo solution: 1.8M Ammonium sulfate, ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月5日 / 詳細: Diamond
放射	モノクロメーター: Beryllium lenses / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→30 Å / Num. all: 30690 / Num. obs: 30690 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.4 % / B_iso Wilson estimate: 29.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 28.2
反射シェル	解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 14.6 % / R_merge(I) obs: 0.472 / Mean I/σ(I) obs: 6.3 / Num. unique all: 1518 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Max	データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1TQJ

1tqj

解像度: 2.05→29.94 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / SU B: 4.138 / SU ML: 0.052 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Individual Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.095 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.17703	1548	5 %	RANDOM
R_work	0.15833	-	-	-
all	0.15925	29116	-	-
obs	0.15925	29116	99.99 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.424 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→29.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1663	0	12	165	1840

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	1772
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1156
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.396	1.964	2410
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.866	3	2851
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.121	5	228
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.981	25.195	77
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	9.932	15	303
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.55	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	276
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	1993
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	333
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.004	1.5	1124
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.339	1.5	453
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.773	2	1819
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.265	3	648
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.058	4.5	591

LS精密化シェル

解像度: 2.05→2.105 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.193	111	-
R_work	0.161	2110	-
obs	-	2110	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6701	-0.4031	0.11	1.3003	-0.2773	1.4195	-0.0177	-0.3517	-0.0718	0.3317	0.1039	0.199	-0.0276	-0.2422	-0.0861	0.1699	0.0543	0.047	0.1837	0.0725	0.0898	69.5471	136.4012	110.1739
2	3.2074	0.304	0.0425	1.6241	-0.1705	2.6117	0.0182	-0.03	0.1105	0.1263	0.0119	-0.0029	-0.1372	0.0383	-0.0301	0.1234	0.0348	-0.0269	0.0714	0.0425	0.0606	84.1556	140.9527	102.4561
3	1.3042	0.2383	0.2633	5.7734	1.6258	2.9358	0.0268	-0.3171	0.0095	0.3034	-0.087	-0.0236	0.0024	0.1526	0.0603	0.1315	0.0159	-0.0441	0.1626	0.0491	0.0743	88.2995	136.2324	107.0128
4	3.237	0.1081	0.027	2.3878	0.1832	2.1105	-0.0042	-0.1684	-0.1912	0.0984	-0.0428	0.0558	0.1288	0.0646	0.047	0.172	0.0646	-0.0192	0.1513	0.103	0.1073	85.6574	125.6815	106.1043
5	5.4565	1.4253	-0.8521	4.1511	-0.9318	2.0687	0.0158	-0.4541	-0.3233	0.4553	-0.002	-0.1995	0.117	0.2172	-0.0139	0.2517	0.0745	-0.0389	0.2109	0.119	0.1081	85.8096	122.686	114.3842
6	8.514	-2.2747	-1.9288	2.2188	-0.3213	3.4383	-0.4042	-0.7759	-0.7142	0.3389	0.355	0.433	0.3895	-0.2757	0.0492	0.3218	0.048	0.0778	0.2731	0.2109	0.2229	70.0347	121.9855	118.7359

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 66
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	67 - 103
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	104 - 125
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	126 - 158
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	159 - 192
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	193 - 222

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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