PDB-3imf: 1.99 Angstrom resolution crystal structure of a short chain dehyd...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3imf

タイトル

1.99 Angstrom resolution crystal structure of a short chain dehydrogenase from Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'

要素

Short chain dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Short Chain Dehydrogenase / Structural Genomics / Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

2,4-dienoyl-CoA reductase (NADPH) activity / fatty acid catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor' (炭疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.99 Å

データ登録者

Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Gordon, E. / Peterson, S. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: 1.99 Angstrom resolution crystal structure of a short chain dehydrogenase from Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'
著者: Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Gordon, E. / Peterson, S. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2009年8月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年8月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年11月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.5	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3imf.cif.gz	213.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3imf.ent.gz	175.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3imf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/3imf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/3imf	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1w8dS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4kwh-1 4bo0-d 5oio-1 5tgd-d 6tbx-d 1enz-2 4oso-1 2aqk-1 3gk3-d 4iuy-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: IDP02325

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Short chain dehydrogenase

B: Short chain dehydrogenase

C: Short chain dehydrogenase

D: Short chain dehydrogenase

ヘテロ分子

114 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	174.237, 89.560, 71.785
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 111.60, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Short chain dehydrogenase 分子量: 28418.074 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor' (炭疽菌) 株: Ames Ancestor / 遺伝子: BAS3900, BA_4204, GBAA4204, GBAA_4204, YP_020848 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3) / 参照: UniProt: Q81MP2, UniProt: A0A6L8NTZ6*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 592 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.3 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 20% MPD, 0.1M Mg Acetate, 50mM MES pH 5.6. For cryoprotection, 5% Glycerol, 5% Sucrose, 5% Ethylene glycol were used, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月7日 / 詳細: Beryllium lenses/Diamond Laue Mono
放射	モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.99→30 Å / Num. all: 136276 / Num. obs: 136276 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 24.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 12.79
反射シェル	解像度: 1.99→2.03 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.463 / Mean I/σ(I) obs: 3.38 / Num. unique all: 6792 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Max	データ収集
BALBES		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1W8D

1w8d

解像度: 1.99→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / SU B: 7.524 / SU ML: 0.096 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.172 / ESU R Free: 0.15 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. The Friedel pairs were used in phasing. 2. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20643	3494	5 %	RANDOM
R_work	0.16609	-	-	-
all	0.16815	65695	-	-
obs	0.16815	65695	98.83 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.705 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.46 Å²	0 Å²	1.32 Å²
2-	-	-0.97 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.99→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7472	0	8	592	8072

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	7900
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	5339
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.376	1.953	10695
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.816	3	13106
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.005	5	1041
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.242	24.924	327
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.809	15	1422
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.391	15	43
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	1180
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	8986
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1513
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.93	1.5	5037
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.261	1.5	2114
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.656	2	8094
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.803	3	2863
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.508	4.5	2601

LS精密化シェル

解像度: 1.99→2.05 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.217	240	-
R_work	0.169	4509	-
obs	-	4509	91.75 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	11.827	-9.5851	2.4466	10.5786	-9.5521	21.193	0.6872	1.1107	-1.003	-0.9227	-0.3467	0.9235	0.9314	-0.8383	-0.3405	0.3699	-0.2207	-0.2111	0.7446	0.0013	0.4924	0.9925	-5.0905	15.5656
2	2.0668	-0.0574	-0.1575	1.4867	-0.3698	2.2698	-0.0153	-0.0761	0.1244	0.119	0.006	0.1578	-0.1498	-0.282	0.0094	0.0174	0.0265	0.0095	0.1301	-0.0116	0.0789	5.9697	2.4461	29.0822
3	0.8498	0.1141	0.0147	0.7556	0.1937	0.9251	-0.0491	-0.062	-0.0007	0.0622	0.0407	0.0619	-0.0112	-0.084	0.0084	0.0174	0.0157	0.0043	0.0243	0.013	0.0308	22.9826	-0.6541	28.1481
4	5.1522	6.0273	-9.2723	9.8576	-10.8186	16.6961	1.1764	0.4819	0.881	0.873	0.4205	0.9214	-2.0176	-0.9321	-1.5969	0.8676	-0.1562	-0.059	0.5941	0.1218	1.5276	25.0545	25.3657	21.8538
5	1.3935	0.0248	-0.6344	2.5631	-1.0828	1.5013	0.0629	0.0388	0.1458	0.2239	0.0047	0.1192	-0.2263	-0.2582	-0.0676	0.0481	0.0268	-0.0057	0.0811	0.0002	0.0452	18.2768	6.5038	12.517
6	1.042	-1.27	-1.0043	2.5411	-0.4773	3.883	0.0289	-0.066	0.0381	0.0242	0.0441	-0.0284	-0.1271	0.1217	-0.073	0.0756	0.0104	-0.0276	0.0495	0.005	0.0307	31.2062	10.4694	13.1825
7	14.9107	7.6965	-7.2066	13.4584	-0.0448	18.6623	-0.2479	0.0962	0.6378	0.5707	0.053	1.3349	-0.0957	-1.3399	0.1949	0.1953	0.0825	-0.0215	0.4474	0.0049	0.4629	11.1516	8.1486	-6.992
8	1.8761	0.0508	-0.1187	1.689	0.1736	1.7925	0.0209	0.2554	-0.1081	-0.1707	-0.0175	0.0992	0.1614	-0.1794	-0.0034	0.0771	-0.0077	-0.0488	0.13	-0.0187	0.0427	22.5758	-0.9425	-13.5856
9	1.3077	-0.8192	0.2207	1.3605	-0.3487	0.4025	0.0511	0.0942	-0.0179	-0.1104	-0.0101	0.0278	0.006	-0.0072	-0.041	0.0284	-0.006	-0.0177	0.0224	0.0013	0.0254	35.6745	2.1378	-1.5088
10	2.4054	0.3642	0.6302	0.3915	-0.2575	0.5399	-0.0259	0.2415	-0.5221	-0.2232	0.0191	-0.2201	0.26	0.0688	0.0068	0.4299	-0.0492	0.0628	0.2437	-0.0482	0.3348	26.4299	-13.3511	0.9941
11	6.3721	-6.3175	-0.6543	7.8095	8.5938	42.383	0.1726	0.7162	-0.6715	0.5782	-0.1503	0.4999	3.5548	1.9235	-0.0223	0.7401	0.2068	0.1333	0.4347	-0.1026	1.0521	30.1575	-26.2753	9.0397
12	0.8557	0.1982	0.0616	1.0288	-0.3838	1.5318	-0.053	0.068	-0.0856	-0.1402	0.0266	-0.0146	0.1402	-0.1249	0.0264	0.0269	-0.0133	0.0023	0.0454	0.0009	0.0482	23.0306	-6.0785	9.4178
13	24.8806	15.6862	8.6001	12.6968	12.2973	20.0483	1.2138	-1.0558	-1.0516	1.2998	-0.4118	-0.8174	1.3607	0.4988	-0.802	0.6275	-0.0079	-0.1555	0.4791	0.1026	0.3847	71.9507	-8.3434	17.2501
14	1.7497	-0.0055	-0.0232	1.8363	0.2369	2.2518	0.0284	0.0908	0.1292	-0.1106	-0.0036	-0.2391	-0.1762	0.3621	-0.0249	0.0191	-0.0283	0.0167	0.13	0.0088	0.096	68.19	0.7298	4.4621
15	1.3678	-1.1071	0.6058	1.6705	-0.4771	0.8364	-0.0035	0.0421	0.1131	-0.0701	0.0027	-0.1551	0.0145	0.0449	0.0009	0.013	-0.012	-0.0052	0.0239	0.009	0.0393	50.4454	0.8289	2.5336
16	1.2858	0.0385	-0.0089	1.8819	0.6846	1.8842	0.0331	0.0161	0.0543	-0.1128	0.0273	-0.0285	-0.2627	0.1073	-0.0604	0.0381	-0.013	0.0102	0.0111	-0.0017	0.0207	51.617	-0.6328	12.6341
17	1.4562	-0.4014	-0.3143	2.2715	1.4727	1.5316	0.0584	-0.0315	0.1092	-0.1189	0.0736	-0.1778	-0.2033	0.2622	-0.132	0.064	-0.0376	-0.0101	0.0953	-0.0112	0.0558	55.8719	3.8398	21.094
18	5.9508	1.9621	-1.7579	2.423	1.0823	6.1087	0.0906	0.0054	0.2776	0.0238	-0.0384	0.0996	-0.2706	-0.2453	-0.0521	0.0957	-0.0184	-0.0273	0.0465	0.0025	0.0272	42.9055	11.5464	21.1034
19	19.9709	-12.0429	-3.3079	18.0378	-5.6128	12.2259	-0.0476	0.0271	1.0611	-0.5342	-0.0811	-1.8311	-0.9156	1.3533	0.1287	0.3798	-0.2476	0.0592	0.4691	-0.0282	0.4626	63.1453	6.469	40.0829
20	2.0977	-0.3933	-0.1344	2.0504	0.2033	2.3899	0.0186	-0.2479	-0.166	0.2114	0.0033	-0.084	0.0827	0.1713	-0.0219	0.0846	-0.0064	-0.0562	0.1488	0.0208	0.0493	51.2719	-2.6062	47.0918
21	1.637	0.6035	0.2793	1.1691	0.4114	0.9462	0.0447	-0.0639	-0.0588	0.201	0.0557	-0.0224	-0.0259	0.0165	-0.1003	0.0629	0.0203	-0.0062	0.0411	0.0132	0.0387	36.9025	-1.3966	36.17
22	1.4531	-1.1457	-0.2629	4.701	0.2984	1.7127	-0.0446	-0.1255	-0.0296	0.1757	-0.0093	0.0401	0.0483	0.0632	0.0539	0.0335	0.0001	-0.0093	0.0296	-0.0034	0.0109	45.1597	1.6269	31.3052
23	27.6146	15.5378	-8.5782	40.5547	-31.2634	24.6391	1.4303	-1.0148	-2.1457	-1.6874	-0.0002	1.3506	1.6868	-0.1501	-1.43	1.0613	-0.0351	0.1707	0.292	0.1409	1.1345	43.7097	-25.5818	22.843
24	0.8979	-0.1151	-0.2999	0.6366	-0.0025	1.2122	-0.0428	-0.036	-0.0782	0.1194	0.0111	-0.014	0.0638	0.0766	0.0318	0.0299	0.0098	-0.0126	0.0389	-0.0038	0.0438	50.6394	-6.8106	24.0747

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-1 - 4
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	5 - 91
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	92 - 189
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	190 - 205
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	206 - 238
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	239 - 253
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	0 - 4
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	5 - 90
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	91 - 180
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	181 - 194
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	200 - 208
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	209 - 253
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	0 - 4
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	5 - 90
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	91 - 161
16	X-RAY DIFFRACTION	16	C	162 - 207
17	X-RAY DIFFRACTION	17	C	208 - 240
18	X-RAY DIFFRACTION	18	C	241 - 253
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	-1 - 4
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	5 - 90
21	X-RAY DIFFRACTION	21	D	91 - 163
22	X-RAY DIFFRACTION	22	D	164 - 201
23	X-RAY DIFFRACTION	23	D	202 - 209
24	X-RAY DIFFRACTION	24	D	210 - 253

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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