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- PDB-3ima: Complex structure of tarocystatin and papain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ima
タイトルComplex structure of tarocystatin and papain
要素
  • Cysteine proteinase inhibitor
  • Papain
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / CYSTATIN / TAROCYSTATIN / CECPI / PAPAIN / PHYTOCYSTATIN / Allergen / Disulfide bond / Hydrolase / Protease / Thiol protease / Zymogen / Protease inhibitor / Thiol protease inhibitor / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


papain / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / serpin family protein binding / cysteine-type peptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Aspartic acid proteinase inhibitor / Cystatin / Proteinase inhibitor I25, cystatin, conserved site / Cysteine proteases inhibitors signature. / Cystatin-like domain / Cystatin domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #10 / Cystatin superfamily / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) ...Aspartic acid proteinase inhibitor / Cystatin / Proteinase inhibitor I25, cystatin, conserved site / Cysteine proteases inhibitors signature. / Cystatin-like domain / Cystatin domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #10 / Cystatin superfamily / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease / Cysteine proteinases / Cysteine peptidase, cysteine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases cysteine active site. / Cathepsin B; Chain A / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Roll / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Papain / Cysteine proteinase inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種Colocasia esculenta (サトイモ)
Carica papaya (パパイア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Chu, M.H. / Liu, K.L. / Yeh, K.W. / Cheng, Y.S.
引用ジャーナル: Planta / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of tarocystatin-papain complex: implications for the inhibition property of group-2 phytocystatins.
著者: Chu, M.H. / Liu, K.L. / Wu, H.Y. / Yeh, K.W. / Cheng, Y.S.
履歴
登録2009年8月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年9月16日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: citation / struct ...citation / struct / struct_conn / struct_site
Item: _citation.title / _struct.title ..._citation.title / _struct.title / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32020年11月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Papain
B: Cysteine proteinase inhibitor
C: Papain
D: Cysteine proteinase inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,5737
ポリマ－67,3964
非ポリマー1773
水10,377576
1
A: Papain
B: Cysteine proteinase inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8164
ポリマ－33,6982
非ポリマー1182
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2080 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area13290 Å2
手法PISA
2
C: Papain
D: Cysteine proteinase inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7573
ポリマ－33,6982
非ポリマー591
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1850 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area13280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.060, 99.720, 165.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Papain / Papaya proteinase I / PPI


分子量: 23500.299 Da / 分子数: 2 / 断片: Papain domain / 由来タイプ: 天然
詳細: Papain was purchased from SIGMA co. for co-crystallization with CECPI.
由来: (天然) Carica papaya (パパイア) / 参照: UniProt: P00784, papain
#2: タンパク質 Cysteine proteinase inhibitor / Tarocystatin / CECPI


分子量: 10197.745 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal domain, UNP residues 2-92 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Colocasia esculenta (サトイモ) / 遺伝子: CPI / プラスミド: pGEX-4T-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): E.coli BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q8L5J8
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 576 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.31 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 30% PEG MME 2000, 0.1M Sodium Acetate trihydrate pH 4.6, 0.2M Ammonium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13C1 / 波長: 0.97315 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月26日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97315 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→30 Å / Num. obs: 39400 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 10.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 2.03→2.1 Å / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 3476 / % possible all: 95.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1PPN

1ppn


解像度: 2.03→28.89 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 98515.52 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.233 3804 10.1 %RANDOM
Rwork0.182 ---
obs0.182 37691 94.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 55.1294 Å2 / ksol: 0.36207 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 24.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.23 Å20 Å20 Å2
2---0.87 Å20 Å2
3----4.37 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.27 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.23 Å0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.03→28.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4657 0 12 576 5245
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.33
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.331.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.012
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.192
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.222.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: NONE
LS精密化 シェル解像度: 2.03→2.16 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 579 10.2 %
Rwork0.23 5104 -
obs--87.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3act.paramact.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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