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万見
- PDB-3im8: Crystal structure of MCAT from Streptococcus pneumoniae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3im8
タイトルCrystal structure of MCAT from Streptococcus pneumoniae
要素Malonyl acyl carrier protein transacylase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / fatty acid synthesis (脂肪酸の合成) / malonyl-coA (マロニルCoA) / acyl carrier protein transacylase (MCAT) / fabD / Acyltransferase (アシルトランスフェラーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


[acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase activity / fatty acid biosynthetic process / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase / Malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase, FabD-type / : / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein, domain 2 / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein; domain 2 / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase / Acyl transferase domain ...Malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase / Malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase, FabD-type / : / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein, domain 2 / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein; domain 2 / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / Malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Hong, S.K. / Kim, K.H. / Park, J.K. / Kim, Y.M. / Kim, E.E.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2010
タイトル: New design platform for malonyl-CoA-acyl carrier protein transacylase
著者: Hong, S.K. / Kim, K.H. / Park, J.K. / Jeong, K.-W. / Kim, Y.M. / Kim, E.E.
履歴
登録2009年8月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Malonyl acyl carrier protein transacylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3082
ポリマ－33,2491
非ポリマー591
水2,414134
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.263, 63.508, 89.892
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Malonyl acyl carrier protein transacylase / MCAT / malonyl coA-acyl carrier protein transacylase


分子量: 33248.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
株: R6 / 遺伝子: fabD / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q8DR16, [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.63 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 8-16% PEG 8000, 0.2M calcium acetate, 0.1M sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年10月30日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. obs: 18662 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.31 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 16 / Num. measured all: 99009
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.14 % / Rmerge(I) obs: 0.214 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 79.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREKデータスケーリング
CNS精密化
REFMAC5.5.0072精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
CrystalClearデータ収集
d*TREKデータ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3IM9

3im9


解像度: 2.1→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 14.008 / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.229 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 830 5 %RANDOM
Rwork0.212 ---
obs0.215 16545 99.17 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 60.68 Å2 / Biso mean: 27.835 Å2 / Biso min: 10.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.28 Å20 Å20 Å2
2---1.21 Å20 Å2
3----1.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2321 0 4 134 2459
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0222361
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.831.9843204
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.685304
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.26425.5100
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.96115404
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg26.4321510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2376
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0211770
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2181.51520
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.02722438
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0873841
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.9344.5766
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.98132361
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free8.2723134
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded2.95832325
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 64 -
Rwork0.244 1076 -
all-1140 -
obs--96.28 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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