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万見
- PDB-3im4: Crystal structure of cAMP-dependent Protein Kinase A Regulatory S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3im4
タイトルCrystal structure of cAMP-dependent Protein Kinase A Regulatory Subunit I alpha in complex with dual-specific A-Kinase Anchoring Protein 2
要素
  • Dual specificity A kinase-anchoring protein 2
  • cAMP-dependent protein kinase type I-alpha regulatory subunit
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / SIGNALING PROTEIN / four-helix bundle / Acetylation / cAMP / cAMP-binding / Disulfide bond / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Cytoplasm / Membrane / Mitochondrion / Polymorphism / Transit peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


: / PKA activation in glucagon signalling / DARPP-32 events / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / GPER1 signaling / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / PKA activation / nucleotide-activated protein kinase complex / Hedgehog 'off' state / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity ...: / PKA activation in glucagon signalling / DARPP-32 events / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / GPER1 signaling / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / PKA activation / nucleotide-activated protein kinase complex / Hedgehog 'off' state / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / protein kinase A binding / cardiac muscle cell proliferation / cAMP-dependent protein kinase complex / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / sarcomere organization / cellular response to glucagon stimulus / negative regulation of activated T cell proliferation / plasma membrane raft / axoneme / protein kinase A catalytic subunit binding / immunological synapse / mesoderm formation / cAMP binding / multivesicular body / regulation of protein phosphorylation / neuromuscular junction / protein localization / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of insulin secretion / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / protein domain specific binding / negative regulation of gene expression / centrosome / glutamatergic synapse / ubiquitin protein ligase binding / signal transduction / protein-containing complex / mitochondrion / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
A-kinase anchor protein 10, PKA-binding (AKB) domain / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, dimerization-anchoring domain / cAMP-dependent Protein Kinase, Chain A / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, dimerization-anchoring domain / Regulatory subunit of type II PKA R-subunit / RIIalpha, Regulatory subunit portion of type II PKA R-subunit / Regulator of G protein signaling domain / RGS, subdomain 2 / RGS domain ...A-kinase anchor protein 10, PKA-binding (AKB) domain / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, dimerization-anchoring domain / cAMP-dependent Protein Kinase, Chain A / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, dimerization-anchoring domain / Regulatory subunit of type II PKA R-subunit / RIIalpha, Regulatory subunit portion of type II PKA R-subunit / Regulator of G protein signaling domain / RGS, subdomain 2 / RGS domain / RGS domain profile. / Regulator of G protein signalling domain / RGS domain superfamily / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
A-kinase anchor protein 10, mitochondrial / cAMP-dependent protein kinase type I-alpha regulatory subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.285 Å
データ登録者Sarma, G.N. / Kinderman, F.S. / Kim, C. / von Daake, S. / Taylor, S.S.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2010
タイトル: Structure of D-AKAP2:PKA RI Complex: Insights into AKAP Specificity and Selectivity
著者: Sarma, G.N. / Kinderman, F.S. / Kim, C. / von Daake, S. / Chen, L. / Wang, B.C. / Taylor, S.S.
履歴
登録2009年8月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年12月21日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cAMP-dependent protein kinase type I-alpha regulatory subunit
B: cAMP-dependent protein kinase type I-alpha regulatory subunit
C: Dual specificity A kinase-anchoring protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4268
ポリマ－17,0993
非ポリマー3275
水54030
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4470 Å2
ΔGint-52.9 kcal/mol
Surface area7460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.400, 56.020, 56.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細BIOLOGICAL UNIT IS THE RI ALPHA DIMER BOUND TO A MONOMER OF D-AKAP2. AUTHOR STATES THAT THE QUARTERNARY STRUCTURE SHOWN IN REMARK 350 IS NOT CORRECT: IT IS *NOT* A TRIMER. IT IS A PROTEIN COMPLEX STRUCTURE OF TWO PROTEINS: A DIMER BOUND TO A MONOMER.

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要素

#1: タンパク質・ペプチド cAMP-dependent protein kinase type I-alpha regulatory subunit


分子量: 6005.980 Da / 分子数: 2 / 断片: Dimerization and docking domain: UNP residues 13-62 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: PRKAR1A / プラスミド: pRSET C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00514
#2: タンパク質・ペプチド Dual specificity A kinase-anchoring protein 2 / Kinase anchor protein 10 / Protein kinase A-anchoring protein 10 / PRKA10 / D-AKAP-2


分子量: 5086.658 Da / 分子数: 1 / 断片: PKA-RII subunit binding: UNP residues 623-662 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AKAP10 / プラスミド: pGEX 4T-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O43572
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.78 %
結晶化温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.5
詳細: 10% PEG 6000, 0.01 M ZnCl2, 0.1 M MES, pH 5.5, MICROBATCH, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月1日
放射モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.285→50 Å / Num. obs: 6221 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 2.285→2.38 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.285→39.9567 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 0.16 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2542 600 9.98 %random
Rwork0.186 ---
all0.1927 6221 --
obs0.186 6015 96.61 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.871 Å2 / ksol: 0.329 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.285→39.9567 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1023 0 5 30 1058
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051040
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.811397
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.216401
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05157
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005181
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.285-2.51520.29081360.20431240X-RAY DIFFRACTION91
2.5152-2.87910.311540.20391344X-RAY DIFFRACTION98
2.8791-3.62690.28711520.19691365X-RAY DIFFRACTION98
3.6269-39.95670.21531580.16821466X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID手法L11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1refined0.5158-0.4161-0.20090.9226-0.73541.1339-0.0118-0.0658-0.25640.06090.0179-0.23450.2213-0.0569-0.02230.1932-0.0124-0.00590.2240.020.3695-3.31620.0101-1.3816
20.6265-1.53440.5411.76471.2042.5814-0.1966-0.02340.2578-0.15410.14990.0433-0.5402-0.36580.01920.19710.0588-0.0110.17220.01510.3592
30.14230.31692.20992.1115-0.65997.9928-0.045-0.19280.1406-0.1281-0.29530.39690.3031-0.77670.27460.2881-0.0944-0.04150.42940.10950.6417
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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