PDB-3im1: Structure of the C-terminal Sec63 unit of yeast Brr2, P212121 Form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3im1

タイトル

Structure of the C-terminal Sec63 unit of yeast Brr2, P212121 Form

要素

Pre-mRNA-splicing helicase BRR2

キーワード

HYDROLASE / ATPase / RNA helicase / RNPase / RNA unwindase / molecular modeling / pre-mRNA splicing / spliceosome catalytic activation / U5-200K protein/Brr2 / ATP-binding / Helicase / mRNA processing / mRNA splicing / Nucleotide-binding / Nucleus / Phosphoprotein / Spliceosome

機能・相同性

機能・相同性情報

spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / U5 snRNP / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / nucleic acid binding / RNA helicase activity / RNA helicase / ATP hydrolysis activity / ATP binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Pena, V. / Hrmann, R.L. / Wahl, M.C.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Common Design Principles in the Spliceosomal RNA Helicase Brr2 and in the Hel308 DNA Helicase
著者: Pena, V. / Jovin, S.M. / Fabrizio, P. / Orlowski, J. / Bujnicki, J.M. / Hrmann, R.L. / Wahl, M.C.

履歴

登録	2009年8月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年8月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3im1.cif.gz	90.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3im1.ent.gz	70.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3im1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/3im1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/3im1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3im2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4jkz-1 5rzr-d 5ryv-d 5gn1-3 2rje-4 5ryx-d 5ryu-d 5x5i-4 5x5i-2 3bin-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Pre-mRNA-splicing helicase BRR2

37.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.235, 76.504, 84.585
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 / Protein Snu246 分子量: 37155.250 Da / 分子数: 1 / 断片: Sec63 unit (UNP residues 1839-2163) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: BRR2, RSS1, SNU246, SYGP-ORF66, YER172C / プラスミド: pETM-11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 (DE3) 参照: UniProt: P32639, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 412 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 / Protein Snu246

分子量: 37155.250 Da / 分子数: 1 / 断片: Sec63 unit (UNP residues 1839-2163) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: BRR2, RSS1, SNU246, SYGP-ORF66, YER172C / プラスミド: pETM-11 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 (DE3)
参照: UniProt: P32639, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 412 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.86 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 100mM sodium cacodylate, pH 6.0, 100mM Li2SO4, 15% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.05 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月4日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.05 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→20 Å / Num. all: 43913 / Num. obs: 43474 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.3 % / B_iso Wilson estimate: 32 Å² / R_sym value: 0.06 / Net I/σ(I): 30.5
反射シェル	解像度: 1.65→1.7 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 3458 / R_sym value: 0.51 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
SHELXS		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.65→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 4.282 / SU ML: 0.075 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.108 / ESU R Free: 0.108 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23159	2181	5 %	RANDOM
R_work	0.19305	-	-	-
all	0.19507	41613	-	-
obs	0.19507	41201	99.01 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.622 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.51 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.93 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.44 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2598	0	0	412	3010

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	2790
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.238	1.976	3818
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.212	5	356
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.565	25.726	124
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.59	15	509
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.504	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	452
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2100
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.189	0.2	1199
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.295	0.2	1953
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.163	0.2	277
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.139	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.166	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.55	1.5	1786
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.928	2	2841
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.542	3	1146
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.362	4.5	977

LS精密化シェル

解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.375	149	-
R_work	0.345	3007	-
obs	-	3156	99.62 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.1881	-0.2122	-4.1808	1.7815	-0.9998	11.4017	0.0851	0.4559	0.127	-0.2637	0.0017	0.1104	-0.1612	-0.5839	-0.0868	-0.0665	-0.034	-0.0415	0.0556	0.0059	0.0101	8.062	71.5408	-16.0598
2	3.9849	-0.7961	-0.8412	1.7797	0.477	2.2686	0.0217	-0.052	-0.0991	0.22	-0.1039	0.0659	-0.0173	0.0651	0.0821	-0.0343	-0.0017	0.0047	-0.0134	-0.0082	-0.0731	13.047	68.5207	12.5004
3	17.9175	-3.8486	7.3273	1.4933	-0.2107	5.9819	-0.1666	-0.8945	-0.1248	0.1582	0.1062	0.1551	0.0135	-0.3412	0.0604	-0.0934	0.0057	0.031	0.0261	-0.0046	-0.0453	9.1233	63.5172	6.9341
4	6.2713	-5.8472	-1.766	11.7485	2.6674	2.1036	-0.0082	-0.3578	0.0268	0.2472	0.0271	0.1351	0.2105	-0.0634	-0.0189	-0.1035	-0.0404	0.0215	0.0285	-0.0121	-0.0042	4.9379	51.7061	-0.7415
5	4.6419	1.3851	-0.1632	3.6771	1.5833	4.0189	-0.0114	-0.072	-0.3892	0.1004	0.0991	-0.2779	0.1779	0.2492	-0.0877	-0.1035	0.0405	-0.0108	-0.0103	-0.0165	0.002	19.7945	52.1319	0.3402
6	5.6662	-3.3681	9.1698	17.2381	5.1432	22.2059	-0.049	-0.6429	-0.0235	1.227	0.2337	-0.8031	-0.0864	0.9758	-0.1848	0.0442	-0.1051	-0.043	0.2559	0.1562	0.1132	14.1473	51.616	10.6143
7	1.7152	1.0561	-0.7719	2.3726	-0.6582	1.6498	-0.0721	0.0139	-0.0314	-0.1086	0.0403	-0.0597	0.0073	-0.1065	0.0318	-0.0959	0.0015	0.0114	0.003	-0.0152	-0.0257	16.013	59.1672	-3.185
8	0.8872	-1.0707	-1.0111	11.0199	5.1786	5.0228	-0.0247	0.0868	-0.0227	-0.2294	-0.0415	0.253	-0.0563	-0.4156	0.0663	-0.1077	-0.0177	-0.0052	0.0561	0.0085	-0.0458	8.041	61.322	-7.0717
9	0.8401	0.1203	-0.5175	0.8928	0.6569	3.6393	0.0419	-0.0846	-0.0092	0.0945	-0.0359	0.0373	-0.2676	0.1604	-0.0059	-0.0372	-0.0105	-0.0046	-0.018	0.009	-0.0452	18.6466	73.75	4.4686
10	6.5718	0.1759	-0.6541	3.2929	-3.5375	6.9319	0.0501	-0.1115	-0.3642	-0.4379	-0.2754	-0.1576	0.4244	0.5762	0.2253	-0.0531	0.0426	0.0176	0.0162	0.055	-0.0442	28.4939	68.6325	-16.4197
11	6.5957	-5.0391	-0.8571	25.4017	4.7134	5.7182	0.2692	-0.1639	0.2088	-0.8022	-0.5223	-1.1442	-0.332	0.7788	0.2531	-0.1722	-0.0388	0.0369	0.1576	0.123	-0.0176	35.3406	75.9471	-16.8077
12	19.5479	36.3228	12.9584	81.7707	23.3144	23.8634	-1.5052	1.2633	-0.2751	-3.4132	1.3403	-1.4553	-1.5122	1.2982	0.1649	-0.0717	0.0277	0.0738	0.2378	0.1888	-0.0506	34.7012	78.4123	-26.2717
13	6.3434	-1.2482	-0.71	3.1047	2.9605	8.4814	0.215	0.0116	-0.4548	-0.0238	-0.0416	-0.0936	0.4085	0.1588	-0.1734	0.0035	0.0284	-0.0533	-0.0345	0.0367	-0.0563	21.8561	73.2379	-26.3858
14	1.7179	2.1748	2.6858	3.1987	4.0707	8.2856	0.1091	-0.0548	0.1722	0.0186	-0.2778	0.1757	-1.1316	0.1366	0.1686	0.268	-0.1569	-0.0048	0.0185	0.0226	-0.067	25.6172	90.4711	-3.5477
15	1.0368	-0.6656	1.1762	1.4587	3.7998	34.6178	-0.1851	0.0133	0.2817	-0.6186	0.3418	-0.0859	-1.3629	0.5259	-0.1566	0.2977	-0.1808	-0.0048	-0.0711	-0.0566	-0.0133	24.5902	97.8351	12.3842
16	50.4617	32.9468	15.5743	44.196	8.249	23.9264	-2.2079	3.4258	1.9131	-2.9332	2.2541	0.3054	-2.4984	1.2724	-0.0462	0.5795	-0.0569	-0.0497	0.1514	0.0518	0.0344	18.0961	90.6321	-13.559
17	1.3048	0.9559	0.4071	2.4297	1.105	4.7358	0.0448	-0.0732	0.0434	-0.0258	-0.06	-0.0088	-0.5479	0.0224	0.0152	-0.0577	-0.0127	-0.0095	-0.0756	0.0209	-0.0926	18.4	79.4072	-0.937
18	3.8301	-0.2284	2.8641	4.8811	-3.3306	18.3749	0.0945	-0.1529	0.2018	-0.1822	0.0284	0.2277	-1.293	-0.3773	-0.1229	0.1683	-0.0153	0.0172	-0.1851	-0.0295	-0.1274	17.402	88.6362	3.4539
19	1.7291	0.3106	0.0142	1.2091	2.3495	4.8217	0.1025	-0.185	0.15	-0.1576	0.0107	-0.0227	-0.8341	0.5221	-0.1132	0.1799	-0.154	-0.0037	-0.0239	0.0071	-0.094	24.4654	89.1563	6.6532
20	5.3938	4.9183	7.1031	10.0309	13.7622	19.7919	0.1735	-0.3038	0.1494	-0.0549	0.2039	-0.2441	-0.4456	0.7576	-0.3774	0.1486	-0.261	0.0141	0.1135	-0.058	-0.1138	32.0341	90.8421	9.3806

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1839 - 1856
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	1857 - 1880
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	1881 - 1889
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	1890 - 1900
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	1901 - 1914
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	1915 - 1921
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	1922 - 1938
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	1939 - 1955
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	1956 - 1990
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	1991 - 2006
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	2007 - 2020
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	2021 - 2031
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	2032 - 2043
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	2044 - 2060
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	2061 - 2076
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	2077 - 2084
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	2085 - 2110
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	2111 - 2121
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	2122 - 2151
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	2152 - 2163

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)