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万見
- PDB-3ilw: Structure of DNA gyrase subunit A N-terminal domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ilw
タイトルStructure of DNA gyrase subunit A N-terminal domain
要素DNA gyrase subunit A
キーワードISOMERASE / DNA topology / topoisomerase / gyrase / antibiotic resistance / Mycobacterium tuberculosis / breakage-reunion domain / Structural Genomics / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC / ATP-binding / DNA-binding / Nucleotide-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / peptidoglycan-based cell wall / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to antibiotic / magnesium ion binding ...DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / peptidoglycan-based cell wall / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to antibiotic / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA gyrase, subunit A / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A / DNA Topoisomerase IV ...DNA gyrase, subunit A / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A / DNA Topoisomerase IV / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / EF-hand calcium-binding domain.
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA gyrase subunit A / DNA gyrase subunit A
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.603 Å
データ登録者Tretter, E.M. / Schoeffler, A.J. / Weisfield, S.R. / Berger, J.M. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of the DNA gyrase GyrA N-terminal domain from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Tretter, E.M. / Schoeffler, A.J. / Weisfield, S.R. / Berger, J.M.
履歴
登録2009年8月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.32023年9月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA gyrase subunit A
B: DNA gyrase subunit A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,3359
ポリマ－104,6912
非ポリマー6457
水12,178676
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5830 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area40270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.228, 70.054, 97.812
Angle α, β, γ (deg.)109.960, 91.160, 114.160
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細biological unit is the same as asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 DNA gyrase subunit A


分子量: 52345.320 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: gyrA, MT0006, MTCY10H4.04, Rv0006 / プラスミド: pET28b derivative / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q07702, UniProt: P9WG47*PLUS, EC: 5.99.1.3
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 676 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.57 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 26% 2-methyl-2,4-pentanediol, 100mM Tris 9.0, 1mM Ciprofloxacin, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 154988 / Num. obs: 154988 / % possible obs: 86.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Χ2: 1.175 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.478 / Mean I/σ(I) obs: 1.95 / Num. unique all: 7804 / Χ2: 1.135 / % possible all: 43.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX2009_02_15_2320_3精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1AB4

1ab4


解像度: 1.603→45.16 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.854 / SU ML: 0.01 / Isotropic thermal model: isotropic+TLS(domains) / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.201 2192 1.42 %random
Rwork0.178 ---
obs0.178 154905 86.21 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.693 Å2 / ksol: 0.357 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 134.05 Å2 / Biso mean: 28.748 Å2 / Biso min: 11.55 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.845 Å24.106 Å22.79 Å2
2---0.987 Å2-0.65 Å2
3----7.723 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.603→45.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7265 0 42 676 7983
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0177463
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.56210104
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1091143
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091347
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8832853
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.603-1.6380.289610.2524271433239
1.638-1.6760.298880.2335620570851
1.676-1.7180.278990.2296995709463
1.718-1.7640.2791180.2278465858376
1.764-1.8160.2551320.2189565969787
1.816-1.8750.2271500.204103031045393
1.875-1.9420.2241560.191105391069595
1.942-2.020.1811540.177105851073996
2.02-2.1120.1851520.169106661081896
2.112-2.2230.1841550.159106141076996
2.223-2.3620.1841510.165107351088697
2.362-2.5450.1921470.172107751092297
2.545-2.8010.1951550.178108281098398
2.801-3.2060.21580.181108661102498
3.206-4.0390.1811570.158109061106399
4.039-45.1780.1831590.16109801113999
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.28050.1796-0.02790.36880.07860.809-0.01060.07850.0128-0.05830.0256-0.0283-0.03890.0178-0.01490.1314-0.0059-0.00310.16320.00780.15553.3223-16.692181.1128
21.238-0.4011-0.1611.31120.45660.1884-0.136-0.0753-0.13270.48730.05940.0960.0851-0.050.07830.22060.0010.03680.15380.02210.1586-3.167-20.6554107.1202
30.84060.38520.09960.7671-0.1820.5488-0.0599-0.01460.15580.0971-0.03380.0651-0.1546-0.02040.09970.1546-0.0033-0.0390.1286-0.00530.2014.07927.219796.6548
40.44270.0021-0.39580.1161-0.00390.5227-0.07880.0676-0.12790.0631-0.04490.0730.1983-0.0570.10430.19990.0006-0.01340.1585-0.02350.17736.9737-51.930780.4554
50.05110.19680.02582.61950.3650.08490.0073-0.074-0.04020.25620.0159-0.27980.05680.1029-0.02660.1667-0.0024-0.02860.1875-0.00050.19937.8743-22.4608100.1109
60.70170.01940.21960.20130.21861.1084-0.0181-0.15180.01360.05380.0010.01680.0977-0.07990.01460.1357-0.01880.00970.1485-0.0040.12674.2197-17.916847.6085
71.4776-0.028-0.24220.1442-0.2540.55860.01560.04110.01-0.0628-0.0298-0.03660.14020.01710.01450.18110.01310.02240.1524-0.00490.172712.5992-1921.8183
80.13360.0561-0.23231.2551-0.05811.20290.09110.07770.22690.0469-0.0180.2884-0.1886-0.264-0.07910.15340.03990.03570.19410.00620.2654-11.1477-2.068829.6501
90.1255-0.1188-0.030.7397-0.87520.71630.03740.02850.0062-0.1654-0.1556-0.06160.16870.18730.08270.26050.0515-0.00430.1889-0.00290.16623.2685-47.35851.5976
101.516-0.57970.57350.4052-0.33220.80040.18340.1679-0.1004-0.1695-0.14720.09190.31630.004-0.0140.2158-0.0287-0.01180.1498-0.00670.15385.7205-27.4629.5316
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1Chain A and resseq 37:201A37 - 201
2X-RAY DIFFRACTION2Chain A and resseq 202:228A202 - 228
3X-RAY DIFFRACTION3Chain A and resseq 229:358A229 - 358
4X-RAY DIFFRACTION4Chain A and resseq 359:471A359 - 471
5X-RAY DIFFRACTION5Chain A and resseq 472:499A472 - 499
6X-RAY DIFFRACTION6Chain B and resseq 37:201B37 - 201
7X-RAY DIFFRACTION7Chain B and resseq 202:228B202 - 228
8X-RAY DIFFRACTION8Chain B and resseq 229:358B229 - 358
9X-RAY DIFFRACTION9Chain B and resseq 359:471B359 - 471
10X-RAY DIFFRACTION10Chain B and resseq 472:499B472 - 499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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