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万見
- PDB-3ils: The Thioesterase Domain from PksA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ils
タイトルThe Thioesterase Domain from PksA
要素Aflatoxin biosynthesis polyketide synthase
キーワードHYDROLASE / a/b hydrolase / thioesterase / norsolorinic acid / aflatoxin / PksA / polyketide / Acyltransferase / Multifunctional enzyme / Phosphopantetheine
機能・相同性
機能・相同性情報


noranthrone synthase / aflatoxin biosynthetic process / norsolorinate anthrone synthase activity / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / fatty acid biosynthetic process / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Polyketide product template domain / Starter unit:ACP transacylase / Starter unit:ACP transacylase in aflatoxin biosynthesis / : / : / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. / Thioesterase / Thioesterase domain / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily ...Polyketide product template domain / Starter unit:ACP transacylase / Starter unit:ACP transacylase in aflatoxin biosynthesis / : / : / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. / Thioesterase / Thioesterase domain / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Beta-ketoacyl synthase / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Norsolorinic acid synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus parasiticus (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Korman, T.P.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Structure and function of an iterative polyketide synthase thioesterase domain catalyzing Claisen cyclization in aflatoxin biosynthesis.
著者: Korman, T.P. / Crawford, J.M. / Labonte, J.W. / Newman, A.G. / Wong, J. / Townsend, C.A. / Tsai, S.C.
履歴
登録2009年8月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aflatoxin biosynthesis polyketide synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1681
ポリマ－29,1681
非ポリマー00
水3,081171
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.934, 66.941, 67.925
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Aflatoxin biosynthesis polyketide synthase / PKS


分子量: 29167.549 Da / 分子数: 1 / 断片: PksA Thioesterase Domain residues 1845-2109 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus parasiticus (カビ) / 遺伝子: PksA, pksL1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q12053
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.85 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.6
詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium citrate, 30% PEG 4K, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSSRL BL9-210.9648, 0.98, 0.9802
シンクロトロンALS 5.0.221
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 2101CCD2007年4月27日
MARMOSAIC 325 mm CCD2CCD2007年2月23日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Double crystal Si(111)MADMx-ray1
2Double crystal Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.96481
20.981
30.98021
411
Reflection twinOperator: k,h,-l / Fraction: 0.42
反射解像度: 1.68→50 Å / Num. obs: 35395 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Χ2: 1.213 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.68-1.745.30.3332471.04192.5
1.74-1.816.20.26935211.701100
1.81-1.897.10.20334961.03100
1.89-1.997.30.14735181.21100
1.99-2.127.30.10935371.421100
2.12-2.287.30.08235441.217100
2.28-2.517.30.06635441.374100
2.51-2.877.20.05235751.014100
2.87-3.627.20.03936171.063100
3.62-506.80.03737961.07399.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.7→50 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 305
Rfactor反射数%反射
Rfree0.208 1662 4.9 %
Rwork0.178 --
obs-33560 98 %
溶媒の処理Bsol: 39.882 Å2
原子変位パラメータBiso max: 199.99 Å2 / Biso mean: 18.404 Å2 / Biso min: 7.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.44 Å20 Å20 Å2
2--0.732 Å20 Å2
3----5.172 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2042 0 0 171 2213
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.0051.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.5522
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.4452
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.1332.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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