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- PDB-3ilk: The structure of a probable methylase family protein from Haemoph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ilk
タイトルThe structure of a probable methylase family protein from Haemophilus influenzae Rd KW20
要素Uncharacterized tRNA/rRNA methyltransferase HI0380
キーワードstructural genomics / unknown function / APC63004 / methylase family protein / Haemophilus influenzae Rd KW20 / PSI-2 / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG / Methyltransferase / Transferase
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA nucleoside ribose methylation / RNA methyltransferase activity / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / RNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #590 / RNA methyltransferase TrmJ/LasT / tRNA/rRNA methyltransferase, SpoU type / SpoU rRNA Methylase family / SPOUT methyltransferase, trefoil knot domain / Alpha/beta knot / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / Alpha/beta knot methyltransferases / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Orthogonal Bundle ...Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #590 / RNA methyltransferase TrmJ/LasT / tRNA/rRNA methyltransferase, SpoU type / SpoU rRNA Methylase family / SPOUT methyltransferase, trefoil knot domain / Alpha/beta knot / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / Alpha/beta knot methyltransferases / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Uncharacterized tRNA/rRNA methyltransferase HI_0380
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Tan, K. / Li, H. / Buck, K. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The structure of a probable methylase family protein from Haemophilus influenzae Rd KW20
著者: Tan, K. / Li, H. / Buck, K. / Joachimiak, A.
履歴
登録2009年8月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized tRNA/rRNA methyltransferase HI0380
B: Uncharacterized tRNA/rRNA methyltransferase HI0380
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,31310
ポリマ－55,7522
非ポリマー5628
水2,144119
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7060 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area23140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.167, 94.392, 124.111
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細Authors state that the biological unit is experimentally unknown. The chains A and B likely form a dimer.

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized tRNA/rRNA methyltransferase HI0380


分子量: 27875.916 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
株: Rd KW20 / 遺伝子: Haemophilus influenzae, HI0380 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): pPK1037
参照: UniProt: P44676, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細PRO73SER IS A CLONING MUTATION COMPARED TO THE TARGET DB SEQUENCE NYSGXRC-6012A

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.39 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES, 10%w/v PEG8000, 8%v/v Ethylene glycol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月20日 / 詳細: Mirror
放射モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→41 Å / Num. all: 36940 / Num. obs: 36940 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 25.9
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.841 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique all: 1411 / % possible all: 76

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
SHELXD位相決定
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
ARPモデル構築
WARPモデル構築
HKL-3000位相決定
REFMAC5.5.0054精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.01→40.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 11.223 / SU ML: 0.138 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.191 / ESU R Free: 0.17 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24596 1838 5 %RANDOM
Rwork0.2052 ---
all0.20728 35020 --
obs0.20728 35020 96.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.914 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.26 Å20 Å20 Å2
2--0.15 Å20 Å2
3---1.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→40.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3696 0 34 119 3849
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0223831
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5911.9775165
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0915484
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.47624.091176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.35815717
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7141531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.2598
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022817
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8911.52370
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.51723806
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.62131461
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8834.51351
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.013→2.065 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.337 95 -
Rwork0.273 1888 -
obs-1983 71.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4078-0.2673-0.61032.92790.34581.260.0672-0.00090.14660.1141-0.0462-0.1377-0.0562-0.0317-0.0210.20.0087-0.02840.11-0.00080.018342.8733.94266.932
26.23181.43571.68758.0469-5.17910.1945-0.0808-0.14950.10910.2410.71450.2636-0.3618-1.6097-0.63370.29940.0491-0.01410.53610.0960.056137.24978.68196.953
32.50320.32140.75364.67740.23481.9941-0.01450.15190.0467-0.3588-0.02510.2847-0.1225-0.08520.03970.28550.0161-0.04070.09980.00740.020135.67956.31259.013
48.577-1.9455-1.398213.8008-3.00787.3364-0.02380.78130.034-1.64450.69810.72690.6102-1.5612-0.67430.659-0.1141-0.17230.83910.20550.096933.93178.10583.731
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-1 - 169
2X-RAY DIFFRACTION2A171 - 238
3X-RAY DIFFRACTION3B1 - 164
4X-RAY DIFFRACTION4B170 - 238

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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