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万見
- PDB-3ikt: Crystal structure of a Rex-family repressor/DNA/NAD+ complex from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ikt
タイトルCrystal structure of a Rex-family repressor/DNA/NAD+ complex from Thermus aquaticus
要素
  • Redox-sensing transcriptional repressor rex
  • Rex operator DNA
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / redox-sensing / winged helix / Rossmann fold / Nicotinamide Adenine Dinucleotide / NAD / Rex / Thermus aquaticus / DNA BINDING PROTEIN / Cytoplasm / DNA-binding / Repressor / Transcription / Transcription regulation / DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


response to redox state / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rex DNA-binding, C-terminal domain / Redox-sensing transcriptional repressor Rex / Putative DNA-binding protein N-terminus / CoA binding domain / CoA binding domain / CoA-binding / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily ...Rex DNA-binding, C-terminal domain / Redox-sensing transcriptional repressor Rex / Putative DNA-binding protein N-terminus / CoA binding domain / CoA binding domain / CoA-binding / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / DNA / DNA (> 10) / Redox-sensing transcriptional repressor Rex
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.26 Å
データ登録者McLaughlin, K.J. / Kielkopf, C.L.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2010
タイトル: Structural basis for NADH/NAD+ redox sensing by a Rex family repressor.
著者: McLaughlin, K.J. / Strain-Damerell, C.M. / Xie, K. / Brekasis, D. / Soares, A.S. / Paget, M.S. / Kielkopf, C.L.
履歴
登録2009年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Redox-sensing transcriptional repressor rex
B: Redox-sensing transcriptional repressor rex
C: Rex operator DNA
D: Rex operator DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,6315
ポリマ－58,9684
非ポリマー6631
水6,810378
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10710 Å2
ΔGint-69.2 kcal/mol
Surface area24190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.150, 63.150, 299.260
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
詳細BIOLOGICAL UNIT IS THE SAME AS ASYMMETRIC UNIT.

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要素

#1: タンパク質 Redox-sensing transcriptional repressor rex


分子量: 22730.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
株: HB27 / DSM 7039 / 遺伝子: rex, TT_C1293 / プラスミド: pET24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q72I39
#2: DNA鎖 Rex operator DNA


分子量: 6753.354 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic 22bp dsDNA obtained from IDT
#3: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 378 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.98 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 20-30% PEG 400, 0.1M Na Cacodylate pH 6.0, 0.2M CaCl2, 5-10% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 40011
2Na Cacodylate11
3CaCl211
4Glycerol11
5PEG 40012
6Na Cacodylate12
7CaCl212
8Glycerol12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
詳細: Vertically collimating mirror followed by a channel-cut Si(111) crystal monochromator and a double focusing toroidal mirror
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.26→50 Å / Num. obs: 40822 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 10.7 % / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 21.3
反射 シェル解像度: 2.26→2.37 Å / 冗長度: 11.5 % / Mean I/σ(I) obs: 7.2 / Rsym value: 0.401 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1XCB

1xcb


解像度: 2.26→20 Å / 交差検証法: MAXIMUM LIKELIHOOD / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.268 3315 -Random
Rwork0.234 ---
all0.234 33165 --
obs0.234 33165 98.6 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.26→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3166 896 44 378 4484
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.48
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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