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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ikk | ||||||
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タイトル | Crystal structure analysis of msp domain | ||||||
![]() | Vesicle-associated membrane protein-associated protein B/C | ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / VAPB MSP / Alternative splicing / Amyotrophic lateral sclerosis / Cell membrane / Coiled coil / Disease mutation / Host-virus interaction / Membrane / Neurodegeneration / Phosphoprotein / Transmembrane | ||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation by virus of viral protein levels in host cell / endoplasmic reticulum membrane organization / FFAT motif binding / endoplasmic reticulum-plasma membrane tethering / modulation by host of viral RNA genome replication / suppression of viral release by host / COPII-coated vesicle budding / negative regulation by host of viral genome replication / positive regulation by host of viral genome replication / Sphingolipid de novo biosynthesis ...negative regulation by virus of viral protein levels in host cell / endoplasmic reticulum membrane organization / FFAT motif binding / endoplasmic reticulum-plasma membrane tethering / modulation by host of viral RNA genome replication / suppression of viral release by host / COPII-coated vesicle budding / negative regulation by host of viral genome replication / positive regulation by host of viral genome replication / Sphingolipid de novo biosynthesis / cholesterol transport / endoplasmic reticulum organization / RHOD GTPase cycle / beta-tubulin binding / IRE1-mediated unfolded protein response / RHOC GTPase cycle / viral release from host cell / RHOG GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / positive regulation of viral genome replication / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / endoplasmic reticulum unfolded protein response / intracellular calcium ion homeostasis / microtubule binding / cadherin binding / protein heterodimerization activity / endoplasmic reticulum membrane / Golgi apparatus / enzyme binding / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Shi, J. / Lua, S. / Song, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Elimination of the native structure and solubility of the hVAPB MSP domain by the Pro56Ser mutation that causes amyotrophic lateral sclerosis. 著者: Shi, J. / Lua, S. / Tong, J.S. / Song, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 63.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 46.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 431.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 447.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1z9lS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14360.489 Da / 分子数: 2 / 断片: VAPB msp domain, UNP residues 1-125 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.13 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 200mM Ammonium acetate, 25% PEG3350, 0.1M Tril-HCl, pH7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
Reflection twin | Operator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.137 |
反射 | 解像度: 2.5→72 Å / Num. all: 9306 / Num. obs: 9305 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 17.41 % / Biso Wilson estimate: 25.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.3024 / Rsym value: 0.104 / Net I/σ(I): 8.64 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 14.99 % / Rmerge(I) obs: 0.8953 / Mean I/σ(I) obs: 1.29 / Num. unique all: 927 / Rsym value: 0.776 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1Z9L 解像度: 2.5→41.576 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.12 / 位相誤差: 31.21 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 35.517 Å2 / ksol: 0.369 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→41.576 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7
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