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- PDB-3ik2: Crystal Structure of a Glycoside Hydrolase Family 44 Endoglucanas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ik2
タイトルCrystal Structure of a Glycoside Hydrolase Family 44 Endoglucanase produced by Clostridium acetobutylium ATCC 824
要素Endoglucanase A
キーワードHYDROLASE / TIM-like barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


polysaccharide catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 44 / Glycoside hydrolase family 44 / Dockerin domain / Dockerin domain profile. / Dockerin type I domain / Dockerin type I repeat / Dockerin domain superfamily / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / EF-Hand 1, calcium-binding site ...Glycoside hydrolase, family 44 / Glycoside hydrolase family 44 / Dockerin domain / Dockerin domain profile. / Dockerin type I domain / Dockerin type I repeat / Dockerin domain superfamily / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Endoglucanase A (Endo-1,4-beta-glucanase) (Cellulase A), secreted dockerin domain
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium acetobutylicum (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Warner, C.D. / Hoy, J.A. / Ford, C.F. / Honzatko, R.B. / Reilly, P.J.
引用ジャーナル: Appl.Environ.Microbiol. / 年: 2010
タイトル: Tertiary structure and characterization of a glycoside hydrolase family 44 endoglucanase from Clostridium acetobutylicum.
著者: Warner, C.D. / Hoy, J.A. / Shilling, T.C. / Linnen, M.J. / Ginder, N.D. / Ford, C.F. / Honzatko, R.B. / Reilly, P.J.
履歴
登録2009年8月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endoglucanase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,89117
ポリマ－57,6541
非ポリマー1,23716
水11,476637
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.078, 87.285, 103.288
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Endoglucanase A / Endo-1 / 4-beta-glucanase / Cellulase A


分子量: 57653.953 Da / 分子数: 1
断片: UNP RESIDUES 34-541(Fragment excluding signal peptide & dockerin domain)
由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Gene synthesized by Megabase (Lincoln, NE)
由来: (組換発現) Clostridium acetobutylicum (バクテリア)
株: ATCC 824 / 遺伝子: CAC0915, CA_C0915 / プラスミド: pET-22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q977Y3

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非ポリマー , 6種, 653分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 637 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.51 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M NaOAc, 10% (w/v) PEG 3,350, pH 5.4, vapor diffusion, hanging drop, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年11月28日
放射モノクロメーター: Tuned to copper / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→66.67 Å / Num. all: 25388 / Num. obs: 25388 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 5 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.87 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I): 11.4 / Scaling rejects: 935
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 4.19 % / Rmerge(I) obs: 0.209 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. measured all: 9990 / Num. unique all: 2363 / Χ2: 1.34 / % possible all: 94.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.7Lデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
CrystalClearデータ収集
d*TREKデータ削減
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2E4T.pdb

2e4t


解像度: 2.2→66.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.883 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 5.814 / SU ML: 0.151 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 5 / σ(I): 2 / ESU R: 0.326 / ESU R Free: 0.236 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 1260 5 %RANDOM
Rwork0.151 ---
all0.166 25388 --
obs0.155 25324 99.27 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 243.86 Å2 / Biso mean: 13.764 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.4 Å20 Å20 Å2
2--0.95 Å20 Å2
3---0.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→66.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4019 0 77 637 4733
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0224187
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4461.9395678
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4045511
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.77325.644202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.82615646
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.953158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.2588
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023284
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.22225
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.22833
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1760.2671
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1150.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2620.294
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2050.265
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7061.52619
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.17224103
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.99931855
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9324.51575
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 82 -
Rwork0.164 1634 -
all-1716 -
obs--92.21 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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