[日本語] English
万見
- PDB-3ijt: Structural Characterization of SMU.440, a Hypothetical Protein fr... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ijt
タイトルStructural Characterization of SMU.440, a Hypothetical Protein from Streptococcus mutans
要素Putative uncharacterized protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / HYPOTHETICAL PROTEIN
機能・相同性START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Polyketide cyclase
機能・相同性情報
生物種Streptococcus mutans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.377 Å
データ登録者Nan, J. / Brostromer, E. / Kristensen, O. / Su, X.-D.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2009
タイトル: Bioinformatics and structural characterization of a hypothetical protein from Streptococcus mutans: implication of antibiotic resistance
著者: Nan, J. / Brostromer, E. / Liu, X.-Y. / Kristensen, O. / Su, X.-D.
履歴
登録2009年8月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
置き換え2009年8月25日ID: 2B79
改定 1.02009年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年5月23日Group: Advisory / Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32024年3月20日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein
B: Putative uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8532
ポリマ－34,8532
非ポリマー00
水1,62190
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1890 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area13770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.400, 99.680, 45.290
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein / SMU.440


分子量: 17426.500 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus mutans (バクテリア)
株: UA159 / 遺伝子: SMU.440 / プラスミド: pET28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8DVN6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
13.0259.33
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2891蒸気拡散法, ハンギングドロップ法725% PEG 3350, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M Tris-HCl pH7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
2892蒸気拡散法, ハンギングドロップ法725% PEG 3350, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M Tris-HCl pH7.0, 2.0mM ethylmercury thiosalicylate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 1.095 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月4日
放射モノクロメーター: asymmetrically cut Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.095 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.377→34.078 Å / Num. obs: 17129 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 50.51 Å2 / Rsym value: 0.038 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 2.377→2.47 Å / 冗長度: 2.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 1662 / Rsym value: 0.308 / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.377→34.078 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.791 / SU ML: 1.61 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 0.07 / 位相誤差: 27.2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2536 826 5.03 %RANDOM
Rwork0.2108 15593 --
obs0.213 16419 92.93 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 52.054 Å2 / ksol: 0.322 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 115.14 Å2 / Biso mean: 55.625 Å2 / Biso min: 33.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.7652 Å20 Å20 Å2
2--4.0048 Å20 Å2
3---4.7604 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.377→34.078 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2265 0 0 90 2355
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062313
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.933127
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065346
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004406
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.276843
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3767-2.52560.33341240.26662364X-RAY DIFFRACTION86
2.5256-2.72050.33141380.25212488X-RAY DIFFRACTION91
2.7205-2.99410.37741300.25262630X-RAY DIFFRACTION95
2.9941-3.42710.27741420.24242678X-RAY DIFFRACTION96
3.4271-4.31640.22641480.18942715X-RAY DIFFRACTION97
4.3164-34.08140.20931440.18572718X-RAY DIFFRACTION92

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る