[日本語] English
万見
- PDB-3ijs: Structure of S67-27 in Complex with TSBP -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ijs
タイトルStructure of S67-27 in Complex with TSBP
要素
  • Immunoglobulin heavy chain (IGG3)
  • Immunoglobulin light chain (IGG3)
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody / Kdo / Chlamydia / LPS / Fab / carbohydrate
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Brooks, C.L. / Blackler, R.J. / Evans, S.V.
引用ジャーナル: Glycobiology / 年: 2010
タイトル: The role of CDR H3 in antibody recognition of a synthetic analog of a lipopolysaccharide antigen.
著者: Brooks, C.L. / Blackler, R.J. / Sixta, G. / Kosma, P. / Muller-Loennies, S. / Brade, L. / Hirama, T. / Mackenzie, C.R. / Brade, H. / Evans, S.V.
履歴
登録2009年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_atom_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Immunoglobulin light chain (IGG3)
B: Immunoglobulin heavy chain (IGG3)
C: Immunoglobulin light chain (IGG3)
D: Immunoglobulin heavy chain (IGG3)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,8978
ポリマ－97,4494
非ポリマー1,4484
水8,107450
1
A: Immunoglobulin light chain (IGG3)
B: Immunoglobulin heavy chain (IGG3)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4484
ポリマ－48,7242
非ポリマー7242
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4620 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area19410 Å2
手法PISA
2
C: Immunoglobulin light chain (IGG3)
D: Immunoglobulin heavy chain (IGG3)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4484
ポリマ－48,7242
非ポリマー7242
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4490 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area19560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.320, 127.910, 156.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: 抗体 Immunoglobulin light chain (IGG3)


分子量: 24193.826 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ascites / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/c
#2: 抗体 Immunoglobulin heavy chain (IGG3)


分子量: 24530.635 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ascites / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/c
#3: 多糖 3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-4)-3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic ...3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-4)-3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-6)-2-amino-2-deoxy-4-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 699.505 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1a_1-5_2*N_4*OPO/3O/3=O][Aad1122h-2a_2-6]/1-2-2/a6-b2_b4-c2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpN]{[(4+0)][P]{}[(6+2)][a-D-Kdop]{[(4+2)][a-D-Kdop]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 450 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.28 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 4000, MgCl2, pH 8.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年6月18日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→19.93 Å / Num. obs: 30835 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.59 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obs% possible all
2.55-2.643.680.273.699.2
2.64-2.753.650.2353.899.3
2.75-2.873.660.1934.599.3
2.87-3.023.660.1515.899.1
3.02-3.213.60.1197.199.1
3.21-3.463.610.091998.8
3.46-3.83.590.07410.898.8
3.8-4.353.50.05813.198.8
4.35-5.463.510.04815.798.3
5.46-19.933.50.051599.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.7 W8RSSIdata processing
PHENIX1.4_4精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
CrystalClearデータ収集
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3IJH

3ijh


解像度: 2.55→19.929 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.28 / SU ML: 2.13 / σ(F): 0.03 / 位相誤差: 27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2605 1495 5.03 %
Rwork0.2166 --
obs0.2188 29719 95.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 24.176 Å2 / ksol: 0.324 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 30.419 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.235 Å2-0 Å20 Å2
2---6.197 Å20 Å2
3----0.039 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→19.929 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6747 0 94 450 7291
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0037008
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6429536
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8042499
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0421085
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031193
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.55-2.63210.34621120.28932513X-RAY DIFFRACTION94
2.6321-2.7260.32431400.27372523X-RAY DIFFRACTION94
2.726-2.83480.36031350.27292442X-RAY DIFFRACTION95
2.8348-2.96350.30391420.25562517X-RAY DIFFRACTION95
2.9635-3.11920.29061440.24862528X-RAY DIFFRACTION95
3.1192-3.31380.29851270.23442560X-RAY DIFFRACTION95
3.3138-3.56830.23041410.2082535X-RAY DIFFRACTION95
3.5683-3.92490.22971380.19792556X-RAY DIFFRACTION96
3.9249-4.48720.2011370.16932618X-RAY DIFFRACTION96
4.4872-5.63210.21311390.15542644X-RAY DIFFRACTION96
5.6321-19.92930.21771400.18892788X-RAY DIFFRACTION97

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る