[日本語] English
万見
- PDB-3ije: Crystal structure of the complete integrin alhaVbeta3 ectodomain ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ije
タイトルCrystal structure of the complete integrin alhaVbeta3 ectodomain plus an Alpha/beta transmembrane fragment
要素
  • Integrin alpha-V
  • Integrin beta-3
キーワードPROTEIN BINDING / Integrin structure / activation / EGF domains / FLIM / cell signaling / Cell adhesion / Cleavage on pair of basic residues / Disulfide bond / Glycoprotein / Host-virus interaction / Integrin / Membrane / Receptor / Transmembrane / Disease mutation / Phosphoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


integrin alphav-beta6 complex / integrin alphav-beta8 complex / transforming growth factor beta production / negative regulation of entry of bacterium into host cell / integrin alphav-beta5 complex / : / opsonin binding / integrin alphav-beta1 complex / Cross-presentation of particulate exogenous antigens (phagosomes) / extracellular matrix protein binding ...integrin alphav-beta6 complex / integrin alphav-beta8 complex / transforming growth factor beta production / negative regulation of entry of bacterium into host cell / integrin alphav-beta5 complex / : / opsonin binding / integrin alphav-beta1 complex / Cross-presentation of particulate exogenous antigens (phagosomes) / extracellular matrix protein binding / tube development / regulation of serotonin uptake / positive regulation of adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / alpha9-beta1 integrin-ADAM8 complex / regulation of trophoblast cell migration / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / alphav-beta3 integrin-vitronectin complex / regulation of extracellular matrix organization / Laminin interactions / platelet alpha granule membrane / positive regulation of glomerular mesangial cell proliferation / integrin alphav-beta3 complex / negative regulation of lipoprotein metabolic process / alphav-beta3 integrin-PKCalpha complex / entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / fibrinogen binding / maintenance of postsynaptic specialization structure / alphav-beta3 integrin-HMGB1 complex / blood coagulation, fibrin clot formation / negative regulation of lipid transport / vascular endothelial growth factor receptor 2 binding / glycinergic synapse / negative regulation of low-density lipoprotein receptor activity / angiogenesis involved in wound healing / regulation of phagocytosis / Elastic fibre formation / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / mesodermal cell differentiation / cell-substrate junction assembly / alphav-beta3 integrin-IGF-1-IGF1R complex / transforming growth factor beta binding / platelet-derived growth factor receptor binding / filopodium membrane / positive regulation of small GTPase mediated signal transduction / extracellular matrix binding / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / positive regulation of fibroblast migration / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / apolipoprotein A-I-mediated signaling pathway / regulation of bone resorption / apoptotic cell clearance / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / wound healing, spreading of epidermal cells / heterotypic cell-cell adhesion / integrin complex / Molecules associated with elastic fibres / positive regulation of intracellular signal transduction / positive regulation of cell-matrix adhesion / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / smooth muscle cell migration / microvillus membrane / negative chemotaxis / cell adhesion mediated by integrin / Syndecan interactions / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / activation of protein kinase activity / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / cell-substrate adhesion / protein disulfide isomerase activity / positive regulation of smooth muscle cell migration / endodermal cell differentiation / positive regulation of osteoblast proliferation / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / PECAM1 interactions / lamellipodium membrane / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of lipid storage / fibronectin binding / positive regulation of cell adhesion / ECM proteoglycans / voltage-gated calcium channel activity / positive regulation of T cell migration / positive regulation of bone resorption / vasculogenesis / Integrin cell surface interactions / coreceptor activity / specific granule membrane / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / cell adhesion molecule binding / positive regulation of endothelial cell proliferation / ERK1 and ERK2 cascade / embryo implantation / phagocytic vesicle / positive regulation of endothelial cell migration / Integrin signaling / substrate adhesion-dependent cell spreading
類似検索 - 分子機能
Hormone receptor fold - #30 / ntegrin, alpha v. Chain A, domain 4 / Integrin domains. Chain A, domain 2 / Hormone receptor fold / ntegrin, alpha v. Chain A, domain 3 / Integrin alpha, N-terminal / Integrin beta, epidermal growth factor-like domain 1 / Integrin beta epidermal growth factor like domain 1 / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain ...Hormone receptor fold - #30 / ntegrin, alpha v. Chain A, domain 4 / Integrin domains. Chain A, domain 2 / Hormone receptor fold / ntegrin, alpha v. Chain A, domain 3 / Integrin alpha, N-terminal / Integrin beta, epidermal growth factor-like domain 1 / Integrin beta epidermal growth factor like domain 1 / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / : / Integrin alpha Ig-like domain 3 / Integrin beta tail domain / Integrin beta subunit, tail / Integrin beta tail domain superfamily / Integrin_B_tail / Integrin beta subunit, VWA domain / Integrin beta subunit / Integrin beta N-terminal / Integrin beta chain VWA domain / Integrin plexin domain / Integrins beta chain cysteine-rich domain signature. / Integrin beta subunits (N-terminal portion of extracellular region) / Integrin alpha cytoplasmic region / EGF-like domain, extracellular / EGF-like domain / von Willebrand factor, type A domain / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / Integrins alpha chain signature. / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin alpha, N-terminal / Integrin domain superfamily / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / Laminin / Laminin / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / von Willebrand factor A-like domain superfamily / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / Ribbon / Few Secondary Structures / Irregular / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Integrin beta-3 / Integrin alpha-V
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Xiong, J.-P. / Mahalingham, B. / Rui, X. / Hyman, B.T. / Goodman, S.L. / Arnaout, M.A.
引用ジャーナル: J.Cell Biol. / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of the complete integrin alphaVbeta3 ectodomain plus an alpha/beta transmembrane fragment.
著者: Xiong, J.P. / Mahalingham, B. / Alonso, J.L. / Borrelli, L.A. / Rui, X. / Anand, S. / Hyman, B.T. / Rysiok, T. / Muller-Pompalla, D. / Goodman, S.L. / Arnaout, M.A.
履歴
登録2009年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Advisory / Structure summary / カテゴリ: audit_author / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _audit_author.name / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.name ..._software.classification / _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Integrin alpha-V
B: Integrin beta-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)190,86923
ポリマ－183,8192
非ポリマー7,05021
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13520 Å2
ΔGint59 kcal/mol
Surface area76530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.870, 129.870, 305.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
詳細The asymmetric unit contains one biological unit

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Integrin alpha-V / Vitronectin receptor subunit alpha / Integrin alpha-V heavy chain / Integrin alpha-V light chain


分子量: 106970.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Protein purified from Hi-5 supernatant / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AlphaV / プラスミド: 1TM-aVb3 pacUW31
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Hi-5 / 参照: UniProt: P06756
#2: タンパク質 Integrin beta-3 / Platelet membrane glycoprotein IIIa / GPIIIa


分子量: 76848.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGB3, GP3A
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Hi-5 / 参照: UniProt: P05106

-
糖 , 5種, 15分子

#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-4)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-4)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-4DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e4-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(4+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 1種, 6分子

#8: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.64 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 12% PEG3350, 0.1M Na acetate, 0.8M NaCl, 2.5mM CaCl2, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月8日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 66702 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 8.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
CNS精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1JV2

1jv2


解像度: 2.9→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.869 / SU B: 38.79 / SU ML: 0.338 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.004 / ESU R Free: 0.395 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28482 2917 4.7 %RANDOM
Rwork0.24447 ---
obs0.24637 59083 100 %-
all-59083 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.773 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.45 Å2-0.73 Å20 Å2
2---1.45 Å20 Å2
3---2.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12632 0 455 0 13087
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.02213407
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.029089
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.132.00218230
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8083.00622024
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.41551630
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.5424.908597
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.241152178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.9411570
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.22072
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0214626
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022521
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1980.23183
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1760.29993
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1730.26655
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0920.27519
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1480.2325
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0020.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.130.216
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1230.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1470.252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0990.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2431.58399
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0281.53315
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.455213113
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.7435672
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.4764.55117
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.974 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.492 11 -
Rwork0.467 1983 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.16880.57630.4582.4134-0.43571.4265-0.24380.20830.2143-0.21350.1810.1958-0.13870.0340.06280.0818-0.1693-0.0452-0.11860.012-0.07723.47854.00919.777
219.52286.12723.64592.27030.56081.6609-0.83591.40850.1893-0.40050.503-0.1183-0.10930.44260.33290.5733-0.206-0.34820.32440.1130.4314-41.69347.981-7.694
34.0553-1.01895.7570.4989-0.522518.7879-0.5635-0.47870.30550.2662-0.00160.30090.04310.52160.56520.39390.0183-0.15580.26180.06440.3996-51.80142.81823.445
45.2582-2.60822.25125.0781-2.45516.3786-0.3213-0.4103-0.16810.63970.2154-0.24270.12980.15830.10590.23670.15470.0634-0.0284-0.02350.1184-24.64934.55674.508
513.93941.85964.56213.25240.87064.48170.29660.5277-1.4143-1.1616-0.32820.93380.6362-1.19050.03151.1336-0.1649-0.40130.6137-0.01450.8134-41.8884.6677.474
66.15140.17172.9434.0733-1.36138.0313-0.02640.2655-0.1472-0.2283-0.0721-0.1743-0.25210.1550.09860.4343-0.15310.0768-0.27150.09070.2379-14.0697.72626.97
72.10220.21850.26042.9599-1.20242.67580.1657-0.1981-0.63180.2863-0.0768-0.69560.19730.4592-0.08890.1429-0.0939-0.1062-0.00480.06930.319714.68125.33635.347
824.528-10.57495.718514.0095-4.074331.8880.30571.3705-0.8896-1.1771-0.17580.0373-1.28270.5829-0.12990.9425-0.4388-0.16560.6053-0.04590.5666-40.09710.883-9.364
96.2504-1.7707-0.60284.0759-4.68612.64770.39330.76050.2543-0.3606-0.085-0.29250.4787-1.1569-0.30840.9930.0909-0.33490.5673-0.17891.1048-51.39623.7022.462
109.7307-0.47218.04212.5198-1.81911.7129-0.83440.08141.9876-0.6916-0.43431.4418-0.6359-1.53761.26870.4204-0.0643-0.23570.2423-0.0680.9755-32.428.55122.554
110.1263-0.5125-0.10082.5164.559239.5386-0.6346-0.129-0.27010.26340.0593-0.29192.36570.56690.57530.44450.06360.1260.1708-0.15270.4372-21.32126.4146.727
122.7741-1.30881.66876.2077-0.557410.4742-0.21720.07680.8886-0.11140.3308-0.7417-0.55990.5752-0.11360.30370.16320.08090.03990.0860.6011-10.07913.06967.96
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 438
2X-RAY DIFFRACTION1A4005 - 4007
3X-RAY DIFFRACTION2A439 - 593
4X-RAY DIFFRACTION3A594 - 738
5X-RAY DIFFRACTION3A4008
6X-RAY DIFFRACTION4A739 - 956
7X-RAY DIFFRACTION5B1 - 57
8X-RAY DIFFRACTION6B58 - 109
9X-RAY DIFFRACTION6B353 - 434
10X-RAY DIFFRACTION7B110 - 352
11X-RAY DIFFRACTION7B4002
12X-RAY DIFFRACTION8B435 - 474
13X-RAY DIFFRACTION9B475 - 524
14X-RAY DIFFRACTION10B525 - 562
15X-RAY DIFFRACTION11B563 - 603
16X-RAY DIFFRACTION12B604 - 688

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る