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- PDB-3ijc: Crystal structure of Eed in complex with NDSB-195 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ijc
タイトルCrystal structure of Eed in complex with NDSB-195
要素Polycomb protein EED
キーワードGENE REGULATION / WD40 domain / Alternative initiation / Alternative splicing / Chromatin regulator / Nucleus / Phosphoprotein / Repressor / Transcription / Transcription regulation / WD repeat
機能・相同性
機能・相同性情報


ESC/E(Z) complex / spinal cord development / Transcriptional Regulation by E2F6 / enzyme activator activity / Regulation of PTEN gene transcription / PRC2 methylates histones and DNA / transcription corepressor binding / Defective pyroptosis / PKMTs methylate histone lysines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis ...ESC/E(Z) complex / spinal cord development / Transcriptional Regulation by E2F6 / enzyme activator activity / Regulation of PTEN gene transcription / PRC2 methylates histones and DNA / transcription corepressor binding / Defective pyroptosis / PKMTs methylate histone lysines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / heterochromatin formation / chromosome / Oxidative Stress Induced Senescence / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats ...: / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ETHYL DIMETHYL AMMONIO PROPANE SULFONATE / Polycomb protein EED
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Justin, N. / Sharpe, M.L. / Martin, S. / Taylor, W.R. / De Marco, V. / Gamblin, S.J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2009
タイトル: Role of the polycomb protein EED in the propagation of repressive histone marks.
著者: Margueron, R. / Justin, N. / Ohno, K. / Sharpe, M.L. / Son, J. / Drury, W.J. / Voigt, P. / Martin, S.R. / Taylor, W.R. / De Marco, V. / Pirrotta, V. / Reinberg, D. / Gamblin, S.J.
履歴
登録2009年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月13日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polycomb protein EED
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,3352
ポリマ－42,1401
非ポリマー1951
水4,288238
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.803, 85.337, 91.231
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Polycomb protein EED / hEED / WD protein associating with integrin cytoplasmic tails 1 / WAIT-1


分子量: 42139.922 Da / 分子数: 1 / 断片: Eed residues 77-441 / 変異: M370T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EED / プラスミド: pGEX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O75530
#2: 化合物 ChemComp-NDS / ETHYL DIMETHYL AMMONIO PROPANE SULFONATE


分子量: 195.280 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H17NO3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.93 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 4M Sodium formate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX10.1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
詳細: Vertically collimating premirror, double crystal Si(111) monochromator with sagital focussing, vertical focusing mirror
放射モノクロメーター: Si(111) Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→30 Å / Num. all: 31920 / Num. obs: 31920 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rsym value: 0.091 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.426 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.426 / % possible all: 91

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: SeMet EED structure

解像度: 1.95→27.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 3.69 / SU ML: 0.106 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.159 / ESU R Free: 0.146 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23156 1680 5.1 %RANDOM
Rwork0.19539 ---
all0.19724 31442 --
obs0.19724 31442 98.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.715 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å20 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→27.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2895 0 12 238 3145
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0212979
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.681.934036
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2545355
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.24223.767146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.36915512
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.3691519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1190.2434
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022257
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.21149
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.21923
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1450.2220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1880.261
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1240.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.151.51867
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.78222873
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.73731348
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0874.51163
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 115 -
Rwork0.269 2113 -
obs--90.57 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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