[日本語] English
万見
- PDB-3ij2: Ligand-receptor structure -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ij2
タイトルLigand-receptor structure
要素
  • Beta-nerve growth factor
  • Nerve growth factor receptor (TNFR superfamily, member 16)
キーワードHORMONE/PROTEIN BINDING / Receptor and ligand / Cleavage on pair of basic residues / Disulfide bond / Glycoprotein / Growth factor / Phosphoprotein / Secreted / HORMONE-PROTEIN BINDING COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


TRKA activation by NGF / NFG and proNGF binds to p75NTR / NADE modulates death signalling / Regulated proteolysis of p75NTR / NFG and proNGF binds to p75NTR / NADE modulates death signalling / NGF processing / Axonal growth inhibition (RHOA activation) / Axonal growth stimulation / Axonal growth stimulation ...TRKA activation by NGF / NFG and proNGF binds to p75NTR / NADE modulates death signalling / Regulated proteolysis of p75NTR / NFG and proNGF binds to p75NTR / NADE modulates death signalling / NGF processing / Axonal growth inhibition (RHOA activation) / Axonal growth stimulation / Axonal growth stimulation / Frs2-mediated activation / NRIF signals cell death from the nucleus / NF-kB is activated and signals survival / death receptor activity / detection of temperature stimulus / dorsal aorta development / positive regulation of neurotrophin TRK receptor signaling pathway / p75NTR recruits signalling complexes / PI3K/AKT activation / ARMS-mediated activation / nerve growth factor receptor binding / positive regulation of odontogenesis of dentin-containing tooth / preprotein binding / NRIF signals cell death from the nucleus / p75NTR recruits signalling complexes / negative regulation of hair follicle development / positive regulation of neuron maturation / positive regulation of synaptic transmission, cholinergic / Retrograde neurotrophin signalling / negative regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / NF-kB is activated and signals survival / negative regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / negative regulation of dendritic spine development / metalloendopeptidase inhibitor activity / neurotrophin binding / nerve growth factor signaling pathway / nerve growth factor binding / nerve development / clathrin-coated endocytic vesicle / regulation of neurotransmitter secretion / positive regulation of myelination / positive regulation of collateral sprouting / neurotrophin TRKA receptor binding / peripheral nervous system development / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / positive regulation of neural precursor cell proliferation / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / axon extension / positive regulation of Ras protein signal transduction / regulation of neuron differentiation / negative regulation of mitochondrial depolarization / regulation of reactive oxygen species metabolic process / hair follicle morphogenesis / neuronal cell body membrane / skin development / positive regulation of Rho protein signal transduction / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / intracellular glucose homeostasis / odontogenesis of dentin-containing tooth / neuron projection morphogenesis / skeletal muscle cell differentiation / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / hair follicle development / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / positive regulation of axon extension / Rho protein signal transduction / coreceptor activity / extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of protein ubiquitination / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / sensory perception of pain / dendrite membrane / positive regulation of neuron differentiation / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / axon guidance / negative regulation of angiogenesis / negative regulation of cell migration / positive regulation of apoptotic signaling pathway / central nervous system development / endosome lumen / intracellular protein transport / neuromuscular junction / growth factor activity / circadian regulation of gene expression / circadian rhythm / positive regulation of neuron projection development / positive regulation of miRNA transcription / small GTPase binding / positive regulation of protein localization to nucleus / positive regulation of fibroblast proliferation / cellular response to amyloid-beta / neuron projection development / cell-cell junction / nuclear envelope / glucose homeostasis / regulation of gene expression / negative regulation of neuron projection development
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor receptor 16 / Tumor necrosis factor receptor 16, N-terminal / Nerve growth factor, beta subunit, mammalian / Tumor necrosis factor receptor member 16, transmembrane domain / : / Tumor necrosis factor receptor member 16 trans-membrane domain / Nerve growth factor, beta subunit / Nerve growth factor-related / Nerve growth factor conserved site / Nerve growth factor-like ...Tumour necrosis factor receptor 16 / Tumor necrosis factor receptor 16, N-terminal / Nerve growth factor, beta subunit, mammalian / Tumor necrosis factor receptor member 16, transmembrane domain / : / Tumor necrosis factor receptor member 16 trans-membrane domain / Nerve growth factor, beta subunit / Nerve growth factor-related / Nerve growth factor conserved site / Nerve growth factor-like / Nerve growth factor family / Nerve growth factor family signature. / Nerve growth factor family profile. / Nerve growth factor (NGF or beta-NGF) / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2 / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / Cystine-knot cytokine / Death-like domain superfamily / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-nerve growth factor / Tumor necrosis factor receptor superfamily member 16
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.75 Å
データ登録者Feng, D. / Garcia, K.C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Molecular and structural insight into proNGF engagement of p75NTR and sortilin.
著者: Feng, D. / Kim, T. / Ozkan, E. / Light, M. / Torkin, R. / Teng, K.K. / Hempstead, B.L. / Garcia, K.C.
履歴
登録2009年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42021年10月13日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年11月27日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Beta-nerve growth factor
X: Nerve growth factor receptor (TNFR superfamily, member 16)
B: Beta-nerve growth factor
Y: Nerve growth factor receptor (TNFR superfamily, member 16)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,8654
ポリマ－87,8654
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7280 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area29050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)145.406, 145.406, 114.252
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain X and (resseq 2:142 or resseq 148:160 )
211chain Y and (resseq 2:142 or resseq 148:160 )
112chain A and (resseq 9:117 )
212chain B and (resseq 9:117 )

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Beta-nerve growth factor / Beta-NGF


分子量: 25450.422 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 129-241 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ngf, Ngfb / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P01139
#2: タンパク質 Nerve growth factor receptor (TNFR superfamily, member 16)


分子量: 18482.281 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 30-190 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Ngfr, RP23-67E18.6-001 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P07174
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 69 %

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2
検出器日付: 2007年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 3.75→50 Å / Num. obs: 14644

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.4_153精密化
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.75→47.595 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.1 / SU ML: 0.3 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.84 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2739 737 5.04 %
Rwork0.2556 --
obs0.2565 14620 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 117.111 Å2 / ksol: 0.309 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 167.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-20.87 Å20 Å2-0 Å2
2--20.87 Å20 Å2
3----41.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.75→47.595 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4092 0 0 0 4092
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0134198
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5685666
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.5511468
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.088644
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005748
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11X1119X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12Y1119X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.055
21A854X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22B854X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.155
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.7503-4.03970.31371700.30132711X-RAY DIFFRACTION100
4.0397-4.4460.26021590.2562719X-RAY DIFFRACTION100
4.446-5.08870.28111350.22212753X-RAY DIFFRACTION100
5.0887-6.40880.26491310.23542814X-RAY DIFFRACTION100
6.4088-47.59910.2611420.25892886X-RAY DIFFRACTION100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る