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- PDB-3iim: The structure of hCINAP-dADP complex at 2.0 angstroms resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3iim
タイトルThe structure of hCINAP-dADP complex at 2.0 angstroms resolution
要素Coilin-interacting nuclear ATPase protein
キーワードPROTEIN BINDING / TRANSFERASE / Alpha and beta proteins (a/b) / phosphotransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside monophosphate kinase activity / adenylate kinase / AMP kinase activity / nucleobase-containing small molecule interconversion / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / Cajal body / rRNA processing / ribosomal small subunit biogenesis / nuclear speck / centrosome ...nucleoside monophosphate kinase activity / adenylate kinase / AMP kinase activity / nucleobase-containing small molecule interconversion / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / Cajal body / rRNA processing / ribosomal small subunit biogenesis / nuclear speck / centrosome / ATP hydrolysis activity / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Adenylate kinase isoenzyme 6 / AAA domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / (2S,3S)-1,4-DIMERCAPTOBUTANE-2,3-DIOL / Adenylate kinase isoenzyme 6 / Adenylate kinase isoenzyme 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Zographos, S.E. / Drakou, C.E. / Leonidas, D.D.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2012
タイトル: hCINAP is an atypical mammalian nuclear adenylate kinase with an ATPase motif: Structural and functional studies.
著者: Drakou, C.E. / Malekkou, A. / Hayes, J.M. / Lederer, C.W. / Leonidas, D.D. / Oikonomakos, N.G. / Lamond, A.I. / Santama, N. / Zographos, S.E.
履歴
登録2009年8月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年10月5日Group: Advisory / Database references
改定 1.32011年11月23日Group: Database references
改定 1.42012年1月18日Group: Database references
改定 1.52023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coilin-interacting nuclear ATPase protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0558
ポリマ－20,8671
非ポリマー1,1887
水3,693205
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.276, 99.276, 57.969
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Coilin-interacting nuclear ATPase protein / Coilin-interacting nulcear ATPase protein / TAF9 RNA polymerase II / TATA box binding protein (TBP)- ...Coilin-interacting nulcear ATPase protein / TAF9 RNA polymerase II / TATA box binding protein (TBP)-associated factor / 32kDa / isoform CRA_b / human adenylate kinase 6


分子量: 20867.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CINAP, TAF9, hCG_37060 / プラスミド: pGEX-6P-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3)pLysS
参照: UniProt: Q5F2S9, UniProt: Q9Y3D8*PLUS, adenylate kinase

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非ポリマー , 5種, 212分子

#2: 化合物 ChemComp-DTV / (2S,3S)-1,4-DIMERCAPTOBUTANE-2,3-DIOL / D-DTT


分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-DAT / 2'-DEOXYADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / DADP / dADP


分子量: 411.202 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O9P2
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 1.5 M Li2SO4, 0.2 M NaCl, 0.5 mM DTT, 25 mM MgCl2, 2 mM dADP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX10.1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月1日 / 詳細: Rh Coated mirrors
放射モノクロメーター: double crystal monochromator with sagittal focussing
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→25.03 Å / Num. all: 22195 / Num. obs: 22173 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 31.9 Å2 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 17.8
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 6.2 % / Mean I/σ(I) obs: 4.82 / Rsym value: 0.47 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1RKB

1rkb


解像度: 2→25.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 5.262 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.124 / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19647 1134 5.1 %RANDOM
Rwork0.17435 ---
all0.17553 22173 --
obs0.17553 21033 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.442 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20.01 Å20 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3----0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→25.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1434 0 69 205 1708
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0221555
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.162.0122121
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7855181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.38825.71484
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.63115265
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.083157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2226
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0211174
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5231.5880
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.0121434
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6033675
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6794.5684
LS精密化 シェル解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.213 85 -
Rwork0.195 1548 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1972-1.0956-3.50376.47892.78536.2109-0.23630.0022-0.8925-0.13580.2114-0.67451.26730.26540.02490.58660.1269-0.27070.1365-0.08520.6781-7.8458-45.695310.0072
20.9485-0.04070.39241.0564-0.3581.00570.02370.03720.0097-0.1131-0.0658-0.1041-0.01370.03110.04210.12250.01280.01230.1367-0.01020.1275-19.8119-29.3489-1.2255
34.44361.26731.09981.0184-0.05850.79950.04260.0793-0.0705-0.2121-0.0433-0.19430.03640.14780.00070.13880.03540.04490.149-0.01930.1473-13.6623-35.5832-3.5491
49.94650.57870.00351.61580.86865.5656-0.09540.41360.3763-0.19140.12960.14890.01640.0486-0.03420.17140.0353-0.02720.1243-0.04940.1231-28.4163-43.087-10.9494
57.5971-3.2935-5.40495.95215.77446.44940.49390.74262.0444-1.4496-0.10040.3194-1.2453-0.4819-0.39350.44970.1015-0.28810.20560.16640.8946-38.6471-33.4272-12.5799
66.1816-0.67653.4323.72290.17845.69080.2161-0.0754-0.5394-0.0226-0.21390.04330.3922-0.2567-0.00220.1576-0.0205-0.00070.0936-0.01360.1451-26.2229-45.62160.9804
70.76420.04450.23671.21830.15830.78560.038-0.0561-0.0357-0.0146-0.040.08860.0731-0.11790.00190.11550.01030.00160.1425-0.00270.1183-23.8607-33.51973.6822
83.5439-1.48882.46936.34771.61973.63480.08510.29990.1138-0.6607-0.1941-0.0622-0.12290.23320.1090.17750.02750.02190.12460.02820.1386-24.0791-16.0065-11.1694
99.9578-1.4475.62438.9158-1.65155.01760.26710.5663-0.3725-1.3627-0.02860.70850.2911-0.3071-0.23840.33710.0577-0.0860.2757-0.01980.0681-31.2056-22.1422-16.3547
103.2803-1.5507-0.27713.5458-2.88224.94530.02720.12430.0765-0.18910.02830.16550.1724-0.1095-0.05550.11910.0203-0.0280.105-0.00990.1819-32.3102-19.9237-4.2141
113.01020.5329-0.31822.5383-0.5612.09740.001-0.15490.2180.1612-0.0815-0.0781-0.2120.0050.08050.15570.0164-0.01740.131-0.03180.1354-20.0709-23.32915.2249
122.62830.1377-0.72944.1904-2.30934.11440.0362-0.22180.08450.2977-0.0397-0.1114-0.12580.07620.00350.1089-0.0002-0.01520.1814-0.01190.1496-8.6443-32.752911.5801
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-1 - 3
2X-RAY DIFFRACTION2A4 - 20
3X-RAY DIFFRACTION3A21 - 36
4X-RAY DIFFRACTION4A37 - 45
5X-RAY DIFFRACTION5A46 - 56
6X-RAY DIFFRACTION6A57 - 71
7X-RAY DIFFRACTION7A72 - 97
8X-RAY DIFFRACTION8A98 - 108
9X-RAY DIFFRACTION9A109 - 114
10X-RAY DIFFRACTION10A115 - 129
11X-RAY DIFFRACTION11A130 - 155
12X-RAY DIFFRACTION12A156 - 172

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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