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万見
- PDB-3ii5: The Complex of wild-type B-RAF with Pyrazolo pyrimidine inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ii5
タイトルThe Complex of wild-type B-RAF with Pyrazolo pyrimidine inhibitor
要素B-Raf proto-oncogene serine/threonine-protein kinase
キーワードTRANSFERASE / B-Raf / Kinase / protein-inhibitor complex / Acetylation / ATP-binding / Cardiomyopathy / Cytoplasm / Disease mutation / Metal-binding / Nucleotide-binding / Phorbol-ester binding / Phosphoprotein / Polymorphism / Proto-oncogene / Serine/threonine-protein kinase / Zinc / Zinc-finger
機能・相同性
機能・相同性情報


CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / CD4-positive or CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / Signalling to p38 via RIT and RIN / myeloid progenitor cell differentiation / head morphogenesis / ARMS-mediated activation / endothelial cell apoptotic process / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling ...CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / CD4-positive or CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / Signalling to p38 via RIT and RIN / myeloid progenitor cell differentiation / head morphogenesis / ARMS-mediated activation / endothelial cell apoptotic process / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / negative regulation of fibroblast migration / positive regulation of D-glucose transmembrane transport / establishment of protein localization to membrane / positive regulation of axonogenesis / regulation of T cell differentiation / mitogen-activated protein kinase kinase binding / Negative feedback regulation of MAPK pathway / Frs2-mediated activation / positive regulation of axon regeneration / stress fiber assembly / face development / MAP kinase kinase activity / synaptic vesicle exocytosis / thyroid gland development / somatic stem cell population maintenance / MAP kinase kinase kinase activity / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / response to cAMP / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / positive regulation of stress fiber assembly / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / ERK1 and ERK2 cascade / substrate adhesion-dependent cell spreading / cellular response to calcium ion / thymus development / animal organ morphogenesis / RAF activation / cellular response to nerve growth factor stimulus / Spry regulation of FGF signaling / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / visual learning / response to peptide hormone / centriolar satellite / long-term synaptic potentiation / epidermal growth factor receptor signaling pathway / Signaling by RAF1 mutants / Negative regulation of MAPK pathway / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / MAPK cascade / cellular response to xenobiotic stimulus / presynapse / T cell receptor signaling pathway / regulation of cell population proliferation / T cell differentiation in thymus / cell body / scaffold protein binding / negative regulation of neuron apoptotic process / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / non-specific serine/threonine protein kinase / postsynapse / protein kinase activity / neuron projection / ciliary basal body / cilium / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / intracellular membrane-bounded organelle / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / glutamatergic synapse / mitochondrion / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / : / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) ...Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / : / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Ubiquitin-like domain superfamily / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-831 / PHOSPHATE ION / Serine/threonine-protein kinase B-raf
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.79 Å
データ登録者Xu, W. / Breger, D. / Torres, N. / Dutia, M. / Powell, D. / Ciszewski, G.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2009
タイトル: Non-hinge-binding pyrazolo[1,5-a]pyrimidines as potent B-Raf kinase inhibitors.
著者: Berger, D.M. / Torres, N. / Dutia, M. / Powell, D. / Ciszewski, G. / Gopalsamy, A. / Levin, J.I. / Kim, K.H. / Xu, W. / Wilhelm, J. / Hu, Y. / Collins, K. / Feldberg, L. / Kim, S. / Frommer, ...著者: Berger, D.M. / Torres, N. / Dutia, M. / Powell, D. / Ciszewski, G. / Gopalsamy, A. / Levin, J.I. / Kim, K.H. / Xu, W. / Wilhelm, J. / Hu, Y. / Collins, K. / Feldberg, L. / Kim, S. / Frommer, E. / Wojciechowicz, D. / Mallon, R.
履歴
登録2009年7月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: B-Raf proto-oncogene serine/threonine-protein kinase
B: B-Raf proto-oncogene serine/threonine-protein kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,5426
ポリマ－70,3212
非ポリマー1,2214
水37821
1
A: B-Raf proto-oncogene serine/threonine-protein kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8664
ポリマ－35,1611
非ポリマー7053
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: B-Raf proto-oncogene serine/threonine-protein kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6762
ポリマ－35,1611
非ポリマー5161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2930 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area24160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.219, 110.219, 148.468
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 B-Raf proto-oncogene serine/threonine-protein kinase / p94 / v-Raf murine sarcoma viral oncogene homolog B1


分子量: 35160.582 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 432-726 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRAF, BRAF1, RAFB1
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P15056, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-831 / N-[3-(3-{4-[(dimethylamino)methyl]phenyl}pyrazolo[1,5-a]pyrimidin-7-yl)phenyl]-3-(trifluoromethyl)benzamide


分子量: 515.529 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H24F3N5O
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.7 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M Tris-HCl, pH 8.0, 18% PEG8k,100mM KH2PO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 143 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.79→31.55 Å / Num. all: 23280 / Num. obs: 21935 / % possible obs: 94.22 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.152
反射 シェル解像度: 2.79→2.9 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.515 / Mean I/σ(I) obs: 1.35 / % possible all: 67.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
AMoRE位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.79→31.55 Å / SU ML: 0.4 / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2505 1128 5.14 %
Rwork0.2068 --
obs0.209 21935 94.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 24.54 Å2 / ksol: 0.327 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.79→31.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4132 0 86 21 4239
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054314
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9235836
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.6821620
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06634
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003734
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.79-2.92180.3331090.29791858X-RAY DIFFRACTION70
2.9218-3.07580.32011390.27232389X-RAY DIFFRACTION88
3.0758-3.26830.30581450.24462597X-RAY DIFFRACTION96
3.2683-3.52030.2481410.21742706X-RAY DIFFRACTION99
3.5203-3.8740.26371520.18972724X-RAY DIFFRACTION100
3.874-4.43330.21841480.17192773X-RAY DIFFRACTION100
4.4333-5.58040.19671490.16972808X-RAY DIFFRACTION100
5.5804-31.55180.24771450.20122952X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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