PDB-3ii0: Crystal structure of human Glutamate oxaloacetate transaminase 1 ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ii0

タイトル

Crystal structure of human Glutamate oxaloacetate transaminase 1 (GOT1)

要素

Aspartate aminotransferase, cytoplasmic

キーワード

TRANSFERASE / Glutamate oxaloacetate transaminase 1 / aspartate aminotransferase 1 / pyridoxal phosphate-dependent enzyme / amino acid metabolism / urea and tricarboxylic acid cycles / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / Aminotransferase / Phosphoprotein / Pyridoxal phosphate

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphatidylserine decarboxylase activity / glutamate catabolic process to aspartate / glutamate catabolic process to 2-oxoglutarate / cysteine transaminase / L-cysteine transaminase activity / Methionine salvage pathway / glycerol biosynthetic process / aspartate metabolic process / aspartate biosynthetic process / Aspartate and asparagine metabolism ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Ugochukwu, E. / Pilka, E. / Cooper, C. / Bray, J.E. / Yue, W.W. / Muniz, J. / Chaikuad, A. / von Delft, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of human Glutamate oxaloacetate transaminase 1 (GOT1)
著者: Ugochukwu, E. / Pilka, E. / Cooper, C. / Bray, J.E. / Yue, W.W. / Muniz, J. / Chaikuad, A. / Kavanagh, K.L. / Oppermann, U.

履歴

登録	2009年7月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年8月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ii0.cif.gz	344.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ii0.ent.gz	278.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ii0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3ii0_validation.pdf.gz	512.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ii0_full_validation.pdf.gz	529 KB	表示
XML形式データ	3ii0_validation.xml.gz	65.9 KB	表示
CIF形式データ	3ii0_validation.cif.gz	93.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ii/3ii0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ii/3ii0	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1ajsS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6r05-d 2rfv-d 4dzw-d 2qb7-1 5qpl-d 5qqa-d 5qq1-d 6sdn-d 5qq5-d 6hfv-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1) #198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Aspartate aminotransferase, cytoplasmic

B: Aspartate aminotransferase, cytoplasmic

C: Aspartate aminotransferase, cytoplasmic

D: Aspartate aminotransferase, cytoplasmic

ヘテロ分子

193 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Aspartate aminotransferase, cytoplasmic

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
48.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Aspartate aminotransferase, cytoplasmic

ヘテロ分子

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3

C: Aspartate aminotransferase, cytoplasmic

ヘテロ分子

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48.4 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Aspartate aminotransferase, cytoplasmic

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
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5

A: Aspartate aminotransferase, cytoplasmic

D: Aspartate aminotransferase, cytoplasmic

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
96.7 kDa, 2 ポリマー
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6

B: Aspartate aminotransferase, cytoplasmic

C: Aspartate aminotransferase, cytoplasmic

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
96.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	78.531, 107.347, 239.997
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	C
2	2	D
1	3	A
2	3	B
1	4	C
2	4	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	5	A	14 - 213
2	1	1	5	B	14 - 213
1	2	1	5	A	215 - 410
2	2	1	5	B	215 - 410
1	1	2	5	C	14 - 213
2	1	2	5	D	14 - 213
1	2	2	5	C	215 - 410
2	2	2	5	D	215 - 410
1	1	3	6	A	411 - 417
2	1	3	6	B	411 - 417
1	1	4	6	C	411 - 417
2	1	4	6	D	411 - 417

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

#1: タンパク質	Aspartate aminotransferase, cytoplasmic / Transaminase A / Glutamate oxaloacetate transaminase 1 分子量: 47755.688 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 14-412 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GOT1 / プラスミド: pNIC-CTHF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3-pRARE2 / 参照: UniProt: P17174, aspartate transaminase
#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P
#3: 化合物	ChemComp-TAR / D(-)-TARTARIC ACID / D-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 733 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.55 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 0 詳細: 0.25M Na_K_tartrate; 15w/v PEG_3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→56.04 Å / Num. obs: 127732 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.108 / R_sym value: 0.108 / Net I/σ(I): 8.7
反射シェル	解像度: 2.05→2.16 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.78 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 74702 / R_sym value: 0.78 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0089	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AJS

1ajs

解像度: 2.05→56.04 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 9.293 / SU ML: 0.114 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.171 / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22316	6417	5 %	RANDOM
R_work	0.18047	-	-	-
all	0.18259	121312	-	-
obs	0.18259	121312	99.82 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.762 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.62 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.7 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→56.04 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12745	0	156	733	13634

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	13312
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	8977
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.444	1.949	18105
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.937	3	21769
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.624	5	1648
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.614	23.756	623
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.419	15	2088
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.796	15	87
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	1965
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	14943
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2820
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.932	1.5	8133
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.33	1.5	3293
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.607	2	13119
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.789	3	5179
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.002	4.5	4973
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	2321	MEDIUM POSITIONAL	0.06	0.5
1	2879	LOOSE POSITIONAL	0.16	5
1	2321	MEDIUM THERMAL	0.57	2
1	2879	LOOSE THERMAL	0.69	10
2	2323	MEDIUM POSITIONAL	0.08	0.5
2	2899	LOOSE POSITIONAL	0.16	5
2	2323	MEDIUM THERMAL	0.59	2
2	2899	LOOSE THERMAL	0.69	10
3	84	LOOSE POSITIONAL	0.57	5
3	84	LOOSE THERMAL	3.23	10
4	81	LOOSE POSITIONAL	0.22	5
4	81	LOOSE THERMAL	1.69	10

LS精密化シェル

解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.329	483	-
R_work	0.287	8782	-
obs	-	-	99.32 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8685	-0.3872	-0.2702	1.2868	0.1982	0.2902	-0.0418	-0.0398	0.0109	0.2009	0.0373	-0.1169	0.0369	0.0374	0.0045	0.1004	0.0622	-0.0043	0.0507	0.0106	0.0153	37.2199	-6.0572	-30.2947
2	2.5121	2.3339	-3.8771	6.618	-7.83	10.0031	-0.1556	-0.5391	-0.0856	0.0471	0.0203	-0.0939	0.0395	0.3439	0.1353	0.1984	-0.0137	0.0905	0.2037	-0.0179	0.0646	53.9761	-14.0687	-60.7858
3	1.0646	-0.326	0.2981	1.1033	-0.1709	0.4445	-0.0763	-0.0642	0.0011	0.1488	0.0425	0.1575	-0.0792	-0.0725	0.0338	0.0594	0.0453	0.0179	0.0421	0.001	0.0313	3.0813	-48.9168	-30.7671
4	1.3309	2.3989	3.5065	4.8137	6.7798	9.6771	-0.0127	-0.073	0.0094	0.2436	-0.0747	0.1207	0.2367	-0.1084	0.0874	0.16	0.0256	-0.0143	0.1831	0.0182	0.1609	-14.442	-41.9148	-62.0321
5	4.4382	2.688	6.5231	7.9112	3.5286	9.6362	0.1034	-0.047	-0.1932	-0.0725	0.1303	-0.0479	0.1853	-0.0523	-0.2336	0.1288	0.0583	0.0387	0.1342	0.0436	0.1548	27.0279	-71.3159	-23.6763
6	0.7324	-0.1339	-0.0074	1.509	0.3634	0.6497	-0.0094	-0.0054	0.0639	-0.0444	0.0132	-0.3017	-0.0204	0.1242	-0.0038	0.0185	0.0157	0.0146	0.0456	0.0198	0.0737	34.1005	-62.1761	-38.0092
7	1.1706	-0.0303	0.2219	1.3924	-0.0708	0.7431	0.0295	-0.0819	0.0386	0.1556	-0.0392	-0.4451	0.0535	0.212	0.0097	0.0539	0.0355	-0.0553	0.0989	0.0007	0.1442	40.3174	-61.9064	-26.5362
8	3.75	4.5195	6.2803	5.4933	7.5808	10.54	-0.2219	-0.002	0.1911	-0.1203	-0.0542	0.1922	-0.2927	0.0606	0.2761	0.3883	-0.0074	-0.0844	0.3289	0.0326	0.2557	42.4318	-87.7292	-16.6056
9	1.7388	0.3695	-3.2646	6.5563	-4.9488	9.1446	0.0005	-0.15	0.1652	0.1247	0.0567	0.0689	-0.15	0.2258	-0.0572	0.1742	0.0063	-0.0667	0.0899	-0.0154	0.3518	13.4112	14.9692	-21.3539
10	0.9188	-0.1715	-0.1888	1.3225	-0.303	0.6538	0.0074	0.074	-0.0859	-0.0162	-0.0322	0.3068	0.0772	-0.1069	0.0248	0.0604	0.0208	0.0192	0.0469	-0.0186	0.0894	5.5842	6.6543	-36.5784
11	1.4541	-0.1139	-0.4228	1.3395	-0.0008	0.7446	0.0353	-0.0552	-0.058	0.2196	-0.0428	0.4001	-0.0413	-0.1477	0.0076	0.1229	0.0371	0.0924	0.0662	0.0011	0.1291	-0.083	7.3888	-24.3127
12	5.7992	-1.1086	-0.2042	1.397	3.2941	8.9942	0.042	-0.7645	-1.1689	0.4541	-0.163	0.2521	1.1509	-0.9008	0.1211	0.4735	0.0219	0.049	0.3211	0.177	0.4081	-0.3394	35.3822	-19.0069

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	15 - 409
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	410 - 418
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	15 - 409
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	410 - 418
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	13 - 17
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	18 - 274
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	275 - 409
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	410 - 418
9	X-RAY DIFFRACTION	9	D	13 - 19
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	20 - 274
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	275 - 411
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	412 - 418

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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