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- PDB-3ihs: Crystal Structure of a Phosphocarrier Protein HPr from Bacillus a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ihs
タイトルCrystal Structure of a Phosphocarrier Protein HPr from Bacillus anthracis str. Ames
要素Phosphocarrier protein HPr
キーワードTRANSPORT PROTEIN / phosphocarrier protein HPr / dimerization domain swap beta strand / IDP01131 / STRUCTURAL GENOMICS / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


Phosphotransferase system, HPr serine phosphorylation site / HPr-like / Phosphocarrier protein HPr-like / HPr-like superfamily / : / PTS HPr component phosphorylation site / PTS HPR domain profile. / Histidine-containing Protein; Chain: A; / PTS HPR domain serine phosphorylation site signature. / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphocarrier protein HPr / Phosphocarrier protein HPr
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.15 Å
データ登録者Brunzelle, J.S. / Anderson, S.M. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of a Phosphocarrier Protein HPr from Bacillus anthracis str. Ames
著者: Brunzelle, J.S. / Anderson, S.M. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2009年7月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphocarrier protein HPr
B: Phosphocarrier protein HPr


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5672
ポリマ－23,5672
非ポリマー00
水3,351186
1
A: Phosphocarrier protein HPr


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7841
ポリマ－11,7841
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Phosphocarrier protein HPr


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7841
ポリマ－11,7841
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.840, 40.840, 139.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1116A-2 - 82
2116B-2 - 82

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要素

#1: タンパク質 Phosphocarrier protein HPr


分子量: 11783.522 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Ames
遺伝子: BAS5001, BA_5381, GBAA5381, GBAA_5381, ptsH-2, ptsH2
プラスミド: PMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q81X62, UniProt: A0A6L7HPZ9*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 3350 20%, K dihydrogen Phosphate 0.2M, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 21-ID-G10.97857
シンクロトロンAPS 21-ID-D21.09721
検出器
タイプID検出器日付詳細
RAYONIX MX-3001CCD2009年3月14日Be Lens
RAYONIX MX-3002CCD2009年3月21日Mirror
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Diamond 111SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si 111SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978571
21.097211
反射解像度: 1.15→23.2 Å / Num. all: 204840 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 15.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 17.12
反射 シェル解像度: 1.15→1.17 Å / 冗長度: 3.28 % / Rmerge(I) obs: 0.416 / Mean I/σ(I) obs: 2.62 / Num. unique all: 2297 / % possible all: 93.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BLU-MAXデータ収集
PHENIXモデル構築
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.15→23.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / SU B: 1.087 / SU ML: 0.023 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.041 / ESU R Free: 0.041 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18499 2354 5 %RANDOM
Rwork0.15574 ---
obs0.15716 45191 96.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.017 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.08 Å2-0.04 Å20 Å2
2---0.08 Å20 Å2
3---0.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.15→23.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1363 0 0 199 1562
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0221375
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.02933
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6671.9711866
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.93532320
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.3785195
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.05425.55654
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.86515277
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.301157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2223
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021551
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02252
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2680.2301
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2130.2952
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1720.2718
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0910.2733
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1890.2107
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.270.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2720.270
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.180.232
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4882.51070
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7422.5364
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.97331431
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.8194531
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8815424
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.72142623
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free16.84210200
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded7.084102284
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 960 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
loose positional0.385
loose thermal1.8110
LS精密化 シェル解像度: 1.15→1.18 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.231 173 -
Rwork0.206 3193 -
obs--94.18 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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