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- PDB-3ihd: Crystal structure of mouse Bcl-xl mutant (Y101A) at pH 5.0 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ihd
タイトルCrystal structure of mouse Bcl-xl mutant (Y101A) at pH 5.0
要素Bcl-2-like protein 1
キーワードAPOPTOSIS / BH3 domain / Bcl-2 / Membrane / Mitochondrion / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


The NLRP1 inflammasome / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / synaptic vesicle recycling via endosome / positive regulation of synaptic vesicle exocytosis / positive regulation of synaptic vesicle clustering / RAS processing / apoptotic process in bone marrow cell / dendritic cell apoptotic process / dendritic cell proliferation / positive regulation of synaptic vesicle endocytosis ...The NLRP1 inflammasome / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / synaptic vesicle recycling via endosome / positive regulation of synaptic vesicle exocytosis / positive regulation of synaptic vesicle clustering / RAS processing / apoptotic process in bone marrow cell / dendritic cell apoptotic process / dendritic cell proliferation / positive regulation of synaptic vesicle endocytosis / positive regulation of mononuclear cell proliferation / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / negative regulation of execution phase of apoptosis / regulation of mitochondrial membrane permeability / fertilization / regulation of growth / Bcl-2 family protein complex / BH domain binding / clathrin binding / response to cycloheximide / regulation of long-term synaptic depression / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / cellular response to alkaloid / positive regulation of ATP biosynthetic process / hepatocyte apoptotic process / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / BH3 domain binding / germ cell development / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / ectopic germ cell programmed cell death / negative regulation of protein localization to plasma membrane / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / ovarian follicle development / MDM2/MDM4 family protein binding / release of cytochrome c from mitochondria / response to cytokine / epithelial cell proliferation / regulation of cytokinesis / regulation of mitochondrial membrane potential / response to ischemia / mitochondrion organization / cellular response to amino acid stimulus / mitochondrial membrane / response to virus / response to radiation / cellular response to gamma radiation / synaptic vesicle membrane / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / male gonad development / GTPase binding / presynapse / spermatogenesis / defense response to virus / nuclear membrane / regulation of apoptotic process / in utero embryonic development / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / mitochondrial outer membrane / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / positive regulation of apoptotic process / centrosome / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / apoptotic process / protein kinase binding / endoplasmic reticulum / mitochondrion / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x ...Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / Bcl-2-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Bcl-2-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Priyadarshi, A. / Hwang, K.Y.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2010
タイトル: Structural insights into mouse anti-apoptotic Bcl-xl reveal affinity for Beclin 1 and gossypol.
著者: Priyadarshi, A. / Roy, A. / Kim, K.S. / Kim, E.E. / Hwang, K.Y.
履歴
登録2009年7月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年11月20日Group: Database references
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bcl-2-like protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1021
ポリマ－22,1021
非ポリマー00
水2,414134
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.811, 62.811, 111.137
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Bcl-2-like protein 1 / Bcl-xl / Bcl2-L-1 / Apoptosis regulator Bcl-X


分子量: 22102.260 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-196 / 変異: Y101A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Bcl-xl, Bcl2l, Bcl2l1, Bclx / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q64373
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.58 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 1.4M Ammonium Sulphate, Tri-Na citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 6C1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月8日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→50 Å / Num. all: 17580 / Num. obs: 16650 / % possible obs: 93.45 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.6 % / Biso Wilson estimate: 19.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rsym value: 0.34 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル解像度: 1.88→1.95 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 949 / Rsym value: 0.34 / % possible all: 51.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1PQ0

1pq0


解像度: 1.88→41.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 2.611 / SU ML: 0.076 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 0 / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21043 891 5.1 %RANDOM
Rwork0.17101 ---
obs0.17302 16648 93.46 %-
all-17580 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.758 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å20 Å20 Å2
2--0.04 Å20 Å2
3----0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.88→41.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1157 0 0 134 1291
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0221186
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8171.9151604
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5785141
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.97823.8163
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.13215191
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.321158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1480.2167
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02922
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2611.5707
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.42721128
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.8643479
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.0874.5476
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.881→1.93 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.393 31 -
Rwork0.284 598 -
obs--46.39 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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