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万見
- PDB-3ih7: Crystal structure of catalytically active human 8-oxoguanine glyc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ih7
タイトルCrystal structure of catalytically active human 8-oxoguanine glycosylase distally crosslinked to guanine-containing DNA
要素
  • 5'-D(*GP*GP*TP*AP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*CP*G)-3'
  • 5'-D(AP*TP*CP*TP*GP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*CP*A)-3'
  • N-glycosylase/DNA lyase
キーワード(HYDROLASE / LYASE)/DNA / DISULFIDE CROSSLINK / DNA GLYCOSYLASE / UNDAMAGED DNA / LYASE)-DNA COMPLEX / DNA damage / DNA repair / Glycosidase / Hydrolase / Lyase / Mitochondrion / Multifunctional enzyme / Nucleus
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective OGG1 Substrate Binding / Defective OGG1 Substrate Processing / Defective OGG1 Localization / depurination / negative regulation of double-strand break repair via single-strand annealing / oxidized purine nucleobase lesion DNA N-glycosylase activity / base-excision repair, AP site formation / depyrimidination / 8-oxo-7,8-dihydroguanine DNA N-glycosylase activity / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 ...Defective OGG1 Substrate Binding / Defective OGG1 Substrate Processing / Defective OGG1 Localization / depurination / negative regulation of double-strand break repair via single-strand annealing / oxidized purine nucleobase lesion DNA N-glycosylase activity / base-excision repair, AP site formation / depyrimidination / 8-oxo-7,8-dihydroguanine DNA N-glycosylase activity / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / positive regulation of gene expression via chromosomal CpG island demethylation / response to folic acid / oxidized purine DNA binding / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / cellular response to cadmium ion / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / response to light stimulus / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / nucleotide-excision repair / cellular response to reactive oxygen species / response to radiation / base-excision repair / nuclear matrix / response to estradiol / microtubule binding / endonuclease activity / response to oxidative stress / response to ethanol / damaged DNA binding / nuclear speck / mitochondrial matrix / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / response to xenobiotic stimulus / DNA damage response / regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / mitochondrion / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
TATA-Binding Protein - #40 / 8-oxoguanine DNA-glycosylase / 8-oxoguanine DNA glycosylase, N-terminal / : / 8-oxoguanine DNA glycosylase, N-terminal domain / Helix-hairpin-Helix base-excision DNA repair enzymes (C-terminal) / Endonuclease Iii, domain 2 / Hypothetical protein; domain 2 / HhH-GPD superfamily base excision DNA repair protein / Helix-hairpin-helix, base-excision DNA repair, C-terminal ...TATA-Binding Protein - #40 / 8-oxoguanine DNA-glycosylase / 8-oxoguanine DNA glycosylase, N-terminal / : / 8-oxoguanine DNA glycosylase, N-terminal domain / Helix-hairpin-Helix base-excision DNA repair enzymes (C-terminal) / Endonuclease Iii, domain 2 / Hypothetical protein; domain 2 / HhH-GPD superfamily base excision DNA repair protein / Helix-hairpin-helix, base-excision DNA repair, C-terminal / HhH-GPD domain / endonuclease III / Endonuclease III; domain 1 / DNA glycosylase / TATA-Binding Protein / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / N-glycosylase/DNA lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Verdine, G.L. / Crenshaw, C.M. / Oo, K.S. / Kutchukian, P.S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: A Catalytic Checkpoint in Base Excision by the Human 8-Oxoguanine DNA Glycosylase hOGG1
著者: Crenshaw, C.M. / Oo, K.S. / Kutchukian, P.S. / Verdine, G.L.
履歴
登録2009年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.contact_author / _software.contact_author_email ..._software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32021年10月13日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-glycosylase/DNA lyase
B: 5'-D(*GP*GP*TP*AP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*CP*G)-3'
C: 5'-D(AP*TP*CP*TP*GP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*CP*A)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9493
ポリマ－43,9493
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3560 Å2
ΔGint-13.8 kcal/mol
Surface area16860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.000, 91.000, 211.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
詳細Biological unit is the same as asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 N-glycosylase/DNA lyase / 8-oxoguanine DNA glycosylase / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / AP lyase


分子量: 35651.391 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 12-325 / 変異: S292C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MMH, MUTM, OGG1, OGH1 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS
参照: UniProt: O15527, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
#2: DNA鎖 5'-D(*GP*GP*TP*AP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*CP*G)-3'


分子量: 4345.829 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic DNA
#3: DNA鎖 5'-D(AP*TP*CP*TP*GP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*CP*A)-3'


分子量: 3951.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic DNA

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 63 mM Magnesium acetate, 12.6% PEG 8000, 90 mM Sodium cacodylate, 10 mM Sodium acetate pH 4.6, 60 mM Sodium fluoride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Magnesium acetate11
2PEG 800011
3Sodium cacodylate11
4Sodium acetate11
5Sodium fluoride11
6Magnesium acetate12
7PEG 800012
8Sodium cacodylate12
9Sodium acetate12
10Sodium fluoride12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97921 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
詳細: Vertical and horizontal focusing mirrors in Kirkpatrick-Baez geometry
放射モノクロメーター: Cryogenically-cooled single crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.05→50 Å / Num. obs: 10527 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / Rsym value: 0.134
反射 シェル解像度: 3.05→3.16 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.697 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.4_162精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2NOL

2nol


解像度: 3.1→32.19 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.28 / σ(F): 0.19 / 位相誤差: 25.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2673 492 5.26 %
Rwork0.2284 --
obs0.2305 9362 93.39 %
all-10500 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 25.618 Å2 / ksol: 0.323 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.1127 Å20 Å2-0 Å2
2--10.1127 Å20 Å2
3----20.2255 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→32.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2493 530 0 0 3023
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023156
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5794401
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.41169
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038475
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002480
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1-3.41240.32011060.27712001X-RAY DIFFRACTION87
3.4124-3.90540.28961100.23072229X-RAY DIFFRACTION96
3.9054-4.91760.27131250.20872203X-RAY DIFFRACTION93
4.9176-32.19220.23921510.22332437X-RAY DIFFRACTION97
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.paramCNS_TOPPAR:protein.top
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.paramCNS_TOPPAR:dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.paramCNS_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.paramCNS_TOPPAR:ion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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