PDB-3igr: The Crystal Structure of Ribosomal-protein-S5-alanine Acetyltrans...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3igr

タイトル

The Crystal Structure of Ribosomal-protein-S5-alanine Acetyltransferase from Vibrio fischeri to 2.0A

要素

Ribosomal-protein-S5-alanine N-acetyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Ribosomal-protein / alanine / acetyltransferase / vibrio / fischeri / PSI / MCSG / Structural Genomics / Midwest Center for Structural Genomics / Protein Structure Initiative / Acyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

[ribosomal protein uS5]-alanine N-acetyltransferase / protein-N-terminal-alanine acetyltransferase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio fischeri (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2 Å

データ登録者

Stein, A.J. / Sather, A. / Shackelford, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The Crystal Structure of Ribosomal-protein-S5-alanine Acetyltransferase from Vibrio fischeri to 2.0A
著者: Stein, A.J. / Sather, A. / Shackelford, G. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2009年7月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年9月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3igr.cif.gz	94.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3igr.ent.gz	74.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3igr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/3igr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/3igr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6sp1-d 3uy8-d 6rog-d 6qql-d 2qy6-1 4npm-d 2qy6-2 3k60-d 3wi7-d 6das-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC61240.1

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (3) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Ribosomal-protein-S5-alanine N-acetyltransferase

B: Ribosomal-protein-S5-alanine N-acetyltransferase

ヘテロ分子

43.8 kDa, 2 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Ribosomal-protein-S5-alanine N-acetyltransferase

ヘテロ分子

A: Ribosomal-protein-S5-alanine N-acetyltransferase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
43.8 kDa, 2 ポリマー
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3

B: Ribosomal-protein-S5-alanine N-acetyltransferase

ヘテロ分子

B: Ribosomal-protein-S5-alanine N-acetyltransferase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
43.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	63.504, 107.173, 145.719
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

詳細

author states that the biological unit is the same as asymmetric unit.

#1: タンパク質	Ribosomal-protein-S5-alanine N-acetyltransferase 分子量: 21836.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio fischeri (バクテリア) / 株: ES114 / 遺伝子: rimJ, VFA0750, VF_A0750 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q5DZH6, ribosomal-protein-alanine N-acetyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.2 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 詳細: 10% PEG 20000, 2% Dioxane, 0.1M Bicine pH 9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月19日

放射

モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9794 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→50 Å / Num. obs: 34070 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.094 / Χ²: 1.381 / Net I/σ(I): 6.4

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2-2.07	4.9	0.7	3367	1.058	1	100
2.07-2.15	4.9	0.54	3369	0.983	1	100
2.15-2.25	4.9	0.397	3339	0.962	1	100
2.25-2.37	4.9	0.305	3389	0.949	1	100
2.37-2.52	5	0.23	3380	0.917	1	99.9
2.52-2.71	4.9	0.159	3390	0.973	1	99.9
2.71-2.99	4.9	0.115	3416	1.174	1	99.9
2.99-3.42	4.9	0.082	3413	1.556	1	99.9
3.42-4.31	4.8	0.051	3449	1.732	1	99.9
4.31-50	4.8	0.056	3558	3.495	1	98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	refmac_5.5.0102	精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出

精密化

解像度: 2→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / WR_factor R_free: 0.225 / WR_factor R_work: 0.197 / SU B: 9.003 / SU ML: 0.116 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.151 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.237	1728	5.1 %	RANDOM
R_work	0.205	-	-	-
obs	0.207	34029	99.65 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.69 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.07 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.69 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.76 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2992	0	8	143	3143

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	3132
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.278	1.913	4251
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.285	5	376
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.575	22.893	159
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.585	15	514
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.645	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	443
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	2426
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.467	1.5	1840
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.828	2	2962
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.67	3	1292
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.425	4.5	1283

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.997-2.049	0.268	112	0.243	2314	2483	97.704
2.049-2.105	0.309	142	0.241	2273	2418	99.876
2.105-2.166	0.302	123	0.228	2226	2353	99.83
2.166-2.232	0.248	107	0.213	2209	2319	99.871
2.232-2.305	0.256	102	0.218	2140	2247	99.777
2.305-2.386	0.275	108	0.214	2037	2145	100
2.386-2.476	0.264	108	0.219	1967	2078	99.856
2.476-2.577	0.268	86	0.228	1920	2006	100
2.577-2.692	0.286	93	0.223	1846	1941	99.897
2.692-2.823	0.222	91	0.216	1764	1857	99.892
2.823-2.975	0.284	86	0.216	1665	1752	99.943
2.975-3.155	0.226	109	0.206	1560	1672	99.821
3.155-3.373	0.235	84	0.205	1483	1568	99.936
3.373-3.642	0.249	73	0.199	1408	1482	99.933
3.642-3.989	0.17	65	0.183	1288	1356	99.779
3.989-4.458	0.22	73	0.171	1166	1239	100
4.458-5.145	0.189	59	0.166	1038	1098	99.909
5.145-6.293	0.227	44	0.219	897	945	99.577
6.293-8.867	0.25	45	0.221	693	746	98.928
8.867-72.932	0.18	18	0.209	407	445	95.506

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	16.1345	0.8303	-1.7372	13.4149	-11.4136	17.6172	-0.4907	0.1683	-2.1076	-0.8635	-0.1987	-0.0483	1.4169	0.0338	0.6894	0.3752	0.0908	0.0368	0.3512	-0.064	0.4229	17.1382	3.324	15.9846
2	1.9665	-3.1617	-4.5733	-0.6253	1.7164	12.6708	-0.1827	-0.074	0.0257	-0.1538	0.1804	-0.0161	0.4044	0.5787	0.0022	0.2311	0.1256	0.0617	0.3881	0.0967	0.2809	22.2693	5.1685	20.3272
3	2.0676	-2.3341	4.7008	14.0378	8.0959	8.0819	-0.2073	0.4475	-0.169	0.5772	0.5286	0.1048	0.887	1.6115	-0.3213	0.3945	0.5419	0.1351	1.0516	0.1974	0.1876	23.9976	-1.8514	31.1922
4	19.7237	7.6493	-12.5855	10.4492	7.3979	22.1264	-0.0815	-0.9318	0.2384	0.1642	0.5226	-0.2426	0.6276	2.1378	-0.4411	0.1405	0.1469	-0.0504	1.0319	0.1853	0.172	25.6536	7.885	39.0321
5	3.937	1.7307	-4.4723	17.0392	-1.4197	6.1399	-0.2861	-0.2383	0.0409	-1.4064	-0.0416	-0.5923	0.5641	1.3037	0.3277	0.2953	0.215	0.1189	0.7445	0.2648	0.2469	18.6418	8.1446	43.4053
6	9.6793	0.8657	8.1583	1.3164	1.3244	18.45	0.1664	-0.0287	-0.1538	0.2033	0.0048	0.4346	1.4938	0.759	-0.1712	0.4922	0.3401	0.2052	0.4679	0.1678	0.2585	20.2564	-4.2884	38.3076
7	38.5414	-22.7049	12.0609	14.1104	-10.5198	4.3654	1.0235	-0.4981	-1.4684	-2.218	-0.5444	1.6602	1.9731	0.5438	-0.4791	1.0283	0.3058	0.0337	0.2777	0.0819	0.6193	10.6083	-5.3632	30.084
8	9.6313	2.4778	-2.6454	3.0081	-0.1367	5.3143	-0.3135	-0.0681	-0.6289	-0.1138	0.0299	0.273	0.4601	0.2519	0.2835	0.183	0.0487	0.0062	0.1692	0.0969	0.2607	13.8187	2.6293	25.2386
9	17.982	4.3784	-6.7746	12.7661	-9.9363	23.8697	-0.3118	-0.1518	-0.5895	-0.4521	0.1739	-0.7543	0.8738	1.6758	0.1379	0.1871	0.1259	0.0469	0.6052	0.1351	0.2772	30.4439	3.3758	22.7968
10	26.8981	2.7157	-1.1459	2.0529	-0.8455	2.7822	-0.0101	-0.8732	-0.4161	0.1125	-0.2124	0.0279	0.073	0.1787	0.2225	0.094	-0.0013	-0.0286	0.1777	0.0785	0.1798	10.6102	6.962	28.9569
11	13.9819	0.6745	0.1212	0.7356	0.6077	3.2352	-0.0773	-0.5353	0.0081	0.0104	-0.057	-0.1273	0.0372	0.4553	0.1343	0.1037	0.0118	-0.0188	0.1352	0.0683	0.1098	9.3721	10.3664	29.0462
12	12.1549	2.8227	2.9011	15.3079	-2.0014	18.7476	0.1957	-0.9509	-0.0341	0.7381	0.0746	-0.638	-0.408	1.2647	-0.2704	0.1759	-0.0281	0.0054	0.3283	-0.0013	0.2617	23.1105	16.8983	23.8926
13	36.0668	11.5424	7.194	4.9246	7.2173	8.622	-0.0932	0.7953	-0.3713	-0.135	-0.1208	-0.0089	-0.1934	-0.2379	0.214	0.1648	0.0776	0.0019	0.244	0.0508	0.1318	10.2282	11.1082	19.7927
14	4.1161	-0.7157	-0.5239	2.9098	3.5957	3.6137	0.2489	0.4475	-0.3151	-0.3761	0.0627	-0.2805	-0.306	0.1873	-0.3116	0.1688	0.0175	-0.0383	0.1549	-0.0093	0.173	1.4636	11.2292	21.7838
15	2.1408	-0.8679	6.7884	5.758	10.3927	34.7786	0.1193	-0.2476	0.0908	0.3039	-0.6508	0.3796	0.3338	-1.4466	0.5315	0.2113	-0.0772	-0.0014	0.2342	0.0402	0.192	10.0436	19.4728	35.633
16	0.8633	-0.9285	6.8649	2.8128	-0.612	32.1095	-0.2139	0.1966	0.1213	-0.0473	0.2132	-1.1113	-1.4645	1.6418	0.0007	0.2698	-0.2654	-0.0251	0.4398	0.0765	0.4417	16.9091	22.2114	32.9787
17	8.8368	0.9102	-2.8817	8.9445	-0.3436	8.034	0.1566	0.7617	0.5571	-0.0646	-0.3911	-0.2198	-1.0349	0.0885	0.2345	0.2811	-0.0753	-0.0392	0.1272	0.0697	0.155	8.7389	22.8263	26.3445
18	6.7975	-5.7126	7.7379	7.3194	-8.1095	11.3492	-0.2357	0.2757	0.366	0.3444	-0.1098	-0.1392	-0.5761	0.2934	0.3455	0.1706	-0.0738	-0.0317	0.1269	-0.0091	0.1225	7.7352	18.2592	43.7485
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33	34.4585	-13.2847	-12.9651	14.8249	0.817	7.4055	-0.0178	1.3532	-0.6364	-0.9482	-0.1953	0.4334	0.7802	-0.864	0.2131	0.4367	-0.1953	-0.0122	0.218	-0.0564	0.1945	13.1276	24.0543	6.5386
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35	3.9336	11.0557	3.5842	29.2538	9.0545	1.9361	0.1961	-0.1557	0.1007	0.6858	-0.2913	-0.0183	0.2258	-0.1048	0.0952	0.1636	-0.0031	-0.0343	0.1908	-0.0636	0.1977	19.3354	44.4166	17.1132
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39	6.3934	-2.2696	-6.3933	1.9653	1.6377	10.4353	-0.1612	0.1346	-0.2052	0.115	-0.0868	0.2242	0.3479	-0.4504	0.248	0.1341	-0.0471	0.0001	0.162	-0.0395	0.104	11.3211	45.8044	-8.3321
40	4.0433	2.8719	5.1866	4.8616	5.7225	9.5084	-0.0338	-0.3085	0.0435	0.0797	-0.2797	0.1685	0.1838	-0.7219	0.3135	0.0787	-0.0417	0.0327	0.1341	-0.015	0.1065	13.0486	52.2655	13.4911

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 6
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	7 - 16
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	17 - 26
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	27 - 35
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	36 - 43
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	44 - 53
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	54 - 63
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	64 - 74
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	75 - 80
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	81 - 90
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	91 - 107
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	108 - 115
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	116 - 125
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	126 - 133
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	134 - 139
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	140 - 148
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	149 - 155
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	156 - 166
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	167 - 179
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	180 - 184
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	2 - 13
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	14 - 26
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	27 - 31
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	32 - 41
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26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	47 - 52
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	53 - 58
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	59 - 64
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	65 - 73
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	74 - 82
31	X-RAY DIFFRACTION	31	B	83 - 99
32	X-RAY DIFFRACTION	32	B	100 - 105
33	X-RAY DIFFRACTION	33	B	106 - 110
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38	X-RAY DIFFRACTION	38	B	141 - 154
39	X-RAY DIFFRACTION	39	B	155 - 172
40	X-RAY DIFFRACTION	40	B	173 - 184

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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