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- PDB-3ign: Crystal Structure of the GGDEF domain from Marinobacter aquaeolei... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ign
タイトルCrystal Structure of the GGDEF domain from Marinobacter aquaeolei diguanylate cyclase complexed with c-di-GMP - Northeast Structural Genomics Consortium Target MqR89a
要素Diguanylate cyclase
キーワードTRANSFERASE / Diguanylate cyclase / GGDEF domain / A1U3W3_MARAV / NESG / MqR89a / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / diguanylate cyclase / diguanylate cyclase activity / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / nucleotide binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
PAS fold-4 / PAS fold / : / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / Nucleotide cyclase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / PAS domain superfamily ...PAS fold-4 / PAS fold / : / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / Nucleotide cyclase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / PAS domain superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-C2E / diguanylate cyclase
類似検索 - 構成要素
生物種Marinobacter aquaeolei VT8 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Vorobiev, S. / Neely, H. / Seetharaman, J. / Wang, H. / Foote, E.L. / Ciccosanti, C. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. ...Vorobiev, S. / Neely, H. / Seetharaman, J. / Wang, H. / Foote, E.L. / Ciccosanti, C. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: J.Struct.Funct.Genom. / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of a catalytically active GG(D/E)EF diguanylate cyclase domain from Marinobacter aquaeolei with bound c-di-GMP product.
著者: Vorobiev, S.M. / Neely, H. / Yu, B. / Seetharaman, J. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F.
履歴
登録2009年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22016年5月11日Group: Database references
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Diguanylate cyclase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8453
ポリマ－20,4641
非ポリマー1,3812
水3,027168
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.229, 59.229, 118.895
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Diguanylate cyclase


分子量: 20463.838 Da / 分子数: 1 / 断片: GGDEF domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Marinobacter aquaeolei VT8 (バクテリア)
遺伝子: Maqu_2607 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) +Magic / 参照: UniProt: A1U3W3, diguanylate cyclase
#2: 化合物 ChemComp-C2E / 9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one) / c-di-GMP / Cyclic diguanosine monophosphate / c-di-GMP


分子量: 690.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O14P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.72 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 30% MPD, 0.1M magnesium acetate, 0.1M cacodylate, 3 mM GTP, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→50 Å / Num. all: 35738 / Num. obs: 35667 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 15.4 % / Biso Wilson estimate: 29.14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.033 / Net I/σ(I): 78.6
反射 シェル解像度: 1.83→1.86 Å / 冗長度: 14.2 % / Rmerge(I) obs: 0.439 / Mean I/σ(I) obs: 6 / Num. unique all: 1801 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SnB位相決定
RESOLVEモデル構築
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.83→32.938 Å / SU ML: 0.42 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2405 1810 5.09 %random
Rwork0.195 ---
obs0.1973 35531 99.6 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 80.588 Å2 / ksol: 0.399 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1686 Å20 Å20 Å2
2---0.1686 Å20 Å2
3---0.3373 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.26 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.19 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.83→32.938 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1301 0 92 168 1561
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.3
X-RAY DIFFRACTIONf_improper_angle_d0.83
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.83-1.87920.30091360.19192602X-RAY DIFFRACTION100
1.8792-1.93450.25271310.192609X-RAY DIFFRACTION100
1.9345-1.99690.22981340.18552641X-RAY DIFFRACTION100
1.9969-2.06820.22241330.16942593X-RAY DIFFRACTION100
2.0682-2.1510.28621460.17842578X-RAY DIFFRACTION100
2.151-2.24890.26241570.17992594X-RAY DIFFRACTION100
2.2489-2.36740.21891650.19192584X-RAY DIFFRACTION100
2.3674-2.51570.24871180.18482585X-RAY DIFFRACTION100
2.5157-2.70990.25891540.21442602X-RAY DIFFRACTION100
2.7099-2.98240.27121590.20022572X-RAY DIFFRACTION100
2.9824-3.41360.22821140.18472616X-RAY DIFFRACTION100
3.4136-4.29930.1991310.17322596X-RAY DIFFRACTION100
4.2993-32.94340.21891320.21322549X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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